2.2. Genom bazalari turlari. Genom ma'lumotlar bazasini turli xil o'simliklar va hayvonlarning DNK ketma-ketliklari ombori sifatida ta'riflash mumkin. Ular ketma-ketlik ma'lumotlarini talqin qilishda yordam berish uchun qo'llab-quvvatlovchi ma'lumotlar bazalari bilan bog'langan. Genom ma'lumotlar bazalari bir nechta operatsion tizimlar, dasturiy ilovalar, fayllarni uzatish protokollari va foydalanuvchi interfeyslaridan foydalangan holda bir yoki bir nechta kompyuterlarning elektron muhitida ishlab chiqilgan va yuritiladi. Genom ma'lumotlar bazalarida molekulyar biologlar, genetiklar va boshqalar tomonidan yaratilgan ketma-ketlik ma'lumotlari laboratoriyada to'liq DNK ketma-ketligining individual nukleotid tartibini aniqlashga imkon beradigan usullardan foydalangan holda yaratilgan. DNK barcha tirik organizmlarning hujayralari ichidagi hujayra jarayonlarining samarali ishlashini ta'minlaydigan va kelajak avlodlarga uzatiladigan materialdir. Ko'pgina ommaviy ma'lumotlar bazalarini veb-brauzer tomonidan Milliy Biotexnologiya Axborot Markazida (NCBI) joylashgan GenBank ma'lumotlar bazasi serveridan ko'rish mumkin. GenBank 58 000 dan ortiq organizmlarning nukleotidlar ketma-ketligi maʼlumotlar bazasi boʻlib, ketma-ketlik maʼlumotlar bazalarining xalqaro hamkorligining bir qismidir.
Evropa molekulyar biologiya laboratoriyasi (EMBL) va Yaponiyaning DNK ma'lumotlar banki (DDBJ) kiradi. GenBank bir nechta genom markazlari va inson genomi loyihasi kabi genom sekvensiyasi loyihalarida ishtirok etuvchi universitet muassasalaridan DNK ketma-ketligi taqdimotlarini oladi va saqlaydi. EMBL va DDBJ Yevropa va Yaponiyadagi turli universitetlar va genom markazlarining ombor maʼlumotlari va butun dunyo boʻylab sekvensiya loyihalari natijasida hosil boʻlgan maʼlumotlarni toʻplash, tanlash va tarqatish uchun birgalikda javobgardir.
Birinchi genom ma'lumotlar bazasi, birinchi navbatda, simian virusi va fX174 kabi kichik DNK viruslaridan iborat bo'lib, 5000 ga yaqin ketma-ketlik nukleotidlarini o'z ichiga oladi. 1970-yillarning oxirlarida bu muvaffaqiyatlar T7 bakteriofagining 10 baravar katta genomlari, lambda fagi va bakteriyalar va boshqa bir hujayrali organizmlarning kattaroq genomlari ketma-ketligi bilan davom etdi. Escherichia coli genomining ketma-ketligi katta ahamiyatga ega edi, chunki u eng qizg'in o'rganilgan bakteriya hisoblanadi. E. coli genomida 4,8 106 ta asos mavjud bo'lib, ular to'liq ketma-ketlikni ta'minlash uchun ko'plab laboratoriyalar o'rtasida birgalikda harakat qilishni talab qiladi. 1996 yil dekabr oyida E.coli genomining ketma-ketligi yakunlandi va DDBJda saqlanadi. Keyinchalik, butun dunyo bo'ylab tadqiqot laboratoriyalari konsortsiumi tomonidan Inson genomining ketma-ketligi loyihasi boshlandi. Inson genomida 3 milliarddan ortiq nukleotidlar mavjud bo'lib, ular bir-birining ustiga chiqadigan bir nechta segmentlarga joylashtiriladi va elektron shaklda saqlanadi. Ushbu bir-biriga o'xshash bir nechta segmentlar ekzogen inson DNKsini saqlash uchun xamirturush, bakteriya va viruslar yordamida yaratilgan. Ushbu organizmlar yordamida yaratilgan genomik kutubxona parchalangan genomik klonlar manbasini ta'minlaydi, ulardan qiziqishning DNK ketma-ketligini aniqlash mumkin. Genom ketma-ketligi ma'lumotlarini yaratishning bir necha usullari mavjud; ammo, kutubxona tartiblash usuli tugallangandan so'ng bir-biriga o'xshash va qo'shni DNK ketma-ketlik qismlarini samarali qayta yig'ish imkonini beradi. Ketma-ketlik ma'lumotlarining to'g'ri va foydalanish mumkin bo'lgan yozuvini saqlash uchun yaxshi tuzilgan va tanlangan fayl tizimi yoki ma'lumotlar bazasi talab qilinadi, bu oxir-oqibat genomni ifodalovchi qo'shni DNK ketma-ketliklarini birlashtirish uchun ishlatiladi. Ko'p sonli sutemizuvchilar, o'simliklar, umurtqasiz hayvonlar va bir hujayrali mikroorganizmlarning genomlaridan bir xil turdagi ma'lumotlar bir vaqtning o'zida yaratiladi va qayta ishlanadi. Bu erda biz ba'zi genom ma'lumotlar bazalarini tasvirlab beramiz, ular yangilash va tahrirlashni ta'minlash uchun qanday tuzilgani va ularga Internet orqali qanday qilib ochiq kirish mumkin.
