Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

Mavzu:

Clustal W va T- Coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

Reja:

• Clustal W dasturi
• T- Coffee dasturi
• Ma’lumotlar tahlili

T-Coffee "Tartibni baholash uchun asoslangan ob'ektiv funktsiya" degan ma'noni anglatadi. Bu asosan bir nechta ketma-ketlikni muvofiqlashtirish (MSA) usuli, ammo ushbu qo'llanmada keltirilgan foydali , kuchli vositalar to'plamini taqdim etadi. Ishning mohiyatiga chuqurroq kirishdan oldin, T-Coffee nima qilishi mumkinligi haqida qisqacha tushuntirish kerak bo'ladi.

• T-Coffee "Tartibni baholash uchun asoslangan ob'ektiv funktsiya" degan ma'noni anglatadi. Bu asosan bir nechta ketma-ketlikni muvofiqlashtirish (MSA) usuli, ammo ushbu qo'llanmada keltirilgan foydali , kuchli vositalar to'plamini taqdim etadi. Ishning mohiyatiga chuqurroq kirishdan oldin, T-Coffee nima qilishi mumkinligi haqida qisqacha tushuntirish kerak bo'ladi.

T-Coffee turli xil vazifalarni bajarishga imkon beruvchi ikkita tarkibiy qismdan iborat:

T-Coffee turli xil vazifalarni bajarishga imkon beruvchi ikkita tarkibiy qismdan iborat:

asosan bu Multiplequence Alignment usuli. Ma'lumotlar bazasini qidirish dasturlari (masalan, BLAST, Ensembl va boshqalar) yordamida to'plangan ketma-ketliklar to'plamini hisobga olgan holda, T-Coffee Multi-Seignence Alignment (MSA) ni ishlab chiqaradi (qo'shimcha ma'lumot olish uchun Ko'p ketma-ketlik tartibini tuzish bo'limiga qarang).

• shuningdek, bu aniq moslashtirish, ma'lumotlarni qayta formatlash kabi keng ko'lamli operatsiyalarni bajarishga qodir vositalar to'plami (odatda bayroqcha -other_pg "vositalari" deb nomlanadi) va uchinchi tomon dasturlari (T-Coffee-da tashqi usullarni integratsiya qilish bo'limi). , natijalarni baholash, usullarni taqqoslash va boshqalar ...

U nimani uyg'unlashtirishi mumkin?

U nimani uyg'unlashtirishi mumkin?

T-Coffee nuklein kislotasini (DNK va RNK) va oqsillarning ketma-ketligini tenglashtiradi. T-Coffee shuningdek ikkinchi darajali - uchlamchi tuzilish ma'lumotlari (ma'lum tuzilishga ega protein yoki RNK ketma-ketligi uchun), ketma-ketliklari kabi boshqa turdagi ma'lumotlarni ham ishlatishi mumkin.