2.3. Mavjud genom ma'lumotlar bazalari. Parazitlar va kasallik organizmlari. Bakterial, eukariot va virus genomlarining 700 dan ortiq turlari to'liq yoki qisman ketma-ketlashtirilgan. Ushbu turlarning ba'zilari turli xil o'simliklar va hayvonlarda, shu jumladan odamlarda kasalliklar uchun javobgardir. Dunyo sog'lig'iga alohida ta'sir ko'rsatadigan kasalliklarga misol qilib, to'rtta ma'lum bir hujayrali parazitlar keltirib chiqaradigan bezgakni keltirish mumkin, ularning eng yuqumli kasalligi Plasmodium falciparum. Genomik tadqiqotlar instituti (TIGR), dengiz tibbiyot tadqiqot markazi, Sanger markazi va Stenford universiteti P. falciparum genomini sekvensiyalashda va ketma-ketlikni NCBIdan kirish mumkin bo'lgan ma'lumotlar bazasida saqlashda ishtirok etadilar[http://www. .ncbi.nlm.nih.gov/].
Ushbu ma'lumotlar bazasi P. falciparumning 14 ta xromosomasining har biri uchun ketma-ketlik ma'lumotlarini va uning genomiga tegishli ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Shuningdek, u ketma-ketlikni moslashtirish, genom xaritalari, bog'lanish belgilari va genetik tadqiqotlar haqidagi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi. Havolalar boshqa veb-saytlarga va tegishli parazitlar haqidagi genetik ma'lumotlarga taqdim etiladi. Boshqa ko'plab patologik organizmlarning ketma-ketligini NCBIda oddiygina bosh sahifaning afsonasida keltirilgan sayt xaritasiga rioya qilish orqali topish mumkin. Umumiy gripp mikrobi Haemophilus influenzae Rd KW203 shtammining genomik ketma-ketligi [http://www.ncbi.nlm.nih.gov/htbin-post/Taxonomy/wgetorg?-name=Haemophilus1influenzae] ham yakunlandi. Bu kichik, harakatsiz, gramm-manfiy bakteriya bo'lib, uning yagona tabiiy xo'jayini odamlardir. Umumiy gripp bolalar va kattalarning yuqori nafas yo'llarining shilliq qavatining kommensal rezidentlaridan kelib chiqadi, o'rta otit, nafas olish yo'llari infektsiyalari va hatto meningitni yanada virulent shtammlar bilan keltirib chiqaradi.
Butun dunyoda odamlar orasida eng keng tarqalgan yuqumli kasallik sil kasalligidir. Mycobacterium tuberculosis [http://www.sanger.-ac.uk/Projects/M_tuberculosis/] bakteriyalarining ketma-ketligi 1998 yilda yakunlandi. Genom 4 411 529 ta asosiy juftlikdan iborat va 4000 ga yaqin genlarni o'z ichiga oladi. Ushbu bilim olimlarga ushbu mikroorganizmning g'ayrioddiy biokimyoviy xususiyatlarini tushunishga imkon beradi. Ushbu ma'lumotlar bazasida prognoz qilingan protein kodlash genlarining yangilangan ro'yxatini topish mumkin. Protein bo'lmagan kodlovchi genlarning alohida ro'yxati ham mavjud. Qizig'i shundaki, M. tuberculosis kodlash qobiliyatining juda katta qismi lipid almashinuvida ishtirok etadigan fermentlarni ishlab chiqarishga bag'ishlangan. Institut Pasteurdagi TubercuList ma'lumotlar bazasiga qo'shimcha havolalar oqsil tuzilishi va funktsiyasini to'liqroq tahlil qiladi. MycDB organizmning biologiyasi va patobiologiyasiga tegishli mikobakteriyalarning barcha jihatlari haqida ma'lumotni o'z ichiga oladi. Ushbu ma'lumotlar bazasida jismoniy xaritalash, nukleotidlar ketma-ketligi, antijenler, antikorlar va tegishli adabiyotlardan iqtiboslar bo'yicha ma'lumotlar mavjud. Caenorhabditis elegans — Rhabditidae oilasiga mansub, quruqlikdagi yashash joylarida uchraydigan katta va xilma-xil nematodalar guruhi. Ba'zi rabdititlar hayvonlar uchun patogen yoki parazitdir. C. elegans 1960-yillardan beri bir necha sabablarga ko'ra nevrologik funktsiya va rivojlanishni o'rganishda sezilarli yutuqlarga erishdi.
Voyaga etgan tuproq nematodasi qisqa hayot davriga ega bo'lgan ko'p hujayrali organizmdir. U oson o'stirilishi mumkin va mikroorganizmlar kabi ko'p miqdorda ishlov berish uchun 1 mm gacha kichikdir. U nisbatan kam sonli hujayralarga ega, shuning uchun nasl-nasab va evolyutsiya naqshlarini to'liq o'rganish mumkin va butun organizm osongina genetik tahlilga duchor bo'ladi. C. elegans diploid bo'lib, 97 Mb (97 106 asos) genomini egallagan besh juft autosomal xromosoma va bir juft jinsiy xromosoma (X) ga ega. Har bir ketma-ketlik xromosoma GenBankda, shuningdek, ACeDB deb nomlangan C. elegans loyihasi natijasida ishlab chiqilgan ma'lumotlar bazasida saqlanadi (A C. elegans ma'lumotlar bazasi uchun). ACeDB 1992 yildan beri ishlab chiqilayotgan genom maʼlumotlar bazasi tizimidir. U ilmiy maʼlumotlar bilan moslashuvchan ishlash uchun moʻljallangan nostandart maʼlumotlar modeli va genomik tahlil uchun koʻplab maxsus displeylar va vositalarga ega grafik foydalanuvchi interfeysi bilan maxsus maʼlumotlar bazasi yadrosini taqdim etadi. ACeDB genom loyihalari doirasidagi ma'lumotlarni boshqarish uchun ham, genomik ma'lumotlarni ilmiy hamjamiyatga taqdim etish uchun ham qo'llaniladi. ACeDB ketma-ketligini tahlil qilish vositalari bakteriyadan odamlarga genomik ma'lumotlar bazalarini tahlil qilishda ancha moslashuvchan va foydali bo'lishi uchun umumlashtirildi.
