Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Genom loyihasi taqdimoti. Keng miqyosdagi ketma-ketlik loyihalari yangi ketma-ketlik ma'lumotlarining asosiy manbasiga aylandi. EBI ushbu ma'lumotlarning ommaviy e'lon qilish uchun GENBANKga o'z vaqtida kiritilishini ta'minlash uchun ketma-ketlik markazlari bilan yaqindan hamkorlik qiladi. Yangi ketma-ketlik ma'lumotlari va tavsifiy ma'lumotlarning zudlik bilan kiritilishi va tarqatilishini ta'minlash uchun turli xil xalqaro tartiblash harakatlaridan GENBANK ma'lumotlar bazasiga to'g'ridan-to'g'ri ma'lumotlar oqimi mavjud. Evropa va butun dunyo bo'ylab eng samarali sekvensiya markazlaridan biri bo'lgan Sanger markazidagi genom loyihalari bilan genom ma'lumotlarini olish bo'yicha hamkorlik ayniqsa diqqatga sazovordir. Tadqiqot saytlarida ishlab chiqarilgan ma'lumotlar bazasi yozuvlari to'g'ridan-to'g'ri genom loyiha guruhlari tomonidan FTP yoki elektron pochta orqali saqlanadi va yangilanadi. Barcha bosqichlarda EBI biologlari ketma-ketlik guruhlari bilan aloqa o'rnatadilar. Ma'lumotlarni yig'ishning aniq tartibi kiritiladigan ketma-ketlik ma'lumotlari "tugallanmagan" yoki "tugallangan" ketma-ketlik ma'lumotlarini ifodalashiga bog'liq. Yangi loyihalarni osongina joylashtirish mumkin. Genom ketma-ketligi ma'lumotlarini yuborish uchun hisob ochmoqchi bo'lgan guruhlar ma'lumotlar bazasiga [e-mail] manzili orqali murojaat qilishlari kerak. Qo'shimcha ma'lumotni http://www3.ebi.ac.uk/Services/GenomeSubm/ saytidan olishingiz mumkin.
Mavjud ma'lumotlar bazasi yozuvlarini yangilash. Vaqt o'tishi bilan yaratilganda to'g'ri bo'lgan yozuv eskirib qolishi mumkin: mualliflar ketma-ketlikning o'ziga tuzatishlar kiritishlari yoki izoh talab qiladigan yangi xususiyatlarni topishlari mumkin. Bunday topilmalar ko'pincha nashr etilmaganligi sababli, mualliflar o'zlarining yangi topilmalarini ma'lumotlar bazasiga etkazishlari muhimdir.Ma'qul variant - http://www3.ebi.ac.uk/Services/webin/update/update.html manzilidagi World Wide Web yangilash formasi orqali.
Taqdimotlar ketma-ketligi. Webin-Align - bu nukleotidlar ketma-ketligini filogenetik va populyatsiya tahlilidan moslashtirish ma'lumotlarini taqdim etish uchun GENBANK interaktiv veb-asoslangan tizimi. Noyob hizalama raqamlari (masalan, DS32096) har bir tekislash taqdimotiga tayinlanadi va ular chop etilgan maqolaga kiritilishi kerak. Hozirda qabul qilingan standart moslashtirish formatlari orasida NEXUS, PHYLIP, CLUSTAL va GCG/MSF yoki SEQUIN/ASN.1 chiqishlari mavjud. Nukleotidlarni moslashtirish ma'lumotlarini EBIning World Wide Web sahifalaridan http://www3.ebi.ac.uk/Services/align/listali.html yoki ftp://ftp.ebi.ac.uk manzilidagi FTP serveridan olish mumkin. /pub/databases/genbank/align. Taqdim etish ma’lumotlarini http://www.ebi.ac.uk/genbank/Submission/ saytidan olishingiz mumkin.