Mitoxondriyalar ham ichki va tashqi membranalar bilan o’ralgandir.Ichki membrana kristlar deb ataluvchi har xil qatlamlarni hosil qiladi.Mitoxondriyaning ichki muhiti matriks deyiladi. Matriksda ribosomalar, RNK va halqa shaklida joylashgan mitoxondrial DNKbo’lganligi uchun mitoxondriyadagi oqsilning bir qismining sintezi uchun javob beradi. Mitoxondriyaning ichki tuzilishi, ya'ni matriksi membrana yordamida uni sitoplazmadan ajratib turadi. Mitoxondriyalarda nafas olish jarayoni amalga oshib, unda makroergik bog’lar hosil bo’ladi, bu bog’lar hisobiga ATF sintezlanadi. Hosil bo’lgan energiyani uzatish va ko’paytirish mitoxondriyadagi fermentlar zimmasiga tushadi. Ammo hamma o’simliklarda ham mitoxondriyaning tuzilishi, ko’rinishi bir xilda emas.