Hisoblashning ochiq ramkasini izlash

Yuklashlar

Mahalliy foydalanish uchun BLAST bajariladigan dasturlari Solaris, LINUX, Windows va MacOSX tizimlari uchun taqdim etilgan. Qo'shimcha ma'lumot olish uchun ftp katalogidagi README fayliga qarang. BLAST nukleotidlari, oqsillari va tarjima qilingan qidiruvlar uchun oldindan formatlangan maʼlumotlar bazalari, shuningdek, db quyi katalogida yuklab olish mumkin.
Mustaqil BLAST dasturlari bilan foydalanish uchun ma'lumotlar bazalarini ketma-ket joylashtiring. Ushbu katalogdagi fayllar BLAST bilan foydalanishga tayyor bo'lgan oldindan formatlangan ma'lumotlar bazalaridir.
Ushbu sayt CDD uchun to'liq ma'lumotlar yozuvlarini, shuningdek, individual Position Specific Scoring Matritsalari (PSSMs), mFASTA ketma-ketliklari va har bir saqlangan domen uchun izoh ma'lumotlarini taqdim etadi. To'liq ma'lumot uchun README fayliga qarang.
Ushbu sayt XML formatida to'liq ma'lumotlarni olish va VCF formatidagi xulosa ma'lumotlarini taqdim etadi. Unda ClinVar, MedGen va GTR-da qo'llaniladigan standart atamalar haqidagi ma'lumotlarga ega fayllar mavjud.
Mustaqil BLAST dasturlari bilan foydalanish uchun ma'lumotlar bazalarini FASTA formatida ketma-ket joylashtiring. Ushbu ma'lumotlar bazalarini BLAST bilan ishlatishdan oldin formatdb yordamida formatlash kerak.
Ushbu sayt standart tekis fayl formatida GenBankdagi barcha ketma-ketlik yozuvlari uchun fayllarni o'z ichiga oladi. Fayllar GenBank bo'limi tomonidan tashkil etilgan va to'liq tarkib README.genbank faylida tasvirlangan.
GenBankdagi kodlash ketma-ketliklarining (CDS) tarjimalariga mos keladigan oqsil ketma-ketliklari GenBankning har bir versiyasi uchun to'planadi. Qo'shimcha ma'lumot olish uchun katalogdagi README fayliga qarang.
Ushbu saytda uchta katalog mavjud: DATA, GeneRIF va asboblar. DATA katalogi Gen yozuvlari uchun ASN.1 ma'lumotlarini o'z ichiga olgan kichik kataloglar bilan birga GeneID-larga bog'langan barcha ma'lumotlar ro'yxatini o'z ichiga oladi. GeneRIF (Gen References into Function) katalogida bitta gen funksiyasini yoki ikki gen mahsulotlari o‘rtasidagi o‘zaro ta’sirni tavsiflovchi maqolalar uchun PubMed identifikatorlari mavjud. Gen ma'lumotlarini manipulyatsiya qilish uchun dasturlarning namunalari asboblar katalogida keltirilgan. Tafsilotlar uchun README fayliga qarang.
Ushbu sayt ikkita formatda GEO ma'lumotlarini o'z ichiga oladi: SOFT (Matn formatidagi oddiy Omnibus) va MINiML (belgilash tilidagi MIAME notatsiyasi). Xulosa matnli fayllar va qo'shimcha ma'lumotlar ham mavjud. Qo'shimcha ma'lumot uchun README.TXT fayliga qarang.
Ushbu sayt genom ketma-ketligi va Entrez Genomidagi organizmlar uchun xaritalash ma'lumotlarini o'z ichiga oladi. Ma'lumotlar alohida turlar yoki turlar guruhlari uchun ma'lumotnomalarda tuzilgan. Xaritalash ma'lumotlari MapView katalogida to'planadi va turlar bo'yicha tartibga solinadi. Batafsil ma'lumot uchun ildiz katalogidagi README fayliga va turlar pastki katalogidagi README fayllariga qarang.
U har bir genom uchun ushbu genomning joriy va oldingi tuzilmalari uchun mavjud xaritalash maʼlumotlarini oʻz ichiga olgan kataloglarni oʻz ichiga oladi.
Ushbu sayt taksonomiya identifikatorlari bilan nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi yozuvlarini bog'laydigan fayllar bilan birga to'liq taksonomiya ma'lumotlar bazasini o'z ichiga oladi. Qo'shimcha ma'lumot uchun taxdump_readme.txt va gi_taxid.readme fayllariga qarang.
Ushbu sayt ftp orqali yuklab olish uchun PubChem Substance, Compound va Bioassay ma'lumotlar bazalaridan ma'lumotlarni taqdim etadi. Ma'lumotlar bazalarining to'liq yuklab olishlari Substantsiya va Murakkab uchun kunlik, haftalik va oylik yangilanishlar bilan birga mavjud. Substansiya va Murakkab ma'lumotlar ASN.1, SDF va XML formatlarida taqdim etiladi.
