Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

2.2. Ma'lumotlarga kirish.
CD-ROM
CD-ROMlar to'plami har chorakda xalqaro ISO 9660 standart formatida tarqatiladi. Asosiy tarkib - nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalari. CD-ROMda ma'lumotlarni so'rash va olish uchun dasturiy ta'minot ham taqdim etilgan. Macintosh va Windows uchun GENBANK-Search dasturi ma'lumotlarga kirish nomi, qo'shilish raqami, kalit so'z, iqtibos, muallif nomi, taksonomik tasnifi, ma'lumotlar bazasi o'zaro havolasi, erkin matn va sana bo'yicha kirish imkonini beradi. GENBANK-Search shuningdek, Prosite va Enzyme ma'lumotlar bazalariga kiradi va ma'lumotlar bazalariga o'rnatilgan o'zaro havolalar orqali tegishli yozuvlar o'rtasida navigatsiyani ta'minlaydi. U tuzilishi hujjatlashtirilgan va shuning uchun boshqa dasturiy tizimlar uchun mavjud bo'lgan ikkilik indekslardan foydalanadi. Ma'lumotlar bazalari ketma-ketligi, shuningdek, Macintosh va shaxsiy kompyuter tizimlarida FastA kabi dasturiy ta'minot bilan foydalanish uchun FastA formatidagi alohida CD-ROMda taqdim etiladi.

1-jadval. EBI tomonidan tarqatilgan ma'lumotlar bazalari


EBI tarmoq xizmatlari
EBI kompyuter tarmog'i texnologiyalarining jadal rivojlanishidan to'liq foydalanadigan tarmoq xizmatlarini rivojlantirishga bag'ishlangan. EBI ma'lumotlar bazalari va dasturiy ta'minot arxivlariga hozirda butun dunyo bo'ylab Internet, elektron pochta fayl serveri va FTP orqali kirish mumkin. Tarmoq serverlariga har kuni ketma-ketlik ma'lumotlar bazalaridan yangi va yangilangan yozuvlar qo'shiladi, bu yozuvlarni olish va eng so'nggi nukleotid ma'lumotlarida ketma-ketlik o'xshashligini qidirishni amalga oshirish imkonini beradi. 50 dan ortiq qo'shimcha maxsus molekulyar biologiya ma'lumotlar bazalari to'plami ham mavjud. Ushbu ma'lumotlar bazalari Evropa va butun dunyo bo'ylab boshqa guruhlar tomonidan ishlab chiqariladi, ularning aksariyati Evropa bioinformatika instituti bilan hamkorlikda. Masalan, ImmunoGenetics ma'lumotlar bazasi (IMGT), ma'lumotlar bazasi immun tizimining funktsiyasida muhim bo'lgan genlarning nukleotidlar ketma-ketligi haqidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Ushbu keng qamrovli ma'lumotlar resurslarini to'ldiruvchi MS-DOS, Macintosh, VMS va UNIX uchun EBI WWW sahifalari va tarmoq serverlaridan ( ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software ) erkin foydalanish mumkin bo'lgan molekulyar biologiya dasturlari to'plamidir. . Shuningdek, molekulyar biologiya va genetika bo'yicha umumiy qiziqish uyg'otadigan dasturiy ta'minot ro'yxati Bio-Katalog mavjud. Birinchi marta CEPH/Genethoda ishlab chiqilgan bo'lib, u hozirda EBI tomonidan saqlanadi va tarqatiladi. Bundan tashqari, obuna va topshirish shakllari va DDBJ/GENBANK/GenBank Feature Table Definition kabi hujjatlarni ham olish mumkin.