Zamonaviy bioinformatsion ma’lumot bazalari haqidagi ma’lumotlar bilan tanishish. Biblografik ma’lumot bazalari. Matnli ma’lumotlarni olish instrumentlari. Kerakli jihozlar

II. Bo’lim
Mustaqil ta'lim
Mustaqil ish uchun berilgan mavzularni talabalar mustaqil ravishda ko'rsatilgan adabiyotlar yordamida o'zlashtirib joriy, oraliq nazorat shaklida yoki darslardan tashqari vaqtda referat, prezentatsiya yoki muloqot tarzida topshiradilar.

	Mustaqil ta'lim uchun tavsiya etiladigan mavzular
1	Amaliy mashg'ulotlarga nazariy tayyorlanish.
2	Zamonaviy biologiya rivojlanishidagi bioinformatikaning hissasi (genomika, proteomika va b.).
3	Biologik ketma, ketliklarni sekvinirlash usullarining rivojlanish.
4	Filogenetik darahtlarni tuzish algoritmlari.
5	Monte Karlo usuli.
6	Evolyucion biologiya, biologik xilma, xillikni baholash
7	Ligand, receptor bog’lanishlar uchun dasturlar
8	Genetik algoritmlar.

III. Bo’lim.
Glossariy

Akson	Аксон	Aksone	Nerv hujayrasining uzun o’simtasi
Bioinformatika	Биоинформатика	Bioinformatics	– biologik ko’rsatkichlarni ifodalashda foydalaniladigan usullar va dasturlarni ishlab chiquvchi fan
Protein domeni	Домен протеина	Protein domen	– oqsilning uchinchi darajali tuzilishining elementi bo'lib, u ancha barqaror va mustaqil protein substruktsiyasi bo'lib, uning yig'ilishi qolgan qismlardan mustaqil ravishda sodir bo'ladi
Blast	Бласт	Blast	–asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi
COG	COG	COG	–har birining nomiga qarama-qarshi bo'lgan alifbo ro'yxatidagi ortologik genlar to'g'risidagi ma'lumotlar.
GO (Gen Ontologiyasi)	Онтологии гена	- Gene ontology	- Genlarni tasniflash (bitta genga boshqacha nom berilmasligi va turli xil genlarga bir xil nom berilmasligi uchun atamalar to'plamini tuzish, terminologiyani tashkil qilish
DNK reparatsiyasi.	Репарация	Reparation DNA	– DNK bitta zanjirining buzilgan qismini to`g`rilanishi yoki reparatsiyasini chegaralangan replikatsiya sifatida qarash mumkin.
Ekzonlar	Экзон	Ekzone	–Struktura genlarida axborot saqlovchi struktura genlari
Intronlar	Интрон	Intron	– Struktura genlarida axborot saqlamaydiganlari struktura genlari
I-TASSER	I-TASSER	I-TASSER	- bu aminokislotalar ketma-ketligidan oqsil molekulalari tuzilishining uch o'lchovli modelini bashorat qilish uchun bioinformatik usul
ORF Finder	ORF Finder	ORF Finder	-- bu tanlangan minimal o'lchamdagi barcha ochiq o'qish maydonlarini foydalanuvchi ketma-ketligida yoki ma'lumotlar bazasida mavjud bo'lgan ketma-ketlikda topadigan grafik tahlil vositasi.
PyMOL	PyMOL	PyMOL	- bu molekulyar ko'rish tizimi. Ikkala kichik molekulalar va biologik makromolekulalarning, birinchi navbatda oqsillarning yuqori sifatli uch o'lchamli tasvirlarini yaratishga imkon beradi
– ProDom	ProDom	ProDom	- oqsil domenlari.
PFAM	PFAM	PFAM	oqsil oilalari to'g'risidagi ma'lumotlar bazasi;
NCBI	НСБИ	NCBI	- Genom ma'lumotlar bazasidagi tirik organizmlarning genomlari ro'yxati Tuzilgan ma'lumotlar bazalari Bunday ma'lumotlar bazalari arxivlangan va tuzatilgan ma'lumotlar bazasidan ma'lumotlarni qayta ishlash natijasida olingan:
RasMol	RasMol	RasMol	- bu molekulalarni vizuallashtirish uchun yaratilgan va asosan biologik makromolekulalarning fazoviy tuzilishini, birinchi navbatda oqsillar va nuklein kislotalarni o'rganish va olish uchun ishlatiladigan kompyuter dasturi.
Insiziya	Инсизия	Insisition	- endonukleaza fermentlari tomonidan amalga oshiriladi. Pirimidin dimerlarining ekssizion reparatsiyasi, DNK ipini 5y- uchidan boshlab parchalovchi, maxsus endonukleaza tomonidan amalga oshiriladi. Endonukleotid uzilishlar insiziyasi g - indo - nukleaza tomonidan amalga oshiriladi.
Электроосмос	Электроосмос	Electroosmos	elektroosmos deganda tashqi elektr maydoni ta'siridan dispersiya muhitining harakatsiz dispers fazaga nisbatan kelib chiqadigan harakati tushiniladi.
PDB	PDB	PDB	- oqsillarning fazoviy tuzilishi. Nazorat ostidagi ma'lumotlar bazalari:
SCOP	SCOP	SCOP	–Oqsillarning tarkibiy tasnifi ma'lumotlar bazasi (oqsil tarkibi tavsiflangan
Swiss-Prot	Swiss-Prot	Swiss-Prot	- oqsillarning aminokislotalar ketma-ketligini o'z ichiga olgan eng yuqori sifatli ma'lumotlar bazasi;
Replikatsiya	Репликация	Replication	– nusxa olish yoki ikki hissa ko`payish.
Neyron	Нейрон	Neuron	Nerv hujayrasining tanasi
In-silico	In-silico	In-silico	–biologic jarayonlarni kompyuter yordamida modellashtirish
Filogenetik Daraxt	Филогенетический дерево	Filogenetic tree	–Tirik organizmlarning molekulyar ko’rsatkichlaridan foydalangan holda ularni filogenetik daraxtdagi o’rnini hisoblashning juda ko’plab turlari (UPGMA, WPGMA, Neighbor-joining, Maximum-likelihood, Bayesian inference va boshqalar) mavjud.
Dentrit	Дентрит	Dentrit	– Nerv hujayrasining kalta o’simtasi
DNK-polimeraza	ДНК полимераза	DNA-polimerase	–tomizg’i fermenti DNkning komplementar qismini sintezlaydi
Ligaza	лигаза	Ligase	—ulovchi ferment. Yangi sintezlangan DNk bo’Lagini ulaydi.
Transkripton	транскриптон	Transkripton	Tugatuvchi nukleatid ketma, ketligi Terminator
Oqsil	Белка	Protein	51tadan ko’p aminokislota qoldig’idan iborat biomolekula
Genom	Геном	Genome	- gomologik organizmdagi genlar yig’indisi .
Proteomika	Протеомика	Proteomika	- oqsillarning tarkibi ,tuziishini o’rganuvchi fan
Super kompyuter	Супер компютер	Super computer	– 500 tezlik bilan ishlovchi kompyuter

