Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

ClustalW, boshqa Clustal asboblari singari, bir nechta nukleotid yoki oqsillar ketma-ketligini samarali ravishda tekislash uchun ishlatiladi. Dastlab eng o'xshash ketma-ketliklarni hizalaydigan va global hizalama yaratilgunga qadar eng kam o'xshash ketma-ketliklarga o'tadigan progressiv hizalama usullaridan foydalaniladi.

ClustalW, boshqa Clustal asboblari singari, bir nechta nukleotid yoki oqsillar ketma-ketligini samarali ravishda tekislash uchun ishlatiladi. Dastlab eng o'xshash ketma-ketliklarni hizalaydigan va global hizalama yaratilgunga qadar eng kam o'xshash ketma-ketliklarga o'tadigan progressiv hizalama usullaridan foydalaniladi.

ClustalW - bu matritsaga asoslangan algoritm, T-Coffee va Dialign kabi vositalar esa mustahkamlikka asoslangan. ClustalW juda samarali algoritmga ega, u boshqa dasturlarga qarshi yaxshi raqobatlashadi. Ushbu dastur global hizalanishni hisoblash uchun uch yoki undan ko'p ketma-ketlikni talab qiladi, ketma-ketlik bo'yicha hizalama uchun (2 ta ketma-ketlik) EMBOSS, LALIGN-ga o'xshash vositalardan foydalanadi.

Aniqlik va natijalarni tahrirlash

Aniqlik va natijalarni tahrirlash

ClustalW foydalanadigan algoritm deyarli har safar maqbul natijaga erishishga imkon beradi. Ammo ma'lumotlar to'plami har xil darajadagi farqlarga ega bo'lgan ketma-ketliklar mavjud bo'lsa, bu juda yaxshi. Buning sababi shundaki, ma'lumotlar to'plamida qo'llanma daraxti shovqinga nisbatan kam sezgir bo'ladi. ClustalW tezkor harakat qilish uchun juftlik bo'ylab hizalanishni va global hizalanishni birlashtirgan birinchi algoritmlardan biri edi va u ishladi, ammo boshqa dasturlarda bu tufayli yo'qolish mavjud.

• ClustalW, boshqa MSA algoritmlari bilan taqqoslaganda, eng tezkorlardan biri bo'lib, aniqlik darajasini saqlab turadi.T-Coffee kabi raqobatbardoshlikka asoslangan raqobatchilariga qaraganda hali ko'p yaxshilanish kerak. MAFFT, T-Coffee, Clustal Omega va boshqa MSA dasturlarida sinovdan o'tkazilganda ClustalW uchun aniqlik to'liq metrajli ketliklar uchun eng past aniqlikka ega edi. Bu ishda sinovdan o'tganlarning barchasidan algoritm talab qiladigan eng kam RAM xotiraga ega edi. ClustalW o'z raqiblari orasida eng past aniqlik darajasini qayd etgan bo'lsa-da, u hali ham ba'zi maqbul deb bilgan narsalarni saqlab qoldi. ClustalW2-da mavjud bo'lgan algoritmda aniqlik darajasini oshirish bilan birga juda katta ahamiyatga ega tezlikni saqlab turishda yangilanishlar va yaxshilanishlar bo'ldi.