Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

Clustal2 - bu ClustalW va grafik Clustal X buyruq satrlarining paketlangan versiyasi. Ular ham yangi vositalar emas, balki yuqorida ko'rib chiqilgan avvalgi dasturlarning yangilangan va takomillashtirilgan versiyalari. Ikkala yuklash ham Linux, Mac OS X va Windows (ikkala XP va Vista) kabi ko'plab operatsion tizimlar uchun oldindan tuzilgan. Ushbu nashr veb-saytni yanada tartibli va foydalanuvchilarga qulay qilish, shuningdek dastlabki kodlarni eng so'nggi versiyalariga yangilash maqsadida ishlab chiqilgan. Clustal2 - bu ClustalW va ClustalX-ning 2-versiyasi bo'lib, u shu nomni oladi. O'tgan versiyalarni hali ham veb-saytda topish mumkin, ammo har bir oldingi kompozitsiyalar hozirgi kunda yangilangan.

ClustalΩ (alternativ ravishda Clustal O va Clustal Omega deb nomlanadi) bu bir necha ketma-ketlikni tekislash uchun ishlatiladigan tez va kengaytiriladigan dastur. Ushbu moslamalarni yaratish uchun ikkita profilga qaratilgan urug'langan hidoyat daraxtlari va yangi HMM dvigatelidan foydalaniladi. Dasturga ketma-ketlik izlanishini hisoblash uchun uchta yoki undan ko'p ketma-ketliklar kerak, ikkita ketma-ketlikni ketma-ketlik bo'yicha izlama vositalaridan (EMBOSS, LALIGN) foydalanish kerak. Clustal Omega mustahkamlik asosidagi va barcha ketma-ketliklarni moslashtirish vositalarining eng tezkor ravishda amalga oshiriladigan onlayn dasturlaridan biri sifatida ko'rib chiqiladi va baribir mustahkamlik va matritsaga asoslangan algoritmlar orasida aniqlik darajasida yuqori o'rinni egallaydi.

Clustal dasturiy ta'minot seriyasidagi o'ziga xos dastur 1988 yilda shaxsiy kompyuterlarda ketma-ketlik izlanishini yaratish usuli sifatida ishlab chiqilgan. 4 yil o'tgach ClustalV chiqarildi va originalda juda yaxshilandi, bir necha asosiy xususiyatlarni qo'shdi va o'zgartirdi, masalan, o'tmishdoshi kabi Fortran o'rniga C harfiga yozildi.

Algoritmni tahrirlash

Ikkala versiya ham ketma-ketliklar orasidagi o'xshashlik ballarini hisoblash uchun bir xil tezkor algoritmdan foydalanadi va bu o'z navbatida juft yo'nalishli hizalanishni hosil qiladi. Algoritm ikkita ketma-ketlik orasidagi k-tupli sonlarning mos kelishini hisobga olgan holda o'xshashlik ballarini hisoblash orqali ishlaydi, bo'shliqlar uchun belgilangan jazoni hisobga olgan holda ishlaydi. Keyingi ketma-ketliklar qanchalik o'xshash bo'lsa, ballar shunchalik yuqori bo'ladi, farqlar ko'payadi, ballar kamayadi. Tartiblar to'plangandan so'ng, bir nechta ketma-ketlik hizalanish tartibini ifodalash uchun UPGMA orqali dendrogram yaratiladi. Avval ketma-ket yuqori ketma-ketliklar ketma-ket joylashtiriladi, qolgan qismi esa kamayish tartibida joylashtiriladi. Algoritm juda katta ma'lumot to'plamlarini yaratishga imkon beradi va tez ishlaydi. Shu bilan birga, tezlik ma'lum bir ketma-ketlik turi uchun tanlangan k-tup o'yinlari uchun mos keladigan diapazonga bog'liq.