Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Ma'lumotlar bazasi so'rovi/qidiruvi
EBI SRS ( 65 ), Sequence Retrieval System yordamida so'rov/qidiruv tizimini taqdim etadi . Muayyan so'rov shakllariga URL manzilida kirish mumkin: http://www.ebi.ac.uk/srs/srsc
EMBnet
Evropa molekulyar biologiya tarmog'i 1988 yilda molekulyar biologiya tadqiqotlarida biokompyuter va bioinformatikadan foydalangan holda Evropa laboratoriyalarini bog'lash, shuningdek, Evropada molekulyar biologiya ma'lumotlar bazalarining mavjudligi va foydaliligini oshirish uchun tashkil etilgan. Nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalarining har kuni yangilanadigan masofaviy nusxalari, shuningdek, molekulyar biologiyaning boshqa resurslari milliy vakolatli tugunlarda saqlanadi. Bioinformatika o'sib borar ekan, EMBnet Yevropa bioinformatika tadqiqot hamjamiyatini qo'llab-quvvatlash, o'qitish, tadqiqot va rivojlantirishda muhim rol o'ynaydi. 3-jadvalda GENBANK nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasining kunlik yangilanadigan nusxalarini saqlaydigan saytlarning to'liq ro'yxati keltirilgan.
GENBANK nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasidan iqtibos qilish uchun afzal qilingan shakl:
GENBANK nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi, Stoesser, G., Sterk, P., Tuli, MA, Stoehr, PJ va Cameron, GN Nuklein kislotalari Res. 1997, jild. 25 , № 1, 7–13-betlar.


Evropa bioinformatika instituti bilan qanday bog'lanish mumkin



2.3. Taqdim qilishlar tartibi.
Yangi ketma-ketlik ma'lumotlarini taqdim etish va ma'lumotlarni yangilash ommaviy ma'lumotlar bazasiga ilmiy hamjamiyatga nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi haqidagi so'nggi ma'lumotlar bo'yicha o'xshashlikni qidirish va tahlil qilish imkonini beruvchi to'liq va dolzarb ma'lumotlar to'plamini yaratish va qo'llab-quvvatlashning muhim shartidir. Zamonaviy birlamchi ketma-ketliklarning ushbu keng qamrovli ombori keyingi hisoblash tahlillari va genom tadqiqotlari uchun zarurdir. Yangi genlarning kashfiyoti, homolog genlarni identifikatsiya qilish, alternativ splaysni tahlil qilish va polimorfizmlarni aniqlash biotibbiyot tadqiqotlari kontekstida ma'lumotlar bazasidan foydalanishning faqat bir qismidir va bu faqat keng ko'lamli ketma-ketlik harakatlarining yuqori darajada yotqizishda davom etishi bilan ortadi. -o'tkazuvchanlik ketma-ketligi ma'lumotlari (HTG) va ma'lumotlar bazasiga yanada to'liq genomlar qo'shilmoqda.silika tahlilida.
Ayrim olimlar yoki ketma-ketlik guruhlarining to'g'ridan-to'g'ri taqdimotlari yangi nukleotidlar ketma-ketligi va tavsiflovchi biologik ma'lumotlarning muhim manbai hisoblanadi. Ko'pincha bu taqdimotlar eksperimental tadqiqotlarga asoslangan xususiyat va funksiya ma'lumotlarini o'z ichiga oladi, genom loyihasi taqdimoti esa, odatda, bashorat qilish algoritmlariga asoslangan dastlabki izohlarni o'z ichiga oladi. Taqdim etishdan oldin, World Wide Web-ga asoslangan interaktiv vektor skanerlash xizmati yuboruvchilarga vektor ifloslanishi uchun ketma-ketlikni ko'rish imkonini beradi.
Webin. Webin - nukleotidlar ketma-ketligi va biologik annotatsiya ma'lumotlari uchun GENBANK-ning afzal veb-asoslangan yuborish tizimi. Webin bitta, bir nechta yoki juda katta miqdordagi ketma-ketliklarni (ommaviy yuborishlar) tez yuborishga ruxsat berish uchun mo'ljallangan va http://www.ebi.ac.uk/genbank/Submission/webin.html manzilida mavjud.
Payet. Sequin - bu GenBank, GENBANK yoki DDBJ ma'lumotlar bazalariga nukleotidlar ketma-ketligini yuborish va yangilash uchun NCBI tomonidan ishlab chiqilgan mustaqil dasturiy vositadir. Sequin Macintosh, PC/Windows va UNIX kompyuterlarida ishlaydi.