Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Yangi GSS bo'limi: Genom tadqiqotlari ketma-ketligi
Ma'lumotlar bazasiga Genom Survey Sequences (GSS) uchun yangi bo'lim qo'shildi. Bu bo'linish EST bo'linishiga o'xshash xususiyatga ega, faqat uning ketma-ketligi cDNK (mRNK) emas, balki genomikdir. GSS bo'limi quyidagi ma'lumotlar turlarini o'z ichiga oladi (lekin ular bilan cheklanmaydi): tasodifiy "bir marta o'qiladigan" genom so'rovi ketma-ketliklari, kosmid/BAC/YAC uchlaridan bir martalik o'qishlar, ekson tutilgan genomik ketma-ketliklar va Alu PCR ketma-ketliklari.
Yangi kirish raqami formati
Yaqin vaqtgacha nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalari tomonidan qo'llaniladigan kirish raqamlari bitta prefiks harfidan keyin 5 ta raqamdan iborat edi (1+5 format). Loyihaning turli ma'lumotlari qo'shilish raqamlari maydonini kengaytirish zaruratini tezlashtirdi. Yangi qo'shilish raqamlari formati (2+6 formati) yaratildi va u allaqachon hamkorlikdagi ma'lumotlar bazalarida qo'llanilayapti: 2 (prefiks harflar) + 6 (raqamlar), masalan, AC123456.
Eslatma: mavjud 6 ta belgidan iborat qo‘shilish raqamlari (1+5 formati, masalan, X12345) avvalgidek qoladi va hech qachon 8 ta belgidan iborat shaklga o‘zgartirilmaydi.
Taksonomiya
49-chizilishdan beri (1996 yil dekabr), GENBANK-dan chiqarilgan yozuvlar birlashtirilgan taksonomiyani o'z ichiga oladi. Ushbu ketma-ketlikka asoslangan taksonomiya NCBI tomonidan tashqi maslahatchilar yordami va GENBANK va DDBJ bilan hamkorlikda yaratilgan va qo'llab-quvvatlanadi. "Takson" loyihasining maqsadi Nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasida paydo bo'lgan barcha organizmlarning tasnifini markazlashtirishdan iborat. Tasnifi bo'lmagan organizmlar taksonomiya daraxtiga NCBI xodimlari tomonidan har bir soha bo'yicha mutaxassislar jamoasi yordamida qo'shiladi. Taksonomiya daraxti hozirgi filogenetik bilimlarni aks ettiradi va iloji bo'lsa, nashr etilgan ma'lumotlarga asoslanadi. Yagona taksonomiyaning afzalliklari shundan iboratki, foydalanuvchilar hamkorlikdagi ma'lumotlar bazalarining istalgan biridan ma'lum bir yozuvni olgan holda ketma-ketlashtirilgan organizmning bir xil tasnifini oladilar (tekis fayldagi OT va OC qatorlarida ko'rsatilganidek).http://www3.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/tax.html