Fаrgʼonа dаvlаt universiteti tаbiiy fаnlаr fаkulteti biologiyа yoʼnаlishi

Gistonlarning modifikatsiyasi
Sigir gistonlarining epigenetik modifikatsiyalari xilma-xilligi Eukaryotlarda genomik DNK kromatinni hosil qiluvchi oqsillar bilan bog'liq. Eng ko'p Kromatin oqsillari histonlardir, ular DNKning ikki spirali bilan o'ralgan. Histon ijobiy zaryadlangan aminokislotalar bilan boyitiladi, bu esa elektrostatik ta'sirlar tufayli salbiy zaryadlangan saxarofosfat[en] ost DNKga bog'lanishni osonlashtiradi. Xromatinning asosiy takrorlanadigan strukturaviy birliklari-nukleosomalar-H2A, H2B, H3 va H4 ikkita Koro histon molekulasini o'z ichiga olgan oktamer bo'lib, uning ustida 146 juft taglik uzunligi bo'lgan DNK iplari jarohatlangan. Nukleosomalar va ularning ustiga yara DNK yanada kondensatsiya duchor bo'lishi mumkin Kromatin fibrilla diametri 14 nm, hosil qiladi. Kromatinning ixchamlash darajasi hujayra siklining bosqichiga bog'liq va genomning turli qismlarida farq qilishi mumkin. Kromatinning kondensatsiya darajasi uning transkripsiya faoliyati bilan bog'liq.

Usullari
Epigenomikaning maqsadi global miqyosda epigenetik belgilarni qidirish va ta'riflashdir, xuddi Genomika hujayraning barcha genetik materiallarini o'rganib chiqadi va proteomika barcha hujayra oqsillari to'plamidir. Genomika va proteomika kabi epigenomikaning eng muhim metodologik qismi bioinformatika yondashuvlaridan iborat[


1.2 Epigenomik usullar (DNK metillanishi, giston modifikatsiyasi

DNKning transkripsiyasi, replikatsiyasi va ta'mirlash jarayonlari genomik DNKning yadro oqsillari bilan o'zaro ta'sirini talab qiladi. Ma'lumki, genomning ayrim qismlari Dnkza i ning ta'siriga nisbatan sezgir bo'lib, u oqsillar bilan himoyalanmagan DNKni o'ziga xos tarzda buzadi. Bunday yuqori sezgir saytlar RNK polimeraz, shuningdek, topoizomeraz va bilan birlashmasi tomonidan tasdiqlangan genom transkripsiyonel faol saytlar, deb qabul qilindi. Yuqori sezgir saytlarda DNK paketining zichligi kamayadi. Ko'pincha, yuqori sezgir saytlar DNKning transkriptsiya apparati tarkibiy qismlari bilan bog'lanishi uchun ochiq bo'lishi kerak bo'lgan promoterlarga mos keladi. ChIP-on-chip tajriba sxemasi Epigenetik modifikatsiyani to'liq genomik izlash birinchi marta Kromatin immunoprecipitation usuli yordamida amalga oshirildi. Chromatin immunoprecipitation, ChIP) DNK mikrochiplari bilan birga (bu texnologiya ChIP-on-chip deb nomlanadi. Immunop yordamida ChIP-on-chip holatida

ChIP-on-chip yordamida qandolat xamirturush epigenini o'rganib chiqdi, buning asosida gistonlarning muayyan modifikatsiyalari funktsiyalari haqida xulosalar chiqarildi. Qaysi epigenetik belgilar repressiya yoki transkripsiyani faollashtirish va ular genomning qaysi qismlarida sodir bo'lishini ko'rsatdi. ChIP-on-chip yordamida deyarli to'liq qoplamali xamirturush epigenini o'rganish mumkin bo'lsa-da, bu usulni inson kabi katta genomli organizmlar uchun qo'llash cheklangan. ChIP-seq usuli printsipi Katta genomlarda epigenetik belgilarni to'liq genomik o'rganish uchun kromatinning immunopresipitatsiyasi bilan birga SAGE kabi yuqori samarali usullar qo'llaniladi. O'tish: saytda harakatlanish, qidiruv Paired-end tag) va yuqori samarali tartiblash (bu usul ChIP-seq sifatida tanilgan). ChIP-seq standart Kromatin immunopresipitatsiya protokolini o'z ichiga oladi, ammo uning o'rniga tanlangan DNKni amplifikatsiya qilish va uni mikrochipda hibridizatsiya qilish o'rniga