Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

T-Coffee nima qila oladi

T-Coffee nafaqat moslashtiruvchi dastur, balki ko'plab vositalar va uchinchi tomon dasturlari bilan birgalikda uning imkoniyatlari doirasini oshiradi; T-Coffee bajarishi mumkin bo'lgan to'liq bo'lmagan ro'yxati:

T-Coffee DNK, RNK yoki oqsillar ketma-ketligini to'g'ri aniqlay oladi (yoki hech bo'lmaganda hisoblashga harakat qiladi!). Bir nechta rejim va variantlar mavjud va ular ushbu qo'llanmada keltirilgan. Standart T-Coffee har qanday ketma-ketlikni qabul qiladi, garchi ba'zi rejimlar ma'lum bir ketma-ketlik uchun xos bo'lsa.

T-Coffee sizga ma'lumotlarni (ketma-ketliklar, tuzilmalar ...) yoki chiqishlar (hizalar, daraxtlar ...) formatini o'zgartirish, qirqish, tozalash, kesish, rang berishingizga yordam beradi; ma`lumotlaringiz va / yoki natijalaringiz tayyor bo'lgach, ularni xohlagan vaqtda o'zgartirishingiz mumkin degan ma'noni anglatadi.

T-Coffee olingan natijalarni bir nechta hizalanish usullari bilan birlashtirishga imkon beradi (qo'shimcha ma'lumot uchun T-Coffee va binolarni ko'p marotaba hizalama bo'yicha FAQ bo'limiga qarang). T-Coffee bu barcha MSA-larni deyarli birlashtirishi mumkin, siz sinab ko'rgan barcha usullaringiz bilan eng yaxshi kelishuvga ega yangi Multiplequence Alignment-ni yaratishingiz kerak.

T-Coffee-ning eng muhim yaxshilanishlaridan biri bu sizning izlanishlaringiz yanada yuqori sifatli bo'lishi uchun ketma-ketlik va tuzilishlarni birlashtirishga imkon berishdir. Ushbu moslamadan to'liq foyda olish uchun (yoki boshqa strukturaviy tekislash usulidan foydalanish uchun) SAP to'plamini o'rnatishingiz kerak.

• T-Coffee sizga MOCCA-dan foydalangan holda takroriy to'plamni bitta ketma-ketlikdan yoki ketma-ketliklardan ajratib olishga imkon beradi. Boshqacha qilib aytganda, agar siz takrorlashning bitta nusxasining koordinatalarini bilsangiz, qolgan barcha boshqa hodisalarni chiqarib olishingiz mumkin. MOCCA kutubxonani hisoblash uchun biroz vaqt talab qiladi va keyin sizni interfaol menyu bilan ta'minlaydi. Siz faqat ko'rsatmalarga amal qilishingiz kerak.
• T-Coffee sizning ko'p martali hizalanishingizning ishonchliligini o'lchash uchun ishlatilishi mumkin. Agar siz bu haqida bilmoqchi bo'lsangiz, T-Coffee yoki Texnik hujjatlar uchun FAQ bo'limini o'qing (-ish bayrog'i). To'liqroq ma'lumotlar ushbu qo'llanmada baribir sizning moslashingiz qanday bo'ladi?
• T-Coffee alternativ hizalanishni taqqoslash uchun ishlatilishi mumkin; Agar siz bir xil ketma-ketlikning bir nechta hizalanishini yaratsangiz, eng keng tarqalgan ballardan foydalangan holda ushbu hizalanishlarni taqqoslashingiz mumkin (Pair-Pairs yoki Colour Score). Agar mos yozuvlar mavjud bo'lsa, siz o'zingizning ma'lumotnomangiz bilan MSA-larni taqqoslash orqali to'g'ridan-to'g'ri usulingizni qiyoslashingiz mumkin.