Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

T-Coffee-dagi kesh nima?

T-Coffee-dagi kesh nima?

• Biz kesh deb nomlagan narsadan (yoki kesh faylidan) foydalanib, bir nechta variant osongina bajarilishi mumkin. T-Coffee-da kesh bu sizning izlanishingizning alternativ versiyasini o'z ichiga olgan fayl bo'lib, unda izlanishning har bir pozitsiyasi alternativ kodlash sxemasi bilan almashtiriladi. Masalan, har bir qoldiq avval baholangan bal bilan almashtirilishi mumkin: bu ball T-Coffee CORE indeksini (bo'limni moslashtirish bo'limi) yoki matritsaga asoslangan baholash (blosum62mt yoki identifikatsiya matritsasi) bo'lishi mumkin. Keyin, har qanday o'zgartirishlarni amalga oshirayotganda yoki hizalaringizni qayta formatlashda siz kesh ichidagi tegishli ballarga qarab o'zgartirilishi kerak bo'lgan pozitsiyalar oralig'ini belgilashingiz mumkin. Xususan berilgan hizalanish formatini o'zgartirish bilan bog'liq ba'zi bir misollarni ko'rib chiqamiz; keshni ishlatish majburiy emas, lekin bu juda amaliy.

Tartib formatini o'zgartirish

Tartib formatini o'zgartirish

• Ba'zan bitta formatni boshqasiga o'zgartirish kerak bo'lishi mumkin, masalan, faqat shu formatni taniydigan boshqa dasturlardan foydalanganda. T-Coffee juda keng tarqalgan hizalanma formatlarini tan oladi va siz kirish fayllari (larini) kiritmasdan t_coffee -other_pg seq_reformat yozib shunchaki tanilgan barcha kirish va chiqish formatlarini topishingiz mumkin. Tarkiblanmagan yoki hizalanmagan ketma-ketliklarni bir xil formatda qayta formatlash mumkin, ammo boshqa dasturlardan foydalanish uchun hizalama formatini o'zgartirish qiziqroq bo'lishi mumkin; Tarkibida tartibsiz bayroqlar formati bayroqlari odatda "_seq" qo'shimchasidan oldin va "_aln" qo'shimchasidagi tekislangan ketma-ketlik bayroqlari bilan belgilanadi. Bu, shuningdek, bo'shliqlarni olib tashlash orqali har qanday hizalanishni tenglashtirilmagan ketma-ketlikka o'zgartirishga imkon beradi.
• Formatni aniqlash 100% to'liq isbot emas; vaqti-vaqti bilan, masalan, -input msf_aln -output fasta_aln bilan qayta formatlamoqchi bo'lgan faylning tabiati haqida dasturga xabar berishingiz kerak bo'ladi.