Бухоро билан Бобурийлар муносабатлари ўрнатилиши Бобур ва Кўчкинчихонлар номи билан боғлиқ. Кўчкинчихон даврида Бухоро хонлиги Бобурийлар давлатини тан олди ва савдо-элчилик муносабатлприни ўрнатди. Кўчкинчихон ўз элчиси орқали Бобурга Мовароуннаҳр майизи, ўриги ва бошқа неъматлардан 7 туяда совға ва 200 та от тортиқ қилган. Бобур ҳам Бухорога элчилар юборган. Ҳумоюн даврида ҳам савдо-элчилик давом этган
Абдуллахон II Сафавийларга қарши курашда бобурийлар билан бирга ҳаракат қилишга интилади. У 1572 йил Бобурий Акбаршоҳ ҳузурига ўз элчиларини юборди, элчилар совға ва мактуб олиб борди. Абдуллахон ўз мактубида икки давлат ўртасида дўстлик муносабатларини мустаҳкамлашни баён қилган эди. Бундан мақсад бошқа давлатлар ҳужумига қарши иттифоқ тузиш эди.
Абдуллахон II Ҳиндистонга иккинчи марта 1577 йил элчи юборган. Бу элчиликдан сиёсий мақсад кўзланган эди: Абдуллахон II Эронни ўзаро тақсимлаб олишни таклиф қилди. Акбаршоҳ бунга рози бўлмади, чунки у турли динга этиқод қилувчилар тарафдори бўлиб, диний бағрикенгликни давлат сиёсати даражасига кўтарган эди. Эрон билан ҳам яхши муносабатда эди.
Акбаршоҳ Ҳиндистон шимолидаги Синд ва Кашмирни босиб олди, Бухоро хонлиги бу ҳодисани шайбонийлар давлатининг жанубий чегараларига яқинлашуви деб ҳисоблади. Чунки Ҳиндистонда ҳам Мовароуннаҳрда ҳам Акбаршоҳни Мовароуннаҳрни босиб олишга ундовчи кучлар бор эди. Абдуллахон II эса 1584 йил Бадахшонни эгаллади. Абдуллахон 1585 йил Акбаршоҳ ҳузурига учинчи марта элчи юбориб, Бадахшон орқали Макка ва Мадинага борадиган йўлни ғайридинлардан тозалаш мақсадида Бадахшонни босиб олиш сабабини изоҳлайди.
Акбаршоҳ 1586 йил ўз элчиларини Абдуллахон ҳузурига юбориб Туркия Эроннинг бир қисмини босиб олганини, Бухоро ва Ҳиндистон Эронга ёрдам бериш зарурлигини маълум қилади. Эрон шайбонийларни ўзининг асосий рақиби деб ҳисоблагани учун Абдуллахон Акбаршоҳнинг таклифига рози бўлмайди. Бу даврда Аббос I Эронни бирлаштириб, мустаҳкамлади.
Шундай шароитда Бадахшонда Абдуллахонга қарши исён кўтарилди. Бухорода бу исёнда Акбаршоҳнинг қўли бор деган гумон пайдо бўлди. Бадахшон ҳукмдори Абдуллахоннинг ўғли Абдулмўмин Акбаршоҳдан бошпана берилган бадахшонлик исёнчиларни Бухорога юборишни талаб қилди. Шу туфайли Бухоро ва Ҳиндистон ўртасидаги муносабатларга совуқчилик тушади. Абдуллахон Акбаршоҳ ҳузурига ўз элчисини юбориб, ўғлининг хатти-ҳаракати учун Акбаршоҳдан узр сўраган.