Kodon: Kodon mRNKda ketma-ket joylashgan.
Antikodon: Antikodon tRNKlarda alohida-alohida mavjud.
Funktsiya
Kodon: Kodon aminokislotalarning joylashishini aniqlaydi.
Antikodon: Antikodon belgilangan aminokislotalarni kodon orqali olib keladi.
2.4. Ochiq o'qish ramkalari va kodlash ketma-ketligi (CDS).
Psevdogenlar gen nusxalari bo'lib, ular ramkani buzuvchi mutatsiyalar yoki transkripsiyani o'chirish tufayli nuqsonli deb hisoblanadilar. Inson psevdojenlarining ko'pchiligi (72%) LINE-1 retrotranspozoni tomonidan kodlangan oqsillar vositachiligida qayta ishlangan mRNKlarning retrotranspozitsiyasidan kelib chiqadi. Ota-onadan mahrum bo'lganligi sababli cis-tartibga soluvchi elementlar, qayta ishlangan psevdogenlar dastlab transkripsiyaviy jim bo'lgan deb taxmin qilingan va ular genom bo'ylab funktsional ekranlardan va ko'pgina transkriptom tahlillaridan chiqarib tashlangan. Saraton va oddiy inson to'qimalarining yuqori o'tkazuvchanlikdagi qisqa o'qish ketma-ketligi bo'yicha transkriptomik tadqiqotlari psevdogen transkripsiyasi keng tarqalgan bo'lishi mumkinligini ko'rsatadi. Biroq, psevdogen transkripsiyasini o'rganishga psevdogenlarni juda o'xshash ota-ona genlaridan ajratish uchun qisqa muddatli ketma-ketlik va mikroarray gibridizatsiyasining cheklangan imkoniyatlari to'sqinlik qiladi. Bugungi kunga qadar topilgan to'liq uzunlikdagi psevdogen transkriptlarining aksariyati to'liq uzunlikdagi cDNK kutubxonalarining nisbatan past o'tkazuvchanligi kapillyar ketma-ketligi bilan aniqlangan. Natijada, ko'pgina fazoviy-zamon kontekstlarida inson psevdogen transkriptomining darajasi asosan hal qilinmagan.
Psevdogen transkriptlari raqobatbardosh endogen RNKlar (ceRNK), antisens transkriptlar, kichik interferent RNKlar uchun prekursorlar (siRNKlar) va piwi bilan o'zaro ta'sir qiluvchi RNKlar sifatida harakat qilib, o'zlarining ota-onalari genlarining ekspressiyasini boshqarishi mumkin. (piRNKlar). Aksariyat psevdogenlar kodlanmagan mexanizmlar bilan harakat qiladi deb taxmin qilinsa-da, ba'zilari to'liq uzunlikdagi yoki kesilgan oqsillarni kodlash qobiliyatini saqlab qoladilar.
ORF (Ochiq o'qish ramkasi) eng yaxshi protein kodlash hududining gipotezasi sifatida ko'riladi. Bu boshlang'ich kodon va keyingi to'xtash kodon o'rtasidagi DNKning cho'zilishi. Bu eukaryotlarda (intronlar tufayli) butun protein kodlash hududining gipotezasi emas. CDS butun kodlash hududi bo'lishi kerak. Ikkala boshlash/to'xtatish "kodonlari" ham oddiy bo'lishi mumkin tasodifiy genlararo mintaqada joylashgan bo'lib, u aslida hech qanday proteinni kodlamaydi - shuning uchun har bir ORF protein degani emas. ORF protein kodlovchi genning haqiqiy boshlang'ich kodoni va keyingi to'xtash kodon o'rtasida topiladi. Bu stop-kodon intronda bo'lishi mumkin, bu holda ORF ekson va intronning bir qismini o'z ichiga oladi. Intronlar asosan tasodifiy ketma-ketlik bo'lganligi sababli, to'xtash kodoni tasodifan paydo bo'lishi mumkin. Agar intron tasodifan to'xtash "kodon" ni o'z ichiga olmasa (ya'ni ekson bilan bir xil o'qish ramkasida 3 ta nukleotid TAA/TAG/TGA) bo'lsa, ORF keyingi intronda tasodifiy ravishda to'xtash kodoniga duch kelguncha davom etadi, aks holda genning oxirida haqiqiy to'xtash.
Agar to'xtamasdan intron bo'lsa emas 3 nukleotidning ko'pligi, keyin u ramka siljishini kiritadi va keyingi to'xtash keyingi ekson ichida osongina sodir bo'lishi mumkin. Agar u 3 ga karrali bo'lsa, u intron va ekzon orqali davom etayotganda ORFga soxta aminokislotalarni kiritadi. Gen izohida bunday xatolar kam uchraydi, chunki intronni aniqlash murakkab va agar u "o'qisa" cDNK ketma-ketligi genom ketma-ketligi bilan taqqoslanmaguncha intronga izoh berilmasligi mumkin.
Agar siz ushbu g'oyalarning namoyishini ko'rishni istasangiz, GenBankdan 5'-UTR, ekzonlar, intronlar, 3'UTR ketma-ketligini o'z ichiga olgan gen uchun ketma-ketlikni olishga harakat qiling. CDS shunday izohlanadi va faqat ekzonik hududlar bo'ladi. Ushbu gen ketma-ketligini oling va barcha potentsial ORFlarni tavsiflaydigan NCBI ORF-Finder-dan foydalaning. Ulardan ba'zilari, lekin hammasi emas, haqiqiy kodlash qismlari bo'ladi.
