1992 –ci ildən bu günə qədər. Azərbaycan müstəqillik əldə etdikdən sonra 1993-cü ildə yenidən respublikaya rəhbərlik edən ulu öndərimiz Heydər Əliyev neftayırma müəssisələrində yeni qurğuların istismara verilməsinə diqqətini yönəltdi. Beləki indiki Heydər Əliyev adına Neft Emalı Zavodunda (NEZ) 1993-cü ildə məhsuldarlığı ildə 2 mln. ton olan və yüksək oktanlı benzin istehsalını təmin edən Q-43-107M katalitik krekinq qurğusu istismara verildi. 1994-cü ildə ABŞ-ın “Petrofak” şirkəti, 1995-ci ildə isə Cənubi Koreyanın “Laki İnjinirinq” şirkəti tərəfindən 2 ədəd (hər zavodda biri) neftin ilkin emalı qurğuları ELOU-AVT-2 tikilib istifadəyə verildi. 2000-ci ildə Avstriyanın “Perner” firmasının texnologiyası əsasında dünya standartlarına uyğun məhsul istehsal edən, ekoloji cəhətdən çox təmiz yeni “Bituroks” bitum qurğusu istismara buraxılmışdır. Layihə üzrə bu qurğuda ildə istehsal olunacaq 250 min ton bitumdan 200 min tonu yol (asfalt) bitumu, 50 min tonu isə inşaat bitumudur.
2001-ci ildə indiki Heydər Əliyev adına NEZ- də neft məhsullarının keyfiyyətini dünya standartları səviyyəsinə çatdırmaq məqsədilə ABŞ-ın “MERİCHEM” şirkətinin lisenziyası ilə ELOU-AVT- 6 qurğusunda yanacaqların qələvi ilə təmizlənməsi və naften turşuları xammalının istehsalı üzrə layihə gerçəkləşdirilmişdir. Bu qurğuda prosesə nəzarət və idarəetmə sistemi dünyada məşhur olan “HONEYWELL” (ABŞ) firmasının layihəsi üzrə TDS-3000 tipli müasir ölçmə və avtomatika vasitələri əsasında yenidən qurulmuş və müasirləşdirilmişdir. Həmçinin, bu firmanın texnologiyası əsasında zavodun əsas obyektlərinin mühafizə sisteminin müasir səviyyədə təhlükəsizliyini təmin edən layihə həyata keçirilmışdir. 2004-cü ildə zavodda istehsal olunan dizel yanacağının keyfiyyətini və istismar olunan qurğuların işləmə müddətlərini artırmaq məqsədilə katalitik krekinq kompleksində dizel yanacağının və qazolinın hidrogenlə təmizlənməsi üçün “Hidrotəmizləmə” qurğusu istifadəyə verilmişdir.
2005-ci ildə həmin zavod ilə ABŞ-ın UOP şirkəti arasında məhsuldarlığı 300 min ton/il olan ''Alkilen'' (alkilləşmə) və məhsuldarlığı 130 min ton/il olan ''Oksipro'' qurğularının alınması barədə müqavilə imzalanmışdır. ''Alkilen'' qurğusunda butan-butilen fraksiyasından texniki izoktan, ''Oksipro'' qurğusunda isə propan-propilen fraksiyasından yüksək oktanlı komponent olan oksigen tərkibli diizopropil efiri istehsal olunacaq. Bu komponentlərin əsasında hazırlanmış Aİ-95 və təyyarə benzinləri tərkibindəki rayihəli (aromatik) karbohidrogenlərin (xüsusən, benzolun) miqdarına görə Avropa standartlarına cavab verəcəkdir. Qurğuların tikintisinin 2009-ci ildə başa çatdırılması nəzərdə tutulmuşdur. Kapital qoyuluşunun ödənmə müddəti 2,7 ildir. Göstərilən layihənin gerçəkləşdirilməsi nəticəsində benzin istehsalının həcmi ildə 340 min tona qədər artacaqdır.
Bakının neftayırma zavodları onlarla (40-a yaxın) çeşiddə neft məhsullarının istehsalını mənimsəyiblər, o cümlədən avtomobil benzinləri, dizel yanacağı, təyyarə yanacağı, ilkin emal benzini , müxtəlif növ sürtgü yağları, neft koksu, mazut yanacağı, bitum və digər neft məhsulları istehsal olunur. Bu məhsullar respublikanın maye yanacağa olan tələbatını tam ödəyir və eyni zamanda xaricə ixrac olunurlar.
26 mart 2001-ci ildə Azərbaycan Qaz Emalı Zavodu ARDNŞ-nin strukturundan çıxarılaraq özəlləşdirilmək üçün Dövlət Əmlak Komitəsinə verilmişdi. Lakin ötən 6 il ərzində zavoda heç bir iş adamı sahib çıxa bilməmiş, müəssisə səhmdar cəmiyyət tərəfindən idarə olunsa da onun inkişafı və müasirləşdirilməsi üçün lazımı vəsait ayrılmamışdır. Zavodun avadanlığı sıradan çıxmış, qazın emal həcmi təxminən iki dəfə aşağı düşmüşdü. Müəssisədə yaranan problemlər ölkədə həyata keçirilən Qaz Proqramının reallaşdırılmasına ciddi əngəllər törədirdi. Dövlət başçısı cənab İlham Əliyev bütün bunları nəzərə alaraq, 2 may 2007-ci ildə imzaladığı Sərəncamla zavodun öz əvvəlki sahibinə - Dövlət Neft Şirkətinə qaytarılması haqda qərar qəbul etmişdir.
Əgər, 2006-cı ildə Azərbaycan Qaz Emalı Zavodu emal üçün 2 milyard 846 milyon kubmetr qaz qəbul etmiş, ondan 18 min ton qaz benzini və 15 min 670 ton maye qaz emal etmişdisə, yaxın illərdə bu göstəricinin iki dəfə artırılması nəzərdə tutulur. Dövlət Neft Şirkəti zavodu balansına götürdükdən dərhal sonra müəssisədəki əsas avadanlıq və texnoloji qurğuların rekonstruksiyasına başlamışdır. Müəssisənin “Günəşli” yatağından əldə edilən qazla təmin edilməsi üçün ötürmə qabiliyyəti 5,5 milyon kubmetr olan Neft Daşları-Bahar qaz kəməri çəkilmişdir. ARDNŞ-nin emal sahəsinin inkişafı konsepsiyası zavodun yaxınlığında yeni, dünya səviyyəsində müasir texnoloji avadanlıqlarla təchiz edilmiş qaz emalı zavodunun inşasını nəzərdə tutur. Yeni müəssisənin tikintisinə təxminən 4 il vaxt sərf olunacaq. Hazırda fəaliyyətdə olan zavodun işinin dayandırılması nəzərdə tutulmayıb. Zavodun emal gücündən tam həcmdə istifadə edilir.