Ushbu sayt Referent Sequence (RefSeq) to'plamidagi barcha nukleotidlar va oqsillar ketma-ketligi yozuvlarini o'z ichiga oladi. ""Release"" katalogi to'liq to'plamning eng so'nggi nashrini o'z ichiga oladi, shu bilan birga tanlangan organizmlar (odam, sichqon va kalamush kabi) ma'lumotlari alohida kataloglarda mavjud. Ma'lumotlar FASTA va tekis fayl formatlarida mavjud.
Ushbu sayt ASN.1, XML va EasySKYCGH formatlarida SKY-CGH ma'lumotlarini o'z ichiga oladi. SNP uchun yuklab olinadigan ma'lumotlar.
Ushbu sayt taqdim etilgan ketma-ketlik loyihasi tomonidan tashkil etilgan keyingi avlod ketma-ketlik ma'lumotlarini o'z ichiga oladi.
NCBI ma'lumotlar bazalari, asboblari va yordamchi dasturlari uchun FTP yuklab olish sayti.
Bu sayt MMDBdagi barcha yozuvlar uchun ASN.1 maʼlumotlari hamda VAST moslashtirish maʼlumotlari va ortiqcha boʻlmagan PDB (nr-PDB) maʼlumotlar toʻplamlarini oʻz ichiga oladi. Qo'shimcha ma'lumot olish uchun README fayliga qarang.
Ushbu saytda turlar bo'yicha tashkil etilgan iz xromatogramma ma'lumotlari mavjud. Ma'lumotlarga xromatogramma, sifat ko'rsatkichlari, avtomatik asosiy qo'ng'iroqlardan FASTA ketma-ketligi va yorliq bilan ajratilgan matndagi boshqa yordamchi ma'lumotlar hamda XML formatlari kiradi. Tafsilotlar uchun README fayliga qarang.
Bu sayt FASTA formatidagi UniVec va UniVec_Core ma'lumotlar bazalarini o'z ichiga oladi. Tafsilotlar uchun README.uv fayliga qarang.
Bu sayt 4-raqamli loyiha kodi bilan tashkil etilgan butun genom ov miltig'i ketma-ketligi ma'lumotlarini o'z ichiga oladi. Ma'lumotlarga GenBank va GenPept tekis fayllari, sifat ko'rsatkichlari va umumiy statistika kiradi. Qo'shimcha ma'lumot uchun README.genbank.wgs fayliga qarang.
Ochiq kirish ma'lumotlari odatda genotip/fenotip assotsiatsiyasini o'rganish bo'yicha xulosalarni, o'lchangan o'zgaruvchilarning tavsiflarini va protokol va anketalar kabi o'rganish hujjatlarini o'z ichiga oladi. Fenotipik ma'lumotlar jadvallari va genotiplarni o'z ichiga olgan individual darajadagi ma'lumotlarga kirish turli darajadagi avtorizatsiyani talab qiladi.
NLM MEDLINE/PubMedni AQSH jismoniy shaxslari yoki tashkilotlariga ijaraga beradi.
ASN.1 yoki DTD formatidagi NCBI maʼlumotlari uchun spetsifikatsiyalar Index of data_specs sahifasida mavjud. "NCBI_data_conversion.html" konversiya vositasiga havola qiladi.
Jurnal maqolalariga mualliflik qilish va arxivlash, shuningdek jurnal maqolalarini nashriyotlardan arxivga va arxivlar o'rtasida o'tkazish uchun teglar to'plami. To'rtta teglar to'plami mavjud: Arxivlash va almashish teglar to'plami - Arxivga mavjud bosma va teglangan jurnal materiallarining strukturaviy va semantik qismlarini iloji boricha qulayroq saqlash uchun yaratilgan. va ularning mazmunini nazorat qilish, ularga biron-bir noshir tomonidan taqdim etilgan ketma-ketlik va tartibni qabul qilmaslik Maqola mualliflik yorliqlari to'plami - Yangi jurnal maqolalarini yozish uchun mo'ljallangan NCBI Book Tag Set - NCBI onlayn kutubxonalari uchun jildlarni tavsiflash uchun maxsus yozilgan.
Ushbu xizmat foydalanuvchilarga PubChem identifikatorlari to'plamiga mos keladigan birikma yoki moddalar yozuvlarini yuklab olish imkonini beradi, ular qo'lda yoki matn fayli orqali taqdim etilishi mumkin. Ko'p yuklab olish formatlari mavjud, jumladan SDF, XML va SMILES.
PMC Open-Access quyi to'plami PMC-dagi maqolalar to'plamining nisbatan kichik qismidir. PMC-dagi aksariyat maqolalar mualliflik huquqi bo'yicha an'anaviy cheklovlarga duchor bo'lsa-da, bu maqolalar mualliflik huquqi bilan himoyalangan, lekin Creative Commons yoki shunga o'xshash litsenziya ostida taqdim etiladi, bu odatda an'anaviy mualliflik huquqiga qaraganda ko'proq erkinroq qayta tarqatish va qayta foydalanish imkonini beradi. Muayyan foydalanish shartlari uchun har bir maqoladagi litsenziya bayonotiga qarang.