Сиёсий тарқоқлик Имомқулихондан кейин Нодир Муҳаммад (1642-1645) даврида яна кучайди. Нодир Муҳаммад асосий вилоятларни мулк қилиб 12 та ўғли, 2 та жияни ва набирасига тақсимлаб берди, бу ҳодиса давлатчилик асосларини заифлаштирди. Мовароуннаҳрга қозоқлар 1645 йил яна ҳужум қилиб Хўжандгача етиб келдилар. Қозоқларни қувиб чиқариш учун Нодир Муҳаммад ўғли Абдулазизни сафарбар этади. Қозоқларга юриш даврида хондан норози бўлган бир гуруҳ амирлар Абдулазизни хон деб эълон қиладилар.
Нодир Муҳаммад Балхга қочиб кетади ва тахтни қайтариб олиш учун Ҳиндистон подшоси темурийзода Шоҳ Жаҳондан ёрдам сўрайди. Шоҳ Жаҳон Балх вилоятини ўзига бўйсундириш мақсадида ўғиллари Муродбахш ва Аврангзебни юборади. Нодир Муҳаммад Шоҳ Жаҳоннинг ўғилларига қарши чиқади, чунки улар ёрдамга эмас, Балхни эгаллаш учун келаётганини Нодир Муҳаммад билиб қолади.
Нодир Муҳаммад Маймана йўлида бўлган жангда енгилиб, Эронга қочади ва шоҳ Аббос ҳузурида паноҳ топади. Шоҳ Жаҳоннинг ўғиллари 1647 йил Балхни эгаллайди. Нодир Муҳаммад шоҳ Аббос ёрдамида Балхни қайта эгаллагач, ташвишга тушган Абдулазизхон Балхга укаси Субҳонқулини юборди. Субҳонқули 1651 йил Балхни эгаллагач ҳоким этиб тайинланади. Нодир Муҳаммад Маккага ҳажга бораётиб йўлда вафот этади.
Бухоро-Хива муносабатлари. Бухорога Хиванинг талончилик юришлари Абдулазизхон (1645-1681) даврида кучайди. Хива хони Абулғозихон 1655 йил Бухоро атрофларини икки бор талон-тарож қилади. Қоракўл аҳолисининг бир қисмини асир олиб, Карманани вайрон қилади. 1658 йил Вардонзени талаб, 1662 йил Бухоро шаҳригача етиб боради. Урушлар ва ички зиддиятлар Бухоронинг ижтимоий-иқтисодий, сиёсий аҳволини издан чиқаргач кексайиб қолган Абдулазизхон 1681 йил тахтдан воз кечади.
Тахтга ўтирган укаси Субҳонқулихон (1681-1702) даврида ҳам аҳвол ўнгланмади. Чунки у: 1) Балх вилоятларида ҳокимлик қилаётган ўғилларига 2) Мовароуннаҳр вилоятларидаги амир ва бекларга 3) Хива хони Анушахон қўшинларига қарши курашди.
Хива қўшинлари Бухоро, Кармана ва Вардонзени эгаллади, ҳатто Самарқандни ҳам ишғол қилди. Самарқандда Анушахон номига хутба ўқитилиб, унинг номидан танга пуллар зарб этилади. Субхонқулихон қатағон уруғидан бўлган Бадахшон ҳокими Маҳмудбий оталиқ ёрдамида Хива қўшинларини Самарқанддан қувиб чиқарди.
Субҳонқулихон Хива ҳужумига чек қўйиш учун фитна тайёрлайди ва Хива хони Анушахон тахтдан туширилади. Суҳонқулихон Хивадаги тарафдорларидан фойдаланиб 1688 йил Хива хонлигини Бухоро хонлиги тасарруфига олади. Урушлар, ички низолар иқтисодиётни таназзулга туширади.
И.Каримов “Юксак маънавият – енгилмас куч” (2008) асарида: “XVII асрдан ХХ аср бошигача Туркистон сиёсий парокандалик ва қолоқликка юз тутди... Юрт ҳукмдорлари жаҳолатга берилиб кетиши оқибатида минтақада тараққиёт орқада қолиб кетди” – деган эди.