Fаrgʼonа dаvlаt universiteti tаbiiy fаnlаr fаkulteti biologiyа yoʼnаlishi

Xromatinning mavjudligini tahlil qilish
MNase-seq usuli sxemasi Xromatinning mavjudligi transkriptsiya omillari va transkriptsiya apparatining boshqa tarkibiy qismlari bilan o'zaro ta'sir o'tkazish uchun tegishli genom maydoni qanchalik ochiq ekanligini anglatadi. Nukleosom bilan zich qadoqlangan mavjud bo'lmagan joylar ochiq joylardan farqli ravishda faol transkripsiyaga duch kelmaydi. Kromatinning mavjudligini o'zgartirish muhim epigenetik tartibga solish jarayonidir, buning natijasida ma'lum genlarning kontekstga xos yoki hujayra o'ziga xos ifoda darajasiga erishiladi. Xromatinning hujayradagi mavjudligini o'rganish uchun MNase-seq, DNase-seq, ATAC-seq va FAIRE-seq kabi turli usullar qo'llaniladi. Ushbu yondashuvlarning asosiy xususiyati erkin DNKdan histon bilan bog'liq DNKni ajratish qobiliyatidir. Ushbu ketma-ketliklar keyinchalik mos yozuvlar geniga mos keladi, bu ularning joylashuvini o'rnatishga imkon beradi MNase-seq va DNase-seq bir xil printsipga asoslanadi, ya'ni histon yoki boshqa oqsillar bilan bog'liq bo'lmagan erkin DNKning nukleazlarini ajratish. Shu bilan birga, oqsillar bilan ta'sir qiluvchi DNK fragmentlari buzilmasdan qoladi, shuning uchun ular oqsillardan ajralib, keyinchalik tahlil qilinadi. Bu usullar genom faol saytlar vayron o'z ichiga oladi, chunki, ularning pozitsiyasi faqat bilvosita omon DNK parchalar va mos yozuvlar genom ularning hizalamasını tartibida tomonidan belgilangan bo'lishi mumkin. MNase-seq usuli mikrokok nukleazdan foydalanadi, bu zanjirning bir-biriga bog'langan bo'linishini ta'minlaydi, qo'shimcha ketma-ketliklar-maqsadlar Dnkzaz dnkaz usulidan foydalanadi, bu DNKda da ikki tomonlama bo'shliqlarni o'ziga xos tarzda keltirib chiqaradi. DNase-seq bunday keng tarqalgan bo'lib, Nukleosomsiz joylar DHSs deb atala boshlandi va ENCODE konsortsiumi kromatinning mavjudligini to'liq tahlil qilish uchun ushbu usulni tanladi . Asosiy PR O'tish: saytda harakatlanish, qidiruv Formaldehyde-Regulatory Elements Assisted izolyatsiya) NÜKLEOZOMLARI va ultratovush bilan DNK keyingi bo'linish bilan DNK tikuv bilan boshlanadi. Erkin va tegishli qismlar standart fenol-xloroform ekstrakti bilan ajralib turadi, oqsillarning bir qismi viskoz interfaz hosil qiladi va erkin DNK suvli fazada bo'ladi, bu erda keyingi tahlil uchun olinishi mumkin. Ultratovush qayta ishlash tasodifiy tanaffuslar qiladi, shuning uchun bu erda tasodif omil butunlay chiqarib tashlanadi va ultratovush ta'siridan keyin olingan qismlar enzimatik davolanishdan ko'proq uzunlikka ega. Buning natijasida FAIRE-seq genomning katta qismlarini tahlil qilish uchun ishlatilishi mumkin, ammo u bitta nukleosomaga ruxsat bermaydi. NUKLEAZLARNI ishlatadigan usullardan farqli o'laroq, FAIRE-seq genomning faol qismlarini to'g'ridan-to'g'ri aniqlash imkonini beradi va oddiy namuna tayyorlash bosqichini o'z ichiga oladi Atac-seq usuli Tn5 transposazasini qo'llashga asoslangan. Transpozaza genom adapterlariga ketma-ketlik uchun va oqsillardan ozod bo'lgan genomning bu qismlariga ko'proq chastota bilan qo'shiladi. Transposaz adapterlari PCRDA va keyinchalik ketma-ketlikda qo'llaniladi