Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

Eng informatsion ketma-ketlikni chiqarib olish

Eng informatsion ketma-ketlikni chiqarib olish

• Katta ma'lumotlar to'plamlari muammoli, chunki ularni tekislash va tahlil qilish qiyin bo'lishi mumkin, MSA dasturlari juda sekin va noaniq bo'lib qolishga moyil. Qisqasi, evolyutsiya ta'sirini ko'rish uchun etarli ketma-ketlikka ega bo'lish uchun MSA ma'lumotlar bazasi uchun eng yaxshi o'lcham 20 dan 40 gacha ketma-ketlikda bo'lishi kerak, ammo shu bilan bir vaqtda, siz hizalanishingizni vizual ravishda ko'rib chiqishingiz va kerak bo'lganda uni qayta hisoblashingiz uchun etarlicha kichik bo'lishingiz mumkin. . Har bir ketma-ketlikda boshqalari bo'lmagan ma'lumot mavjud bo'lganda, yaxshi ma'lumotlar to'plami uning hajmidan muhimroq bo'lishi kerak. Eng ma'lumotli ketma-ketliklar bu sizning ma'lumotlar bazangizda bir-birlariga imkon qadar farq qiladigan ketma-ketliklardir.

O'zgartirish matritsasini o'zgartirish

O'zgartirish matritsasini o'zgartirish

T-Coffee kutubxonaga kiradigan juft yo'nalishli izlanish uchun faqat almashtirish matritsasidan foydalanadi. Bular barcha mumkin bo'lgan ketma-ketliklarning global moslashishlari va har bir ketma-ketlik juftligi bilan bog'liq bo'lgan o'nta eng yaxshi mahalliy moslamalar.

• Odatiy bo'lib, ushbu izlanishlar Blosum62 matritsasi yordamida hisoblab chiqiladi, ammo siz o'zingiz xohlagan har qanday matritsani ishlatishingiz mumkin, jumladan: pam120mt, pam160mt, pam250mt, pam350mt, blosum30mt, blosum40mt, blosum45mt, blosum50mt, blosummm, blosum.5mt, blosum.580mt, blosum50mt, blosum.5mm BLAST formatidagi matritsalar (T-Coffee Texnik hujjatlariga qarang).
• PAM matritsalari: Ushbu matritsalar go'yo Blosumga qaraganda kamroq aniq. Indeks evolyutsion masofalarga bog'liq, shuning uchun pam350mt dan juda uzoq bog'liq ketma-ketlikni hizalamak kerak.
• Blosum matritsalari: Ushbu matritsalar go'yo eng aniq hisoblanadi. Indeks matritsani hisoblashda foydalaniladigan ketma-ketliklar ichidagi maksimal foiz identifikatori bilan bog'liqdir. shuning uchun siz juda uzoq bog'liq ketma-ketlikni hizalamak uchun blosum30mt dan foydalanishingiz kerak. Blosum matritsalari oqsilning yadro mintaqalariga qarab yo'naltirilgan va bu matritsalar nima uchun yaxshiroq hizalanishga moyil bo'lganliklarini tushuntirishadi, chunki ular dizayni bo'yicha ular oqsillar tarkibidagi eng evolyutsiyaviy turg'un signalni ushlab turishlari mumkin.