Zamonaviy bioinformatsion ma’lumot bazalari haqidagi ma’lumotlar bilan tanishish. Biblografik ma’lumot bazalari. Matnli ma’lumotlarni olish instrumentlari. Kerakli jihozlar

12- Laboratoriya mashg’ulot. TMNMM dasturi yordamida transmembran spirallarini oldindan aytish.

Kerakli jihozlar: internetga ulangan kompyuter, prezentatsiya, tarqatma materialMIP_CAVPO membrana oqsillari topologiyasini bashorat qilish
Topologiyani bashorat qilish deyarli qo'lda.
Hidrofobiklik profil pepwindow dasturi yordamida qurilgan (-grafik ma'lumotlar, -19). Dastur aminokislotalarning butun ketma-ketligini tekshiradi va har bir oynaning o'rtacha hidrofobiklik qiymatini hisoblaydi. Olingan ma'lumotlar Excel-da qayta ishlanadi; gidrofobik profil profili.xls jadvali qurilgan. Grafikda: gidropatiklik - ma'lum bir joyga joylashtirilgan deraza uchun o'rtacha gidrofobiklik.
1.10-rasm

Ushbu grafik yordamida transmembran segmentlari bashorat qilingan; Ushbu bashorat TMHMM dasturini bashorat qilish bilan bir qatorda, ma'lum bir protein prototipi topologiyasida joylashgan OPM-manba ma'lumotlari bilan taqqoslandi - MIP_SHEEP (ikkala oqsil uchun aminokislotalar koordinatalari mos keladi). Tarkiblar Shveytsariya-Prot ma'lumotlar bazasida ID tomonidan topilgan. Igna dasturi yordamida olingan hizalama og'irligi 1284 ni tashkil etadi, ketma-ketlikni aniqlash foizi 94,7 (bu yomon emas).

Bundan tashqari, fon Xeyn qoidasiga ko'ra, sitoplazmada yotadigan oqsilning membrana bo'lmagan qismlarida membrananing tashqi tomoni va tashqi qovurg'alariga qaraganda ko'proq musbat zaryadlangan qoldiqlar (K va R) mavjud. Ushbu bashorat TMHMM dasturi yordamida, shuningdek, OPM ma'lumotlar bazasida joylashgan transmembran segmentlarining koordinatalarini tahlil qilgandan so'ng amalga oshirildi. Natijalar MIP_CAVPO va MIP_SHEEP oqsillari hizalanishiga bog'langan ikkita yangi ketma-ketlik shaklida taqdim etiladi; ularning ismlari TMHMM va OPM. Transmembran spirallari H harflari, membrananing ichki qismida joylashgan oqsil qismlari I harfi bilan, tashqi tomondan esa O harfi bilan belgilanadi.
TMHMM yordamida topologiyani bashorat qilish.
TMNMM dasturining chiqish fayli.
Grafik shaklda olingan natijalar:
Ushbu grafada kategoriyalardan biriga tegishli aminokislotalar qoldig'ining ehtimolligi ko'rsatilgan (qizil ustunlar transmembran mintaqasiga tegishli ekanligini, ko'k chiziq hujayra ichidagi hududni, malina chizig'i hujayradan tashqari mintaqani anglatadi) Bu transmembrananing parchalanmaganligi ehtimolini bilishga imkon beradi.
Qopqoqlarning uchlarida membranadan chiqadigan qoldiqlarni aniqlash uchun protetib protein tarkibiy tuzilmasidagi PDB faylini - 1sor.pdb va ORM saytida WebMol ishlatdik. Chiqib ketgan uchlari quyidagicha aniqlandi: membranadan chiqadigan OPM ma'lumotlari bilan aniqlangan, ammo tegishli usul bilan taxmin qilingan qoldiqlar va pdb spirallariga tegishli ekanligi aniqlandi.

1.11-rasm

Jadvalga ko'ra ikkala usul (transmembranani qo'lda aniqlash va TMHMM dasturidan foydalanish) xato beradi. Juda g'alati, lekin jadvalga qaraganda, bu holda "deyarli qo'lda" usul biroz yaxshiroq bo'lgan. Ikkala usul ham qoldiqlarga qaraganda ko'proq yoki kamroq qoplangan transmembran segmentlarining sonini taxmin qilishdi. Jami TMHMMda spirallarda ko'proq qoldiqlar taxmin qilingan. "Qo'lda" usul bilan faqat bitta cho'qqiga erishildi 1,8, ammo u PDB tuzilmasi yoki OPM ma'lumotlariga yaqinlashmadi. Shu bilan birga, taxmin qilish darajasi juda katta bo'lib chiqdi.