IV.Бўлим. ИЛОВАЛАР.
4.1.Фан дастури

O”ZBEKISTON RESPUBLIKASI OLIY VA O’RTA MAXSUS

TA’LIM VAZIRLIGI
BUXORO DAVLAT UNIVERSITETI
“TASDIQLANDI”
O’quv ishlar bo’yicha prorektor
_____________М.I. Daminov

2020 yil «___» ______________

BIOINFORMATIKA

FANINING ISHСHI O’QUV DASTURI

Bilim sohasi: 100 000 - Gumanitar soha

Та’lim sohasi:140000 -Tabiiy fanlar
Та’lim yo’nalishi5140100 - Biologiya
Umumiy o’quv soati 128
Shu jumladan:
Ма’ruza-30 soat(7 semestr –30 soat)
Laboratoriya mashg’ulot-42 soat (7 semestr –42 soat)
Мustaqil ta’lim soati-56 soat (7 semestr –56 soat)

Buxoro-2020

Mazkur ishchi dasturi O’zbekiston respublikasi Oliy va o’rta maxsus ta’lim vazirligining 20 yil “____” _________dagi “____”-sonli buyrug’i bilan ma’qullangan fan dasturi asosida ishlab chiqildi.

Ishchi dasturi Buxoro Davlat universiteti Kengshining дастури 2020_ yil “____” ____________dagi “____” –sonli bayoni bilan tasdiqlangan.

Тuzuvchi:

D.B. Аmonova - BuxDU. “Biologiya” kafedrasi o’qituvchisi

Z.Xadjayeva - BuxDU. “Biologiya” kafedrasi o’qituvchisi

Таqrizchilar:

N.Rashidov - Biologiya kafedrasi dotsenti

B.B. Toxirov - Biologiya kafedrasi dotsenti

Biologiya kafedrasi mudiri:

2020 yil “____” _________________________ M.M.To’rayev
(imzo)

BuxDU Аgronomiya va Biotexnologiya

Fakulteti dekani:
2020 yil “____” ____________________________ А.Q. Qodirov
(imzo)

1.