Kurs ishi mavzu: dnk va rnk nukleotidlar ketma-ketliklari ma`lumot bazalari

Ma'lumotlar manbalari.


Ma'lumotlar bazasiga kirish tuzilishi
Ma'lumotlar bazasi yozuvlari GENBANK yassi fayl formatida tarqatiladi, bu ko'pgina ketma-ketlikni tahlil qilish dasturiy paketlari tomonidan qo'llab-quvvatlanadi va shuningdek, inson o'quvchilari tomonidan foydalaniladigan tuzilmani ta'minlaydi. Oddiy ma'lumotlar bazasi yozuvi kataloglash maqsadlari uchun qisqacha tavsifni, manba organizmning taksonomik tavsifini, ma'lumotnoma ma'lumotlarini, kodlash hududlari va boshqa biologik ahamiyatga ega joylarni tavsiflovchi ketma-ketlik va xususiyatlar jadvalini o'z ichiga oladi. Har xil turdagi qatorlar ketma-ketlik yozuvini tashkil etuvchi ma'lumotlarning har xil turlarini yozish uchun ishlatiladi, masalan, DE, tavsif; OS, organizm turlari; RT, ma'lumotnoma sarlavhasi; FT, xususiyatlar jadvali ma'lumotlari; va boshqalar.
Xususiyatlar jadvali
DDBJ, GENBANK va GenBank nuklein kislotalari ketma-ketligi ma'lumotlar banklari o'z boshidanoq organizm genomidagi yuqori tartibli ketma-ketlik domenlari va elementlarning roli va joylashuvini tavsiflash uchun saytlar va xususiyatlar jadvallaridan foydalangan. Xususiyatlar jadvali DDBJ/GENBANK/GenBank Xususiyatlar jadvalining yagona ta'rifiga amal qiladi, uni EBI tarmoq serverlarida mavjud:
(URL http://www.ebi.ac.uk/ebi_docs/genbank_db/ft/feature_table.html ).


II-bob. Asosiy qism.
2.1. GENBANK nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlar bazasi.
GENBANK ma'lumotlar kutubxonasi 1980 yilda nukleotidlar ketma-ketligi ma'lumotlari va tegishli ma'lumotlar bazasini to'plash, tartibga solish va tarqatish uchun tashkil etilgan. 1982 yildan buyon bu ish GenBank (NCBI, Bethesda, AQSh) va Yaponiyaning DNK ma'lumotlar bazasi (Mishima) bilan hamkorlikda amalga oshirildi. DDBJ/GENBANK/GenBank uchta xalqaro hamkorlikdagi ma'lumotlar bazalarining har biri butun dunyo bo'ylab xabar qilingan ketma-ketlik ma'lumotlarining bir qismini to'playdi. Barcha yangi va yangilangan ma'lumotlar bazasi yozuvlari har kuni hamkorlik qiluvchi ma'lumotlar bazalari o'rtasida almashinishini ta'minlash uchun protseduralar mavjud. Ma'lumotlar bazasining portlovchi o'sishi davom etmoqda - ketma-ketlik texnologiyasi deyarli shtrix-kod kabi DNKni o'qish vositalarini yaratdi. GENBANK Release 48 (1996 yil sentyabr) 609 302 252 nukleotidni o'z ichiga olgan 931 582 ketma-ketlik yozuvlari haqida xabar beradi va 1996 yil oxiriga kelib ma'lumotlar bazasi 1 000 000 dan ortiq yozuvlarni o'z ichiga olishi kutilmoqda. So'nggi paytlarda ketma-ketlik ma'lumotlarining ko'payishi, asosan, Inson genomi loyihasi kabi katta ketma-ketlik loyihalarining natijasidir. Ushbu loyihalar ommaviy ma'lumotlar banklarida mavjud bo'lgan juda ko'p miqdordagi DNK ketma-ketligi ma'lumotlarini beradi.