Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

2.4. X-tashqi ma'lumotlar bazalariga havolalar.
Tegishli hollarda yozuvlar SWISS-PROT, TRGENBANK (SWISS-PROT ga kompyuterda izohlangan qoʻshimcha), Eukaryotic Promoter maʼlumotlar bazasi, TransFac, Flybase va boshqalar kabi boshqa maʼlumotlar bazalariga oʻzaro havola qilinadi. Xususiyat jadval kvalifikatori /db_xref tashqi ma'lumotlar bazalariga o'zaro havolalarni ifodalaydi.
Xususiyatlar jadvali misolida, nukleotid kodlash hududi (CDS) xususiyatidan "SPTRGENBANK" oqsil ma'lumotlar bazasidagi tegishli oqsilga o'zaro havola bu xususiyatning SP-TRGENBANK ma'lumotlar bazasidagi ob'ektga mos kelishini ko'rsatadi. berilgan identifikator.
Bundan tashqari, PID oqsil identifikatori tashqi ma'lumotlar bazalari (masalan, SWISS-PROT) tomonidan identifikator sifatida ishlatilishi mumkin, buning ustiga xususiyatlar darajasida, masalan, individual CDS xususiyatlariga o'zaro havolalar o'rnatilishi mumkin.
EBI ning WWW-ga asoslangan ketma-ketlikni qidirish tizimi (SRS) foydalanuvchilarga mos keladigan gipermatnli havolalar orqali o'zaro havola qilingan ma'lumotlar bazasi yozuvlari o'rtasida osongina harakat qilish imkonini beradi.

2-rasm. X-mos yozuvlar ma'lumotlari bilan Xususiyatlar jadvali misoli.


Ma'lumotlarni yig'ish
GENBANK ma'lumotlar bazasining umumiy o'sishiga hissa qo'shadigan asosiy manbalar mualliflarning to'g'ridan-to'g'ri taqdimotlari, genom loyihasi taqdimotlari va Evropa Patent idorasidan olingan patent ma'lumotlaridir.
To'g'ridan-to'g'ri taqdimotlar
Ko'pgina jurnallar nashrdan oldin ma'lumotlar bazasiga ketma-ketlik ma'lumotlarini taqdim etishni talab qiladi. Taqdimot qabul qilinganda, ma'lumotlar bazasi xodimlari ketma-ketlikni aniqlash uchun muallifga ma'lumotlar bazasiga kirishning noyob raqamini beradi. Ma'lumotlar bazasiga kirish raqami qo'lyozmaga, yaxshisi maqolaning birinchi sahifasidagi izohda yoki alohida jurnal tartib-qoidalari talab qilgan holda kiritiladi. Majburiy taqdim etish siyosati, jurnal maqolalarida ma'lumotlar bazasiga kirish raqamlarini muntazam chop etish, shuningdek, ayrim yirik jurnallar tomonidan "Mundarija" ro'yxatlarini erta tarqatish yangi ketma-ketlik ma'lumotlarining o'z vaqtida mavjudligi va tarqalishini ta'minlaydi. Bundan tashqari, GENBANK ma'lumotlar bazasi Evropaning yirik molekulyar biologiya jurnallarini allaqachon mavjud ma'lumotlar bazasi yozuvlarida bibliografik ma'lumotnomalarni yangilash kontekstida skanerlashni davom ettirmoqda.
GENBANK nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi ketma-ketlik ma'lumotlarini bevosita yuborish uchun bir qator turli mexanizmlarni taqdim etadi. To'g'ridan-to'g'ri ketma-ketlikni taqdim etish - bu yozuvlar asosiy ma'lumotlarni to'g'ri va to'liq aks ettirishni ta'minlashning eng ishonchli usuli. Tadqiqotchilar o'zlarining ma'lumotlarini to'g'ridan-to'g'ri hamkorlikdagi ma'lumotlar bazalaridan biriga topshirishning hozirgi odatiy amaliyoti tufayli, ketma-ketlikni aniqlash va ma'lumotlar bazasida ushbu ketma-ketlikning paydo bo'lishi o'rtasidagi kechikish oldingi yillarga nisbatan misli ko'rilmagan qisqarishga erishildi.