Kurs ishi mavzu: genom bazalari

Ob'ektga yo'naltirilgan ma'lumotlar bazalari.
Ob'ektga yo'naltirilgan usul dasturlarni dasturlashda juda muvaffaqiyatli bo'ldi. Anobyektga yo'naltirilgan ma'lumotlar bazasi ma'lumotlarni tasniflashi va ularni maxsus ob'ektlar sifatida ishlatishi mumkin. Bu sinflar yuqori sinflardan atributlarni meros qilib olishi mumkin bo'lgan ierarxik tuzilishda joylashtirilgan. Biologik tizimda bizda "tajriba" sinfi va "in situ gibridizatsiya tajribasi" deb nomlangan ushbu sinfning ixtisoslashuvi bo'lishi mumkin. Bu ob'ektga yo'naltirilgan ma'lumotlar bazalariga moslashuvchanlik va kengayish imkonini beradi - genomlarni xaritalash va sekvensiya rivojlanishi bilan sinflar o'zgaruvchan usullar va usullarni hisobga olgan holda kengaytiriladi. Ob'ektga yo'naltirilgan ma'lumotlar bazalari dinamik bo'lib, "virtual" xulosalar chiqarish va mustaqil ma'lumotlar to'plamini yaratish uchun turli sinflarni birlashtirishi mumkin. "Gen ob'ekti" dan uning ketma-ketligini berishni so'rash mumkin. Keyin marker ob'ektidan genetik xaritada o'zini chizishini so'rang. Sinflarni modellashtirish amaliyotga nisbatan kam cheklovlar qo'yib, dastur natijalarini nazorat qiladi.
Tijorat ma'lumotlar bazalari.
Umumiy foydalanish mumkin bo'lgan ma'lumotlar bazalariga qo'shimcha ravishda, farmatsevtika sohasidagi tadqiqotlar va ishlanmalar uchun xususiy kompaniyalar tomonidan yaratilgan bir qator ma'lumotlar bazalari mavjud. Ushbu kompaniyalarning bir nechtasi quyidagilardir: Incyte Genomics [http://www.incyte.com/], Myriad Genetics [http://www.myriad.com/] va Celera [http://www.celera.com/ ].
Incyte genomikasi.
Incyte Genomics potentsial terapevtik dasturlarga ega genlar va ularga mos keladigan oqsillarni aniqlash maqsadida yuqori samarali kompyuter yordamida genlar ketma-ketligi bilan shug'ullangan birinchi biotexnologik kompaniyalardan biri edi. Incyte ma'lumotlar bazasini ochish yondashuvi biologik yoki terapevtik funktsiyalarini bashorat qilish uchun qisman inson genlari yoki oqsil ketma-ketligini ma'lum ketma-ketlikdagi genlar yoki oqsillar bilan taqqoslaydi. Incyte farmatsevtika uchun foydali bo'lishi mumkin bo'lgan maxsus oq qon hujayralari oqsillarini aniqlash uchun o'z yondashuvidan foydalangan. Incyte kasallikning molekulyar asoslarini tushunishga yordam beradigan genomik texnologiyalar platformasini taqdim etadi. Ketma-ketlik ma'lumotlariga LifeSeq Public orqali kirish mumkin, u umumiy ketma-ketlik domenida 1,4 million ketma-ketlikni va Incyte xususiy ma'lumotlar bazasidan 90 000 ta ketma-ketlikni o'z ichiga oladi.