Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Dasturiy ta'minot
Ushbu keng qamrovli ma'lumotlar resurslarini to'ldiruvchi Windows, Macintosh, VMS va UNIX uchun EBI WWW sahifalari va tarmoq serverlaridan ( ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/software ) foydalanish mumkin bo'lgan erkin mavjud bo'lgan molekulyar biologiya dasturlari to'plamidir. Shuningdek, molekulyar biologiya va genetika bo'yicha umumiy qiziqish uyg'otadigan dasturiy ta'minot ro'yxati Bio-Katalog mavjud. Birinchi marta CEPH/Genethon da ishlab chiqilgan, endi u EBI tomonidan saqlanadi va tarqatiladi. Bundan tashqari, obuna va topshirish shakllari va DDBJ/GENBANK/GenBank Feature Table Definition kabi hujjatlarni ham olish mumkin.
CD-ROM
CD-ROM nashrlari har chorakda tarqatiladi. Asosiy tarkib - nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalari. Ma'lumotlarni so'rash va olish uchun dasturiy ta'minot ham taqdim etilgan. GENBANK-Search for Macintosh va Windows dasturi ma'lumotlarga kirish nomi, kirish raqami, kalit so'z, iqtibos, muallif nomi, taksonomik tasnifi, ma'lumotlar bazasi o'zaro havolasi, erkin matn va sana bo'yicha kirish imkonini beradi. GENBANK-Search shuningdek, Prosite va Enzyme ma'lumotlar bazalariga kiradi va ma'lumotlar bazalariga o'rnatilgan o'zaro havolalar orqali tegishli yozuvlar o'rtasida navigatsiyani ta'minlaydi. U tuzilishi hujjatlashtirilgan va shuning uchun boshqa dasturiy tizimlar uchun mavjud bo'lgan ikkilik indekslardan foydalanadi. Ma'lumotlar bazalari ketma-ketligi, shuningdek, Macintosh va shaxsiy kompyuter tizimlarida FastA kabi dasturiy ta'minot bilan foydalanish uchun FastA formatidagi alohida CD-ROMda taqdim etiladi.
Ketma-ket qidiruv ob'ektlari
EBI tashqi foydalanuvchilarga o'z ketma-ketliklarini GENBANK Nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi va SWISS-PROTdagi eng mavjud ma'lumotlar bilan solishtirish imkonini beruvchi bir qator xizmatlarni taqdim etadi. BLITZ Kollinz va Sturrokning (Edinburg universiteti) MPsrch dasturiga asoslangan bo'lib , u proteinlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazalarini nozik qidirish uchun taniqli Smit va Uoterman algoritmidan foydalanadi. U EBIda MasPar (massiv parallel) kompyuterda amalga oshiriladi. Mail-FastA Pearson va Lipmanning FastA dasturiga asoslangan. U nukleotidlar yoki aminokislotalar ketma-ketligini ma'lumotlar bazasiga nisbatan sezgir taqqoslashni amalga oshiradi. Blast ma'lumotlar bazasiga nisbatan to'liq Smit va Uoterni moslashtirishni amalga oshiradi va Karlin va Altschul "yig'indisi statistikasi" dan foydalanadi.