Чех протестантлари қувғин қилинган оғир йилларда хам Коменский чех болаларини мактабда ўқитиш ва тарбиялашишини яхшилаш йўли билан ўз халқига ёрдам беришга, интилади. 1627 йилда у чех тилида «Чех дидактикаси» асарини ёзишга киришади. Католик зулми ва қувғин ниҳоятда кучайгач, Коменский «Чех қардошлари» жамоасининг бошқа аъзолари билан бирликда ўз ватанини ташлаб, қочиб кетишга мажбур бўлади. Улар Польшага бориб, Лешно шаҳрида бошпана тонадилар.
Шундан эътиборан, Коменский ҳаётида янги давр - сурункасига 28 йил давом этган педагогик фаолият даври бошланади. У Лешпода гимназия очиб, ўқитувчилик қилади. «Дидактика» асарини 1632 йилда чех тилида ёзиб тамомлайди. Сўнгра, 1633— 38 йилларда бу асарни қайта ишлаб, лотин тилига таржима қилади ва уни «Буюк дидактика» деб атайди. Бу асарида автор инсоният учун хаётий мухим ғояларни илгари сурди ва шу ғояларга асосланиб, бир қанча Дарслик қўлланмалар яратди. Ян Амос Коменскийнинг «Тиллар ва ҳамма фанларнинг очиқ эшиги» (1631), «Физика» (1633), «Астрономия» (1632), «Оналар мактаби» (1632) ва бошқа асарлари шулар жумласидандир. Коменский Лешпода яшаган даврида памсофия ғоясини, яъни ҳаммага хамма нарсани ўргатиш ҳақидаги таълимотни ишлашга астойдил киришди. Унинг пансофия ғояси евроналик олимларда катта қизиқиш уйғотди. Фан ва техника ютуқларини умумлаштириш иши билан шуғулланадиган халҳаро комиссия тузиш масаласини мухокама қилиш учун Коменский 1641 йилда Англияга тақлиф этилди. Лекин у ерда гражданлар уруши бошланиб кетиши сабабли, бу истак амалга ошмади.
Швеция хукумати Коменскийни ўз мамлакатига тақлиф этди. Коменский Швецияда мактаб ислоҳоти ўтказишга тайёргарлик кўришга киришди ва мактабларда латин тили ўқитиш методикасини ишлаб чиқди.
1648 йилда тўзилган Вестфал сулҳидан сўнг Коменский Лешно шаҳрига қайтиб келди ва Швеция ҳукуматининг топшириғига биноан ёзган «Латин тилининг муқаддимаси» («Преддверие латинского языка»), «Латинизм зали» («Зал латинизма») Дарсликларини, шунингдек «Тилларнинг энг янги методи» асарини бостириб чиҳарди.
1660 йилда Коменскийни мактаблар ташкил этиш учун Венгрияга тақлиф этадилар. Бу ерга келгач, у Шарошпатакеда ўзининг пансофик таълимоти асосида мактаблар очиш хақидаги фикрларини қисман амалга оширади. Бундай мактабнинг илмий жиҳатдан асосланган принциплари, ўқув плани, кунлик ўқиш тартибига доир масалалар Коменскийнинг «Пансофик мактаб» асарида баён этилган.
Шу йиллари Коменский бир қанча дидактик асарлар ҳам ёэди. Ўқитиш процессини жонлантириш, болаларда билимга қизиқиш уйғотиш учуч Шарошпатакедаги мактабда у ўқув материалларини драмалаштириш усулини қўлланди. «Тиллар ва ҳамма фанларнинг очиқ эшиги» номли асари асосида 8 та ўқув пьесаси ёэди ва улардан «Уйин - мактаб» китобини туэди.
1654 йилда Коменский «Ҳислар воситаси билан идрок қилинадиган нарсаларнинг суратлари» китобини ёзиб тамомлади. Бу асар инсоният тарихида биринчи иллюстратив Дарслик хисобланади! Бу Дарслик Евронанинг айрим мамлакатларидаги мактабларда XIX аернинг иккинчи ярмигача қўлланиб келди. Шунингдек Коменский география, геометрия, космографияга доир Дарсликлар хам туэди.
1654 йилда Ян Амос Коменский яна Лешпо шаҳрига қайтиб келди. Швеция билан Польша ўртасида бошланган уруш натижасида Лешно шахри вайрон этилган эди. Коменскийнинг мол-мулки ва бир қанча қул ёзмалари ёнғинда колиб, куйиб кетди. Коменский бошпана излаб Голландияга кўчиб борди, машҳур педагог АмстерҲам шаҳрида ўрнашиб колди, шаҳар сенатининг қарори билан Коменскийнинг дидактик асарлари нашр этилди. Я. А. Коменский 1670 йилнинг 15 ноябрида АмстерҲам шаҳрида вафот этди.
Коменский умрининг сўнгги йилларини халқлар ўртасида тинчлик ўрнатиш ва тинчликни сақлаш проблемаларини ўрганишга бағишлади. У Амстермда «Кишилик жамияти ишларини яхшилаш ҳақида ҳаммага тааллуқли маслахат» («Всеобщий совет об улучшении дел человеческих») номли капитал асарини ёзиб тугатди. Бу асарида Коменский кишилик жамиятини реформа қилиш планини ишлаб чиқишга уринди. Колониялар учун урушаётган Англия билан Голландияни яраштириш мақсадида Коменский 1667 йилда «Тинчлик фариштаси» асарини ёэди ва унда низоли масалаларни қурол ишлатиш йўли билан эмас, балки тинчлик хайрихохлик принциплари асосида ҳал этишга чақирди. Давлатлар ўртасида тинчликни сақлаш иши билан шуғулланадиган халкаро ташкилот —тинчлик совети тўзиш туғрисидаги ғояни биринчи марта Коменский тақлиф қилган эди.