|
Boshqa genomika sohalari bilan aloqasi
Epigenomika oʻzining metadologiya va maqsadlari boʻyicha boshqa genomika sohalari bilan oʻxshash jihatlari koʻp. Epigenomika epigenetik
oʻzgarishlarni global darajada identifikatsiya qilish va harakterlashni qidiradi, genomikadagi toʻliq DNK toʻplamini yoki proteomikadagi toʻliq hujayra oqsillari toʻplamini oʻrganadi.. Epigenetik tahlillarning global darajada amalga oshirilishi ortidagi mantiq spesifik lokuslarni tahlil qilish orqali erishishning iloji boʻlmagan epigenetik oʻzgarishlar haqidagi natijalarni qoʻlga kiritish mumkinligidir.. Boshqa genomika sohalaridagi kabi epigenomika ham biologiya, matematika va kompyuter fanlari uygʻunlashgan bioinformatikaga qattiq tayanadi. Shunday boʻlsa ham, epigenetik oʻzgarishlar oʻn yilliklarda maʼlum boʻlgan va oʻrganilgan, bu esa global miqyosda tahlillar oʻtkazish imkoniyatini bergan bioinformatika texnologiyalarida muvaffaqiyatlarga erishish tufayli boʻldi. Koʻplab hozirgi uslublar hamon eski usullar ustida, koʻpincha ularni keyingi boʻlimda tasvirlanganidek genomik sinovlarga moslashitirib chizilmoqda.
Epigenomik usullar
Giston modifikatsiyasi tekshiruvlari
Transkripsiya, DNK replikatsiyasi va DNK tuzatilishini oʻz ichiga olgan hujayraviy jarayonlar genom DNK va yadro oqsillari oʻrtasidagi oʻzaro hamkorlikni amalga oshiradi. U DNKaza I singishiga juda taʼsirchan boʻlgan xromatin ichidagi aniq regionlar (hududlar) sifatida maʼlum edi, Bunday sezuvchan joylar transkripsional faol regionlar deb faraz qilingan, oʻzlarining RNK polimeraza va topoizomeraza I va II assotsiatsiyasi bilan dalolat berganidek ....Eukariotik biologiyada epigenetik oʻzgarishlarga birgina misol bu -hujayraning differensiallashuvi jarayonidir. Morfogenez davrida totipotent oʻzak hujayralar embrionning birin-ketin
differensiallangan xilma-xil pluripotent hujayra liniyalariga aylanadi.
Boshqacha aytganda, bitta urugʻlangan tuxum hujayra sifatida – zigota –
boʻlinishda davom etadi, natijada qiz hujayralar organizmdagi boshqa barcha
turdagi hujayralarga aylanadi, shu jumladan neyronlar, muskul hujayralar,
epiteliy, qon tomiri endoteliysi va ho kazo, bir qancha genlarni
faollashtirish paytida boshqalarining ekspressiyasini toʻxtatib turiradi.
Hujayra differensiallanishi: A – Oʻzak hujayra; B – Oʻzini replikatsiya
qilishi; C – Xilma-xil hujayra turlariga differensiallanishi.
Kapalakning hayot siklini epigenetik oʻzgarishlarga yana bir misol qilib
keltirish mumkin. Hasharotning hayot siklida turli xil morfologik
belgilarning yuzaga kelishiga organizm hujayralari genomining turli
darajada va har xil epigenetik oʻzgarishlar sabab boʻladi va bu oʻzgarishlar
nasldan naslga oʻtib boradi.
Epigenetik o'zgarishlar
gen ifodasini o'zgartiradigan, ammo asosiy DNK ketma-ketligi (nukleotid ketma-ketligi) o'zgarishi bilan bog'liq bo'lmagan va hujayraning mitotik va meiyotik bo'linishida uzatiladigan genomning odifikatsiyasi epigenetik modifikatsiyalar deb ataladi. DNK metilasyonu va histon modifikatsiyasi kabi epigenetik modifikatsiyalar eng ko'p o'rganildi. Hujayradagi DNKning barcha epigenetik modifikatsiyalari to'plami Epigen deb ataladi. Epigenom, masalan, DNK ta'mirlash muhim uyali jarayonlar, jalb qilingan, chunki epigenom barqarorlik bevosita genom barqarorlik bilan bog'liq, chunki hujayra, uning hayoti davomida epigenom qo'llab-quvvatlaydi. Hujayra epigenom o'zgarishlar badjahl aylantirish olib kelishi mumkin Epigenomdagi o'zgarishlar 2-toifa diabet, Altsgeymer kasalligi, Parkinson kasalligi, x-xromosoma sindromi va Prader — Villi sindromi kabi turli xil saraton kasalliklari bilan bir qatorda rivojlanish va boshqa inson kasalliklari bilan bog'liq bo'lishi mumkin
DNK metilasyonu Asosiy maqola: DNK metilasyonu Birinchi ochiq epigenetik modifikatsiya DNK metilasyonu edi. DNK metilasyonu DNK tarkibida nukleotidlarga metil guruhini qo'shishdan iborat. Ushbu reaktsiyani katalizlaydigan fermentlar DNK metiltransferaza deb ataladi. DNK metilasyonu barqaror va meros qilib olingan modifikatsiya bo'lsa — da, DNK (DNK-demetilaz dan metil belgilarni olib tashlaydigan fermentlar mavjud. Eukaryotlarda metil guruhi ko'pincha 5-metilsitozin yoki 5mC (odatda CPG orollarining bir qismi sifatida[en] hosil qilish uchun DNK tarkibida nitrozin bazasining beshinchi uglerod atomiga qo'shiladi, unda sitosin qoldiqlari guanin qoldiqlari bilan birga Metilatsiyaga uchragan nukleotid pozitsiyalari turli turlarda va hatto bir organizmning hujayralari orasida sezilarli darajada farqlanadi. Hayvonlar DNKning metilatsiyasini turli yo'llar bilan ishlatishadi; shunday qilib, umurtqali hayvonlarda DNK metilasyonu darajasi juda yuqori va omurgasızlarda o'rtacha qiymatlar mavjud. Ba'zilar bor
Do'stlaringiz bilan baham: |
