|
Nazorat savollari:
Domen nima?
Domenlarni izlash metodlari?
6- Laboratoriya mashg’ulot. Hisoblashning ochiq ramkasini izlash. ORF-Finder dasturida ishlash
Kerakli jihozlar: internetga ulangan kompyuter, prezentatsiya, tarqatma material Uch xil mumkin bo'lgan o'qish freymlarini ko'rsatadigan misol ketma-ketligi. Boshlang'ich kodonlar binafsha rang bilan, to'xtash kodonlari qizil rang bilan ajratilgan.
Molekulyar genetikada, ochiq o'qish ramkasi (ORF) tarjima qilinishi mumkin bo'lgan o'qish doirasining bir qismidir. RUF boshlang'ich kodondan (odatda AUG) boshlanadi va to'xtash kodonida (odatda UAA, UAG yoki UGA) tugaydigan kodonlarning doimiy qismidir. ORF ichidagi ATG kodon (RNK shaklidagi AUG) (shart emas Birinchi) tarjima qayerda boshlanishini ko'rsatishi mumkin. Transkriptni bekor qilish joyi ORFdan keyin, tarjima to'xtash kodonidan tashqarida joylashgan. Agar transkodatsiya to'xtash kodonidan oldin to'xtasa, tarjima paytida to'liq bo'lmagan protein olinadi. Vaukaryotik sharoitda oqsillarni tarjima qilish uchun yakuniy mRNKni ishlab chiqarish uchun transkripsiyadan so'ng bir nechta ekzon, intron bilan genlar chiqariladi va ularning o'zaro aloqasi bor. Shunday qilib, genlarni qidirish kontekstida ORF ni boshlang'ich holatini aniqlash faqat genom DNKga emas, balki splikalangan mRNK-larga nisbatan qo'llaniladi, chunki intronlarda to'xtash kodonlari bo'lishi mumkin va / yoki o'qish maydonchalari o'rtasida siljish paydo bo'lishi mumkin. Muqobil ta'rifda aytilishicha, ORF uzunligi uchga bo'linadigan va to'xtash kodonlari bilan cheklangan ketma-ketlikdir. Ushbu umumiy ta'rif, shuningdek, transkriptomika va yoki metagenomikaning kontekstida ham foydali bo'lishi mumkin, bunda boshlash va / yoki to'xtatish kodonlari ketma-ketlikda bo'lmasligi mumkin. Bunday ORF to'liq Genga emas, balki genning qismlariga mos keladi.
Biologik ahamiyati Ochiq o'qish ramkalaridan (ORF) bitta dalil sifatida keng tarqalgan foydalanish bu genni bashorat qilishga yordam berishdir. Uzoq ORFlar ko'pincha boshqa dalillar bilan birgalikda DNK ketma-ketligida proteinli kodlash hududlari yoki funktsional RNK kodlash hududlarini aniqlash uchun ishlatiladi. RUFning mavjudligi bu mintaqa doimo tarjima qilinishini anglatmaydi. Masalan, har bir nukleotidning teng foizli tasodifiy hosil bo'lgan DNK ketma-ketligida, 21 ta kodondan bir marta to'xtash kodoni kutilishi mumkin. Prokaryotlarning oddiy genlarini aniqlash algoritmi original kodonni izlashi mumkin, so'ngra odatdagi oqsilni kodlash uchun etarli bo'lgan ochiq o'qish doirasi mavjud. bu mintaqaning kodonidan foydalanish ma'lum bir organizmning kodlash mintaqalari uchun chastota javobiga mos keladigan joyda. Shu sababli, ba'zi mualliflarning ta'kidlashicha, RUF minimal uzunlikka ega bo'lishi kerak, masalan 100 kodon yoki 150 kodon . O'z-o'zidan, hatto ochiq o'qish doirasi ham ma'lum bir gen mavjudligini ishonchli dalil emas. Boshqa tomondan, oqsilni kodlovchi genlarning klassik xususiyatlariga ega bo'lmagan (ncrna kabi) ba'zi qisqa ORFlar (sORF) isbotlangan. mRNA dan), funktsional peptidlarni ishlab chiqarishi mumkin. Ma'lumki, sutemizuvchi mRNKning taxminan 50% ning 5'NTR bir yoki bir nechta sorflardan iborat. Sinflarni tarjima qilishni boshlash uchun eksperimental ravishda topilgan saytlarning 64-75 foizi odam va sichqonlar genomlarida saqlanadi va bu elementlar funktsiyaga ega ekanligini ko'rsatishi mumkin. Ammo, yaralar ko'pincha mRNKning mayda shakllarida uchraydi va selektsiyadan qochadi; qo'zg'atuvchi saytlarning yuqori konservatizmi ularning tegishli genlarni qo'zg'atuvchilar ichida joylashganligi bilan bog'liq bo'lishi mumkin. Bu holat, masalan, SLAMF1 geniga xosdir.
Oltita freymga tarjima qilish
DNK uchta nukleotid (kodon) guruhlarida izohlanganligi sababli, DNK ipi uch xil o'qish maydonchalariga ega. DNK molekulasining qo'shaloq spirali ikkita antiparallel strandga ega; Ikki ip bilan har birida uchta o'qish maydonchasi mavjud bo'lib, oltita mumkin bo'lgan ramka o'tkazmalari mavjud.
Oltita freymga tarjima namunasi. Nukleotidlar ketma-ketligi yuqorida to'g'ridan-to'g'ri va teskari tarjimalar bilan o'rtada ko'rsatilgan. Ikkita mumkin bo'lgan ochiq o'qish ramkalari ajratilgan.
ORF-ni topish vositalari [tahrirlash]
ORF Finder (tahrirlash)
ORF Finder (Open Reading Frame Finder) - bu tanlangan minimal o'lchamdagi barcha ochiq o'qish maydonlarini foydalanuvchi ketma-ketligida yoki ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan ketma-ketlikda topadigan grafik tahlil vositasi. Ushbu vosita standart yoki alternativ genetik kodlardan foydalangan holda barcha ochiq o'qish ramkalarini aniqlaydi. Ajratilgan amino kislotalar ketma-ketligini turli formatlarda saqlash va BLAST serveridan foydalanib, ketma-ketlik bazasida qidirish mumkin. ORF Finder to'liq va aniq ketma-ketlik namoyishini tayyorlashda foydali bo'lishi kerak. Bundan tashqari, u Sequin bilan to'ldirilgan, Sequence analizatori (ketma-ketlik analizatori).
ORF tergovchi [tahrirlash]
ORF Investigator bu nafaqat kodlash va kodlanmagan ketma-ketliklar to'g'risida ma'lumot beradi, balki gen / DNK mintaqalarining turli ketma-ketliklarini juft ravishda global tenglashtirishni amalga oshiradigan dastur.
Do'stlaringiz bilan baham: |
