Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Genom loyihasi ma'lumotlari
Hozirgi vaqtda, hech bo'lmaganda, katta hajmdagi ketma-ketlik loyihalari yangi ketma-ketlik ma'lumotlarining asosiy manbalari hisoblanadi. Bunday ma'lumotlarni to'g'ridan-to'g'ri taqdim etish va kiritish imkonini beruvchi avtomatik protseduralar yangi loyihalarni osongina joylashtirish uchun ishlab chiqilgan. Uzoq vaqt davomida katta hajmdagi nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlarini ishlab chiqaradigan guruhlar uchun EBIda taqdim etish hisoblari o'rnatilishi mumkin. Taqdim etish protokoli kelishilgan va tadqiqot saytida ishlab chiqarilgan ma'lumotlar bazasi yozuvlari to'g'ridan-to'g'ri kelib chiqqan guruh tomonidan FTP yoki elektron pochta orqali saqlanishi va yangilanishi mumkin. So'nggi bir necha yil ichida bir qator genom loyihalari va tadqiqot guruhlari taqdim etish hisoblarini o'rnatdilar va protsedura tadqiqot guruhlari uchun ham, ma'lumotlar bazasi xodimlari uchun ham moslashuvchan va samarali ekanligini ko'rsatdi. Har bir taqdim etilgan hisob EBI biologlari tomonidan "kursiyalangan". yangi yozuvlar ma'lumotlar bazasi annotatsiyasi qoidalariga rioya qilishini va bir xil loyihadagi boshqa yozuvlar bilan mos kelishini tekshiradi. Kurator, shuningdek, ketma-ketlik guruhi va ma'lumotlar bazasi o'rtasida xabardor aloqa vazifasini bajaradi. EBIda taqdim etish hisobini ochmoqchi bo'lgan guruhlar ma'lumotlar bazasi xodimlariga murojaat qilishlari kerak. Ushbu usul yordamida allaqachon ma'lumotlarni taqdim etgan guruhlarning tanlovi quyida keltirilgan:

• 
  Inson genomi loyihasi, Sanger markazi, Buyuk Britaniya
  
• 
  Caenorhabditis elegans , Sanger markazi, Buyuk Britaniya
  
• 
  Schizosakcharomyces pombe , Sanger markazi, Buyuk Britaniya
  
• 
  Brugia Malayi , Sanger markazi, Buyuk Britaniya
  
• 
  Mycoplasma tuberculosis , Sanger markazi, Buyuk Britaniya
  
• 
  Mycoplasma leprae , Sanger markazi, Buyuk Britaniya
  
• 
  Fugu rubripes GSS, HGMP-RC, Buyuk Britaniya
  
• 
  Arabidopsis thaliana ESSA loyihasi, MIPS, Germaniya
  
• 
  Inson EST, Padova, Italiya
  
• 
  Bacillus subtilis , Institut Pasteur, Parij, Fransiya
  
• 
  OIV, Amsterdam, Niderlandiya
  
• 
  Yevropa Drosophila xaritalash konsorsiumi, Kembrij, Buyuk Britaniya.
  
• 
  Mycoplasma capricolum , NCHGR, AQSh
  

Bir qator yirik genomlarni sekvensiyalash loyihalarining borishini kuzatishga harakat qilinmoqda. Bir qator organizmlar uchun DDBJ/GENBANK/GenBank ma'lumotlar bazalariga yiliga kiritilgan tugallangan va tugallanmagan genomik DNK ketma-ketligining umumiy miqdorini ko'rsatadigan genom monitoringi jadvali (Genome MOT) har hafta yangilanadi va uni quyidagi manzilda topish mumkin: http: //www.ebi.ac.uk/∼sterk/genome-MOT/
1997 yil 24 sentyabrdagi Genom MOTning grafik tasviri 4-rasmda ko'rsatilgan. Ma'lumotlarni ketma-ketlikda juda erta topshirishni talab qiladigan Bermud tamoyillari ba'zi bir maxsus ishlab chiqishni talab qildi. Sanger markazi bilan hamkorlikda bunday dastlabki ma'lumotlarni (yangilanishlar va almashtirishlar bilan) avtomatik ravishda kiritish mexanizmlari ishlab chiqilgan va reja ularni boshqa ketma-ketlik markazlariga ham taqdim etishdan iborat.