Zamonaviy bioinformatsion ma’lumot bazalari haqidagi ma’lumotlar bilan tanishish. Biblografik ma’lumot bazalari. Matnli ma’lumotlarni olish instrumentlari. Kerakli jihozlar

Nazorat savollari:

1. 
   Vizualizatsiya nima?
   
2. 
   Vizualizatsiyalash dasturlari qaysilar?
   

9- Laboratoriyamashg’ulot.I-TASSER va Modeller dasturlarining ishlash prinsipi.
Kerakli jihozlar: internetga ulangan kompyuter, prezentatsiya, tarqatma material
I-TASSER (I terative T hreading ASSE mbly R efinement) - bu aminokislotalar ketma-ketligidan oqsil molekulalari tuzilishining uch o'lchovli modelini bashorat qilish uchun bioinformatik usul. [1] oqsillarni ma'lumotlar bazasidan egilishni aniqlash (yoki oqim) usuli yordamida tuzilish naqshlarini aniqlaydi. To'liq uzunlikdagi tarkibiy modellar almashinuvchi Monte Carlo replika modellashtirish yordamida oqim shablonidan tarkibiy qismlarni qayta yig'ish orqali qurilgan. I-TASSER umuman CASP hamjamiyati tajribalarida oqsil tarkibini bashorat qilishning eng muvaffaqiyatli usullaridan biridir. I-TASSER oqsil funktsiyasini ma'lumotlar bazasida ma'lum oqsillar bilan maqsadli oqsilning strukturaviy modellarini struktura bilan taqqoslash orqali ligand bog'lanadigan joyga, gen ontologiyasiga va ferment komissiyasiga izoh beradigan tuzilishga asoslangan protein funktsiyasini taxmin qilish uchun kengaytirildi. u Ann Arbor Michigan universitetining Yang Zhang laboratoriyasida qurilgan bo'lib, foydalanuvchilarga ketma-ketlikni namoyish qilish va tuzilish va funktsiyalar haqida bashorat qilish imkonini beradi. Mustaqil I-TASSER to'plamini I-TASSER veb-saytida yuklab olish mumkin.
1.7-rasm
.
Nazorat savollari:

1. 
   I-TASSER dasturiga qanday kiriladi?
   
2. 
   I-TASSER dasturining mohiyati?
   

10- Laboratoriyamashg’ulot. RasMol dasturida oqsil strukturalarining qo’yilishi
Kerakli jihozlar: internetga ulangan kompyuter, prezentatsiya, tarqatma materialRasMol - bu molekulalarni vizuallashtirish uchun yaratilgan va asosan biologik makromolekulalarning fazoviy tuzilishini, birinchi navbatda oqsillar va nuklein kislotalarni o'rganish va olish uchun ishlatiladigan kompyuter dasturi. RasMol dasturining birinchi versiyasi 90-yillarning boshlarida Roger Sale tomonidan yaratilgan. 2.7 versiyasidan boshlab, RasMol ikki tomonlama litsenziya (GPL yoki RASLIC) bo'yicha tarqatiladi. Shunday qilib, RasMol (Jmol va PyMOL bilan birgalikda) ochiq manbali molekulalarni vizuallashtirish dasturlaridan biridir. Vizualizatsiya uchun dastlabki ma'lumotlar bu Protein Ma'lumotlar Banki (PDB) formatidagi faylda joylashgan molekula (yoki molekulalar majmuasi) atomlarining koordinatalari. Atom koordinatalari bo'lgan fayllarni PDB saytlaridan biridan nusxalash mumkin (Jahon Protein Ma'lumotlar Bankiga qarang). RasMol molekulyar biologlar va bioinformatika tomonidan faol foydalanishda davom etmoqda. Foydalanuvchi interfeysining sodda va mantiqiy tuzilishi tufayli dasturni o'rganish oson. Dastur uchun ishlab chiqilgan buyruqlar tizimi ("RasMol" ning "tili") boshqa dasturlarda, masalan, Jmolda qo'llaniladi. Ikkinchisi asta-sekin RasMol-ni almashtiradi, chunki o'rganish deyarli oson, RasMol-ning barcha funktsiyalarini qamrab oladi va bir qator qo'shimcha funktsiyalarga ega.