Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Protein tarjimalari
GENBANK yozuvlarida CDS xususiyatlari bilan ifodalangan protein kodlash hududlari tarjimalari avtomatik ravishda TrGENBANK protein ma'lumotlar bazasiga qo'shiladi. Ushbu yozuvlardan SWISS-PROT kuratorlari keyinchalik SWISS-PROT ma'lumotlar bazasi yozuvlarini yaratadilar. GENBANK nukleotidlari yozuvlari TrGENBANK va SWISS-PROT maʼlumotlar bazalariga oʻzaro havola qilinadi (/db_xref kvalifikatsiyasi orqali).
Ma'lumotlar integratsiyasi
Tashqi ma'lumotlar bazalariga havolalar oqsil ma'lumotlar bazalari, turlarga xos ma'lumotlar bazalari, taksonomiya ma'lumotlar bazalari va boshqalar kabi maxsus ma'lumotlar to'plamlari bilan integratsiyalashish imkonini beradi. World Wide Web-ga asoslangan ketma-ketlikni qidirish tizimi (SRS) foydalanuvchilarga o'zaro havola qilingan ma'lumotlar bazasi yozuvlari orasida osongina harakat qilish imkonini beradi. Tegishli hollarda GENBANK maʼlumotlar bazasi yozuvlari Eukaryotik Promoter maʼlumotlar bazasi, TRANSFAC, IMGT, FlyBase  kabi boshqa maʼlumotlar bazalariga oʻzaro havola qilinadi.), TrGENBANK va SWISS-PROT. Tashqi ma'lumotlar bazalariga o'zaro havolalar GENBANK yassi fayl qatorida "DR" turida va kerak bo'lganda xususiyatlar darajasida /db_xref xususiyat kvalifikatori orqali taqdim etiladi. Misol uchun, yangi tugallanmagan yuqori o'tkazuvchan sichqoncha cDNK ketma-ketliklarini (HTC) integratsiya qilish kontekstida Sichqoncha Genomi Ma'lumotlar bazasiga (MGD) 20 000 ga yaqin o'zaro bog'lanishlar yaratildi.
Ma'lumotlar bazasi bo'linmalari
GENBANK ma'lumotlar bazasi hozirda 19 ta bo'limdan iborat bo'lib, har bir yozuv aynan bitta bo'limga tegishli. Bo'linish uchta harfli kod yordamida ko'rsatiladi, masalan, PRO, Prokarotes; HUM, inson; PHG, bakteriofaglar; PLN, o'simliklar; Guruhlash asosan taksonomiyaga asoslanadi, masalan, HTG, EST, ketma-ketlik bilan belgilangan saytlar (STS) va genom tekshiruvi ketma-ketliklari (GSS) bo'linmalari va yaqinda yaratilgan yangi ma'lumotlar bazasi bo'limi "HTC" tugallanmagan yuqori o'tkazuvchanlik cDNK ketma-ketliklarini ifodalaydi. Ushbu bo'linmalar uchun guruhlash asosiy ma'lumotlarning o'ziga xos xususiyatiga asoslanadi.