Fаrgʼonа dаvlаt universiteti tаbiiy fаnlаr fаkulteti biologiyа yoʼnаlishi

2-BOB. Genomika yoʼnalishlari


Epigenetik belgilarni bevosita aniqlash
Polimerazning sekanslangan DNK molekulasi orqali harakatlanishi natijasida metil guruhlari kabi epigenetik belgilarni to'g'ridan-to'g'ri aniqlash imkonini beradi. Bir nechta loyihalar bakteriyalarda to'liq genomik epigenetik ma'lumot olish uchun ushbu yondashuvning qo'llanilishi mumkinligini ko'rsatdi[ Nanoporik tartiblash modifikatsiyalangan nukleotidlar (masalan, metillangan) bilan uchrashganda elektr tokidagi o'zgarishlarni aniqlashga asoslangan. DNK polimeraz elektrolitlar eritmasi bilan to'ldirilgan miniatyuralar xonasida bir zanjirli DNKni o'rnatish imkonini beradi, bu erda qo'llaniladigan kuchlanish tufayli elektr toki paydo bo'ladi. Muayyan nukleotidlarning vaqt o'tishi elektrolitlar ionlari uchun mavjud bo'lgan kesimini pasaytiradi, bu esa oqimning pasayishiga olib keladi. Bunday o'zgarishlarni joriy qilish orqali siz CpG orollarini aniqlashingiz mumkin Real vaqtda yagona molekulyar ketma-ketlik nol svetovod foydalanishni o'z ichiga oladi. Zero-mode waveguide). Svetovodning pastki qismida yagona DNK-polimeraza molekulasi bog'langan bo'lib, uning uchun faqat DNK molekulasi matritsa ham xizmat qiladi. To'rtta DNK nukleotidlarining har biri to'rt xil lyuminestsent bo'yoqlardan biri bilan belgilanadi. DNK polimerazasi keyingi nukleotidni qo'shganda, floresan yorlig'i undan chiqariladi va uning yorug'ligi detektor tomonidan qayd etiladi. DNK polimeraz tartibida matritsa modifikatsiyalangan nukleotid bilan uchrashganda, uning kinetikasi o'zgaradi: bu modifikatsiyaga xos tarzda tezlashadi yoki sekinlashadi. Ketma-ketlik jarayonida floresan epidemiyalar nafaqat ularning emissiya spektrlari, balki epidemiyalar davomiyligi va intervallari bilan ham baholanadi. Pulsning kengligi va puls oralig'i deb ataladigan bu parametrlar ma'lum bir vaqtda DNK polimeraza kinetikasini baholashga imkon beradi. Pulsning kengligi b funksiyasi
2017 da metil bo'lmagan sitosin qoldiqlarini bisulfitli konvertatsiya qilish va Real vaqtda yagona molekulyar ketma-ketlikni o'z ichiga olgan estrodiol usul taklif qilindi. Ushbu yondashuv Real vaqtda yagona molekulyar bisülfit tartiblash (eng. yagona molekula Real-Time bisulfite sequencing, SMRT-BS) va CpG adacıklarının metilasyonunu tahlil qilish uchun bir usul