Қабилалар раҳномалари ва руҳонийлар ерлари унумдор, ҳунармандчилиги ривожланган ўлкаларда, биринчи навбатда Мовароуннаҳрда Шайбонийхон ҳокимияти ўрнатилиши ўтроқ ҳаётга ўтиш имконини беришини ҳам яхши билганлар. Бу омиллар Шайбонийхон ҳокимияти кучайишига ёрдам берди. Мовароуннаҳрдаги ички сиёсий вазиятни яхши билганлиги ҳам Шайбонийхоннинг нуфузини янада оширди. Темурийларнинг тахт учун курашидан чарчаган Мовароуннаҳр задогонлари, руҳонийлар ва оддий аҳолининг маълум қисми ҳам Шайбонийхон тимсолида Мовароуннаҳрда тинчлик ўрнатишга қодир ягона шахсни кўрганлар. Шу сабабли Шайбонийхонни қўллаб-қувватлаганлар.
Шайбонийхоннинг асосий мақсади Темурийлар салтанатига барҳам бериш эди. У 1499 йил Маворуннаҳрга юриш бошлади, бунда у рақибларни саросимага солиб қўйган жанг усули - тўлғамани қўллади. Шайбонийхон Самарқандни дастлаб 1500 йил қисқа муддатга бўлса-да эгаллади ва янги ўзбек давлати – Шайбонийлар давлатига асос солди. У 1501 йил Самарқандни узил-кесил эгаллагач, Султон Али Мирзо қатл этилди. Шайбонийхон энди бутун Мовароуннаҳрни эгаллашга киришди. Тўлғама - жангда душман қўшинини қанотларидан айланиб ўтиб, қуршаб олиб зарба бериш усули.
1503 йил Тошкент ва Шоҳруҳияни эгалланди. Шайбонийхон бу шаҳарларга Улуғбекнинг Абулхайрхонга узатилган қизи Робия Султонбегимнинг ўғиллари Кўчкунчихон ва Суюнчхўжани ҳоким этиб тайинлади. Бухоро вилоятига ўзининг укаси Маҳмуд Султонни ҳоким этиб тайинлади. 1504 йил Фарғона эгалланди, ҳарбий юришларда фаол қатнашган амакисининг ўғли Жонибек Султонга Ахси ва Андижонни тортиқ қилди. У Абулхайрхоннинг ўғли Хўжа Маҳмуд Султоннинг ўғли эди. Шу тариқа бутун Мовароуннаҳрда шайбонийлар ҳукмронлиги ўрнатилди. Самарқанд пойтахт этиб белгиланди, Шайбонийхон Мовароуннаҳрда мустаҳкамланиб олгач 1505 йил Хоразмни босиб олди.
Шайбонийхон 1507 йил кузида Хуроссонга юриш бошлади. Хуросон давлатини эгаллаш қийин бўлмади, 1506 йил Балх, 1507 йил Хуросон пойтахти Ҳирот забт этилди. Шундан сўнг Ҳирот ўзининг иқтисодий, сиёсий ва маданий марказ сифатидаги нуфузини йўқотди. Хуросоннинг бўйсундирилиши билан амалда Шайбонийхон бутун минтақани ягона бир марказ - Самарқанд қўл остида бирлаштира олди. У темурийлар амалга ошира олмаган ишни бажарди, бу унинг давлатчилигимиз олдидаги хизматидир. Шайбонийхон Маворуннаҳр, Хоразм ва Хуроссонни ягона давлатга бирлаштира олди, шу тариқа Шайбонийлар ҳукмронлиги даври бошланди.
Эронда бу вақта Исмоил Сафавий катта ва қудратли қўшин тузиб ҳукмдорлик қилаётган эди, у тузган давлат тарихда Сафавийлар давлати номи билан машҳур. Шоҳ Исмоил давлати катта ҳудудларни ўз ичига олиб, бир сарҳади Хуросон билан, иккинчи сарҳади Усмонли турклар давлати билан туташган эди. Эрон Сафавийларининг Хуросонга тазйиқи кучайди, ниҳоят 1510 йил Марв яқинида икки ҳукмдор ўртасида бўлган жангда Шайбонийхон ҳалок бўлди. Шоҳ Исмоил бутун Хуросонни эгаллади.