1219 ж. Шыңғысхан әскерлери Отрар қаласына жүрисин баслады. 1219 ж. сентябринде қамал етилген Отрар қаласы алты ай қарсылық көрсетти. Шыңғысханның өзи тийкарғы күшлери менен Бухараға жолға шықты. Монғоллар дәслеп Нур (ҳәзирги Нурата) қаласын басып алды. 1220 ж. февралында Бухараны ийеледи. Монғоллар Бухараны талан-тараж етип, қаланы өртеп жиберген.
Самарқандқа монғоллар 1220 жылдың март айында жетип келди. Дереклерде көрсетилиўинше қаланы қорғаўшылар 20-40 мың адамнан ибарат болған. Самарқандта атлы ҳәм пияда әскерлерден тысқары 20 урысқа үйретилген пил де болған. Турканхатунның иниси Тоғайхан қаланы қорғаўшыларға басшылық ететуғын еди. Қаланы қорғаўшылар арасында бирлик болмады.
Шыңғысхан қала сыртындағы Көксарайда турып қамаўды даўам етти. Самарқанд халқы монғолларға қарсылық көрсетти. Қалада 1000 ға шамалас адам жасырынған жума мешити отқа жағып жиберилген. Монғол атланысынан алдын Самарқандта 400 мың адам болса, атланыстан кейин 200 мың халық қалған.
Усы ўақытлары Жошы әскерлери 7 күнлик қоршаўдан соң Сығнақ қаласын, кейин Өзген, Жент қалаларын басып алды. Темур Малик басшылығындағы әскерлер Хожент қаласын қаҳарманлық пенен қорғады. Ол 70 қайық таярлатып, урыс пенен Сырдарья арқалы қоршаўды бузып өтеди ҳәм Ургениш қаласына келеди.
1221 ж. қыс айларында Мухаммедшахтың балалары Жалаладдин, Озлагшах ҳәм Ақшах Ургенишке қайтып келеди. Жалаладдинниң шах етип тайынланғаны жәрия етиледи ҳәм оны Темур Малик қоллап-қуўатлайды. Қыпшақ сәркардалары Озлагшах пенен бирге Жалаладдинге қарсы қастыянлық шөлкемлестиреди. Бул қастыянлық ашылып қалғаннан кейин Жалаладдин пенен Темур Малик өзиниң тәрепдарлары менен Хорасанға өтип монғолларға қарсы гүрес алып барады.
1221 ж. қыс айларында Ургениш қамалы басланды. Бес айлық қоршаўдан соң Ургениш қаласы монғоллар тәрепинен басып алынды. Монғоллар қаланы суўға батырып жиберди.
1221 ж. Шыңғысхан Балхты, кейин Мервти ийеледи. Жалаладдин Аўғаныстан ҳәм арқа Ҳиндстанда монғолларға қарсы гүрес алып барды. Ҳинд дәрьясынан өтиўде мәртлик көрсетти ҳәм 1224 жылға шекем Ҳиндстанда, кейин 7 жыл даўамында Кавказ артында монғолларға қарсы гүрести даўам еттирди. Ол 1231 ж. Курдистан таўларында жеңиске ерисе алмастан өлип кетеди. Буннан соң Хорезмшахлар мәмлекети өмир сүриўин тоқтатты. Оның территориясы монғоллар мәмлекетиниң қурамына қосып алынды.
1227 жылы дүньядан өткен Шынғысхан, соң Оқтай (1229-1241 жж.) Шағатай улысына кириўши Орта Азия ўалаятларын, соның ишинде Мавераннахрды басқарыў ушын саўдагерлер Махмуд Ялавашқа ижараға берди. Урыс жылларында ол ең дәўлетли саўдагерлерден бирине айланды.
Махмуд Ялаваш ис жүзинде монғоллардың Мавераннахрдағы найыбы болып қалды. Оның қараўында монғоллардың отрядларға бөлинген үлкен күшлери болып, олардың баслығы «даруға» ямаса түркше «баскак» деп аталатуғын еди. Баскаклар салық ҳәм улпан жыйнаўды мәжбүриятлардың орынланыўын қадағалады.
Махмуд Ялаваш Хожент қаласын резиденция етип тақлады. Шағатай ҳәм оның адамлары Мавераннахрдан тысқарыда жасап, оның ислерине араласпады.
Бухарада садрлар бурынғы абыройларын қайта тикледи. Монғоллар руўханийлар менен саўдагерлерди қоллап-қуўатлады. Ҳәммеден бетер дийханлар менен өнерментлерге аўыр болды. Монғоллар «қалан» деп атылыўшы салық бойынша хираждан тысқары дийханлар жүдә көплеген миннетлик ҳәм хызметлерди орынлаўы тийисли болды.