тРНК бирламчи структура. 1965 йилда Р.Холли тРНК биринчи молекуласининг нуклеотид кетма-кетлиги ҳақида маълумот берди. Бу ачитқиларнинг аланин тРНКси эди. Шу вақтгача турли тРНКларнинг ўнлаб кетма-кетликлари ечиб берилган бўлиб, улар бир қатор умумий хусусиятларга эга.
тРНК занжири узунлигини 74-95 нуклеотид қолдиқлари ташкил килиши мумкин. Хамма тРНК З'-охирида универсал ССА тринуклеотид кетма-кетлик билан тугайди, айнан охирги инвариант аденозин аминоацил тРНК ҳосил бўлишида аминокислота колдиғини акцепторлай ди.
Антикодонли триплет тахминан тРНК занжирининг ўртасида жойлашган. Ундан 5'-томонда 2 та пиримидин қолдиқлар, З'-томонда эса кўпинча 2 та пурин қолдиқлари (иккинчиси пиримидин бўлиши ҳам мумкин) жойлашади. Мана шу еттита нуклеотид колдиклар биргаликда антикодон тугунини ҳосил қилиб, бу тугун ўзига хос фазовий структурага эга бўлган ҳолда мРНК билан ўзаро муносабатга киришади.
Тахминан тРНК занжири умумий узунлигининг 1/3 кисми оралиғида кўпчилик тРНК учун умумий бўлган GTYC ёки GUYC кетма-кетликдан иборат қисм жойлашган, унга икки томондан пурин қолдиқлари ёпишган бўлади.
Битга тРНКдаги кетма-кетликларни кўриб чиқадиган бўлсак, унда тўртта асосий нуклеотид қолдиқларига (AGCU) қўшимча равишда турли хил модификацияланган нуклеотидлар борлиги аниқланади. Кўпинча бундай нуклеозидлар "минор"- нуклеозидлар дейилади. Улар тРНК полинуклеотид занжирининг махсус жойларида оддий нуклеозид қолдиқларининг посттранскрипцион модификацияси натижасида хосил бўлади. Ҳозирги вақтда тРНК даги бир неча ўнлаб модификацияланган нуклеозидлар идентификацияланган.
Энг кўп таркалган "минор" қолдиқлар-оддий нуклеозидларнинг метиллашган хосилаларидир. Масалан, 1- метилгуанозин (m1G)N2 - метилгуанозин (m2G), 7-метилгуанозин(m7G).
Антикодоннинг биринчи ҳолатида G ва С модификацияланмаган бўлиши мумкин.
Антикодонга 3 - томондан бирикувчи антикодон тугуннинг пурин нуклеозиди кўпинча ўзига хос модификация тури ("гипермодификация") билан характерланади. Масалан, антикодонга 3'- томондан ёпишувчи қолдиқ эукариотик тРНК, тРНК, тРНКларда N6 - изопентениладенозин (i6A) кўринишда ёки бактерияларнинг аналогик тРНК ларида N -изопентенил-2-метилтиоаденозин (mSri6A) кўринишида келади. Ҳамма эукориотларнинг тPHK занжирида эса у уайтбутозин ( yw ёки Y) ёки унинг оксиҳосиласи (oyw) кўринишида гипермодификацияланган бўлади.