Zamonaviy bioinformatsion ma’lumot bazalari haqidagi ma’lumotlar bilan tanishish. Biblografik ma’lumot bazalari. Matnli ma’lumotlarni olish instrumentlari. Kerakli jihozlar

Nazorat savollari:

1. 
   RasMol “tili” nima?
   
2. 
   RasMol va PyMolning farqi?
   

11- Laboratoriya mashg’ulot. Ligand, retseptor ta’sirlashuvlarini oldindan aytish. AutoDock dasturida ishlash.
Kerakli jihozlar: internetga ulangan kompyuter, prezentatsiya, tarqatma materialAutoDock bu kichik tuzilishdagi oqsillarga kichik molekulalarning bog'lanishini taxmin qilish imkonini beradigan dasturiy ta'minot to'plamlaridan biridir. Haqiqiy AutoDock tarqatish dasturiy ta'minotning ikki avlodini o'z ichiga oladi: AutoDock 4 va AutoDock Vina. AutoDock bepul dastur bo'lib, uning so'nggi versiyasi GNU General Public License tomonidan tarqatiladi, AutoDock Vina Apache litsenziyasi ostida sotiladi. Dastlabki versiyadan boshlab, Autodock ikkita dasturning kombinatsiyasi: Autodock - dockingni amalga oshiradigan haqiqiy dastur va Autogrid - mumkin bo'lgan tarmoqlarni hisoblash imkonini beradigan dastur. Har bir retseptor uchun (ulanishlar hisoblangan makromolekula, ulanishdagi retseptor deb ataladi) har bir atom turi uchun potentsial tarmoqlarni bir marotaba hisoblash kifoya qiladi, bu esa ushbu atomlardan tashkil topgan har qanday ligand uchun hisob-kitoblarni amalga oshirishga imkon beradi (zanjirlashda ligand o'zgarishi mumkin bo'lgan kichik molekuladir). holati va konformatsiyasi).
2006 yilda AutoDock eng ko'p iqtibos qilingan docking dasturi edi . AutoDock Scripps tadqiqot instituti va Olson laboratoriyasi tomonidan qo'llab-quvvatlanadi va ishlab chiqilgan
1.8-rasm

O'rnatish qutisi ko'rsatilgan - 3NTB oqsilining faol markazini ushlab turadigan kubik mintaqa. Markazda mahalliy T1N ligandasi joylashganO'rnatish retseptor ichidagi kubik maydonda (o'rnatish qutisi) amalga oshiriladi. Retseptor uchun AutoGrid-dan foydalanib, ikkilik fayllar to'plami yaratiladi - mumkin bo'lgan panjurlar. Ular o'rnatish qutisidagi har bir atom uchun uning ma'lum bir kimyoviy elementning sinov atomi bilan o'zaro ta'siri potentsialini tavsiflaydi. Ushbu elementlarning to'plami dock kerak bo'lgan ligandlarning kimyoviy tarkibi bilan belgilanadi. Har bir kimyoviy element uchun 1-2 ta fayl yaratiladi. Potentsialni hisoblash uchun fizik qonunlarga asoslangan yoki empirik yoki aralashgan holda skorlash funktsiyasidan foydalaniladi. Dasturning turli xil versiyalarida skoring funktsiyalari farq qilishi mumkin. Bo'sh elektr energiyasini hisoblash uchun potentsial tarmoqlardan foydalaniladi .
Ligand, atomlar, bog'lanishlar va zaryadlarning yig'indisidan tashqari, dastur ichidagi raqamlar to'plami bilan tavsiflanadi - joylashish qutisidagi joylashish, barcha faol burilish burchaklarining aylanishi. Autodock, bo'sh energiya jihatidan eng mos keladigan ligand o'rnini topish uchun ushbu raqamlarning barcha mumkin bo'lgan birikmalaridan o'tadi. Shuning uchun, dok qutisi sifatida, odatda retseptorning faol markazini o'z ichiga oladigan tomoni bilan 10-30 angstrom bo'lgan kub tanlanadi . Faol markazdagi barcha mumkin bo'lgan pozitsiyalarni to'liq ro'yxatga olish va ligandlarning barcha moslashuvi juda ko'p vaqt va resurs talab qiladigan vazifadir. Autodock-da jarayonni optimallashtirish uchun global minimal qidiruv algoritmlari qo'llaniladi: Monte Karlo, simulyatsiya qilingan moylash, genetik algoritmlar
1.9-rasm