«Кимёда замонавий компьютер моделлаштириш усуллари» фанидан оралиқ назорат саволлари

33.Молекуляр динамика усули ва унинг имкониятлари. Ҳисоблашлардан олинадиган хулосалар. 
Molekulyar dinamika molekulalarning aylanma, ilgarilanma va ichki molekulyar (ayrim atomlar yoki guruhlar tebranish) 
harakatlarini mikrodarajada modellash orqali ma’lum birikmalarning fizikaviy makroxususiyatlarini aniqlash imkonini 
bermoqda. Makroxususiyatlar ˗ molekulalarning ma’lum vaqt davomida fazodagi harakati natijasida qoldirgan izi, ya’ni 
trayektoriyasini qayd qilish orqali aniqlanadi. Molekula yoki molekulalar (tizim) harakati molekula(lar) tuzilishiga, muhitga 
(erituvchi, kristal panjara va b.), modda zichligiga (miqdoriga), harorat va bosim o‘zgarishiga, chegaraviy shartlarga (tanlangan 
to‘rtburchak yoki sferik katakcha o‘lchamiga) va boshqa omillarga bog‘liq.
Birikmalarning eritmalardagi dinamikasini hisoblashda to‘rtburchak yoki sferik katakcha (chegaraviy shart) tanlanib, ularning 
o‘lchami, erituvchi molekulalari va kerakli birikmalar tayyorlanadi. 
34. 
Молекуляр динамика. Ҳаракатларни сонли ифодалашда қўлланиладиган тенгламалар. 
 

---

 
35.Молекуляр динамик ҳисоблашларда қўлланиладиган алгоритмлар. 
Harakatlarni sonli ifodalashda quyida keltirilgan algoritmlar keng qo‘llanilmoqda: 
1. Verlet algoritmi 
2. Sakrab yurish (Chexarda) algoritmi 
3. Tezlashtirilgan Verlet algoritmi 
4. Prediktor – korrektor algoritmi 
Trayektoriyalar harorat va bosim ta’sirini inobatga olgan holda yozilishi mumkin. Quyida Hyperchem dasturida harorat ta’sirini 
o‘rganish uchun tuzilgan buyruq keltirilgan: 
Vaqt o‘lchovi sifatida - femtosekund (10-15s.) olinadi. Quyida vaqt davomida sistema energiyasi o‘zgarishini ko‘rsatuvchi 
diagramma keltirilgan. 
36.Атом даражасида моделлаштириш имконини берувчи ҳисоблаш усуллари ва дастурлар мажмуаси. 
Molekulyar mexanika atom darajasidagi modellashtirish usulidir. Molekulyar mexanika usulida birikmalar mikroskopik mexanik 
tizimlar (Nyuton zarrachalari) deb qaraladi. Atomlar go‘yoki o‘zaro mexanik prujina orqali bog‘langan (2.2-rasm) va ularning 
fazoda joylashishi mexanik kuchlar (atom potensiallari) yordamida nazorat qilinadi.Bog‘lanmagan atomlar orasidagi masofa 
ular orasidagi (dipol-dipol, zaryad-zaryad) ta’sirlashuvlar ˗ Kulon va Van-der-Waals tenglamalari yordamida optimallashtiriladi. 
Bugungi kunda ko‘pchilik hisoblash majmualarida MM hisoblash usullari mavjud: 
1. MM2 (ChemOffice); 
2. MMX (PCModel); 
3. MM+, Amber, OPLS, BIO+ (HyperChem); 
4. GAFF, Ghemical, MMFF94, MMFF94s, UFF (Avogadro); 
5. UFF, Dreiding, Amber (Gaussian) va b.