С. А. Эгамбердиева молекуляр

НАЗОРАТ САВОЛЛАРИ 
1.
Рекомбинант плазмидаларни грамманфий бактериялар, масалан 
E.coli 
га киритиш усулларини тавсифлаб беринг
. 
2.
Нима учун рестрикцияланган плазмид ДНКга лигирлашдан 
олдин кўпинча ишқорий фосфатаза билан ишлов берилади?
 
 
 
 

---

61 
§ 8. Геномик кутубхонани яратиш
Сақлаш ва қўлланилиш соҳалари
ДНК геномик кутубхонасини яратиш учун ДНК муайян 
ўлчамдаги фрагментларга ажратиб олиш учун ҳужайрадан ажратиб 
олинади ва кейин рестриктаза ёрдамида парчаланади. Фрагментлар 
кейин ДНК-лигаза ферменти ёрдамида векторга киритилади. Кейин 
вектор ДНКни организм-хўжайинга – одатда ичак таёқчаси (
E.coli 
) 
ёки хамиртуруш популяциясига киритиш мумкин бўлади, бу ерда ҳар 
бир ҳужайрада битта ноёб киритмали вектор нусхаси бўлади. 
Векторни сақлаш учун хўжайин ҳужайрасидан фойдаланиш 
кутубхонадан таҳлил учун муайян клонларни осон амплификациялаш 
ва топиш имконини беради. Геномик кутубхонани узоқ вақт сақлаш 
мумкин (музлатилган ҳолатда). Зарур бўлганда ДНКнинг керакли ген 
ёки геномнинг бошқа элементлари бўлган фрагментларини тутган 
алоҳида бактериал ёки хамиртуруш клонлари ажратиб олинади ва 
кўпайтирилади (клонланади). Геномнинг бундай усул билан 
клонланган соҳалари ҳужайрадан чиқариб олинади ва генетика, 
тиббиёт (шу жумладан ирсий касалликларни ташхислаш) ва 
биотоехнологиянинг турли хил назарий ҳамда амалий масалаларини 
ҳал қилиш, шунингдек, геномларни хариталашда фойдаланилади. 
Кутубхона скрининги (ингл. screening), яъни юзлаб ва минглаб 
бошқа кетма-кетликлар орасидан ДНКнинг аниқ фрагментини излаш 
ДНК-зонд ёрдамида ДНК-гибридизация усули билан амалга 
оширилади (расм 8.1). Агар тадқиқотчи қидирилаётган соҳанинг ҳеч 
бўлмаганда унчалик катта бўлмаган нуклеотид кетма-кетлигини 
билса, у комплементар кетма-кетликни сунъий равишда синтезлайди 
(узунлиги 20 га яқин нуклеотиддан иборат праймер) ва уни 
радиоактив изотоп ёки флуоресцент белги билан белгилайди. 
Колониялар бўлган Петри ликобчасидан блоттинг ёрдамида реплика 
қилинади: ликобчага юпқа нитроцеллюлозали ёки бошқа мембрана 
қўйилади, бу мембранада барча колонияларнинг изи қолади. Шундан 
кейин мембранада қолган изда бактериал ҳужайраларни парчалаш, 
ДНКни бир молекулали занжиргача ишқорий муҳитда оқсилдан 
ажратиш ва денатурациялаш амалга оширилади. Кейин барча 
колонияларга зонд билан ишлов берилади ва колонияларнинг қайси 
бирида зонд комплементарлик тамойилига кўра бирикканлиги 
қаралади. Мазкур колония ДНКнинг керакли фрагментини сақлайди. 

---

62 
Баъзан тадқиқотчи ўзи излаётган ДНК кетма-кетлигини 
билмайди, лекин текширилаётган оқсилнинг аминокислоталар кетма-
кетлигини 
билади. 
Модомики, 
ҳар 
бир 
аминокислотага 
нуклеотидларнинг бир нечта триплетлари (биттадан олтитагача) мос 
келиши мумкин экан, кодлаш эҳтимоли тутилган ДНК турлича 
бўлиши мумкин. У ҳолда тахмин қилинаётган кетма-кетликни 
таниши мумкин бўлган зондлар аралашмаси тайёрланади. 
Геномик кутубхоналарни (хусусан БАК-векторлар ёрдамида 
тайёрланган) скрининглашнинг замонавий юқори технологик 
усуллари роботлаштирилган (автоматлаштирилган) ишлаб чиқариш, 
ҳар қанча керакли миқдорда нусҳалар, колонияларни (клонлар) 
сақлаш учун микропланшетлар, шунингдек, ДНК-зондлар билан 
бевосита гибридлашда фойдаланиладиган нитроцеллюлоза ва нейлон 
мембраналарни 
қўллашга 
асосланган. 
Бунда 
скрининг 
самарадорлигининг кейинги оширилишига ДНК-зондлар сифатида 
overgos (ингл. overlapping oligos — «бир бирига устма уст 
тушадидиган олигонуклеотидлар») деб номланган намуналарни 
қўллаш ҳисобига эришилади. Кутубхоналарни скрининглаш учун 
ПЗР ҳам қўлланилиши мумкин. 
Геномик кутубхонанинг яна бир тури клонлари тандем 
такрорланишга эга микросателлит кутубхона ҳисобланади. Уларнинг 
секвенирланиши турли хил генетик ва геномик иловалар учун 
полиморф ДНК-маркерлар (микросателлит локуслари) олиш имконин 
беради.