Kurs ishi mavzu: genom bazalari

Baliq genomlari.
Baliq genomlari loyihalari akvakulturani tushunish uchun o'simlik genomlari loyihalari qishloq xo'jaligini tushunish uchun shunchalik muhimdir. Iqtisodiyotda akvakultura muhim ahamiyatga ega bo'lgan dunyo mintaqalarida turli xil baliq turlarining hayotiyligini ta'minlash juda muhimdir. Ilgari ko'plab usullar baliqlarning rivojlanish naqshlari, fiziologiyasi va xatti-harakatlarini o'rganish bilan cheklangan. Biroq, baliq ma'lumotlar bazalarining mavjudligi ushbu turlarning genetikasini ko'rib chiqishga imkon beradi va shu bilan o'sish tezligi va go'sht sifati kabi tijoriy ahamiyatga ega bo'lgan shtammlarni yaxshilashga yordam beradi. Tilapiya (Oreochromis sp.) tropik Afrikaning chuchuk suvlarida yashaydigan perchga oʻxshash baliqlar turkumi (Cichlidae oilasi). Ular bugungi madaniyatdagi eng muhim suv turlaridan biridir. Tilapiya (Oreochromis niloticus) uchun birinchi nisbatan to'liq genetik xarita hozirda mavjud. Xaritalar 1–30 (lg1–lg30) bogʻlanish guruhlari sifatida roʻyxatga olingan va ularni ushbu turning genomini tashkil etuvchi 22 ta xromosomaga birlashtirish boʻyicha harakatlar olib borilmoqda.
Puffer baliq (Fugu rubripes) genom loyihasi yakunlanish arafasida. Ushbu ma'lumotlar bazasidan olingan ma'lumotlar shuni ko'rsatadiki, bu baliq turi inson genomi bilan bir xil miqdordagi genlarga ega, ammo uning genom hajmi inson genomidagi 3000 Mb bilan solishtirganda atigi 400 Mb. Shunday qilib, puffer baliq gomologlarini inson genomik hududlariga identifikatsiya qilish odamlarda genlarni aniqlashni osonlashtiradi.

Zebrafish yaqinda umurtqali hayvonlarning rivojlanishi va genetikasini o'rganish uchun asosiy organizm sifatida paydo bo'ldi. Natijada, keng qamrovli ma'lumotlar bazasi (Zebrafish Axborot tarmog'i) zebrafish tadqiqotlari natijasida yaratilgan keng turdagi ma'lumotlar turlarini o'z ichiga oladi, jumladan, mutatsiyalar, genlarni ifodalash naqshlari va genetik xaritalar haqidagi matn, rasmlar va grafik ma'lumotlar. Stenford zebrafish genom loyihasi ma'lumotlari umurtqali hayvonlar genomlari o'rtasidagi sintenik munosabatlarning keng saqlanishini aniqladi. Zebrafish genomi 25 bog'lanish guruhiga bo'lingan.