«биоинформатикага муқаддима»

Маълумотларни қидириш. БЛАСТда ишлаш учун, аввало, қидирилиши керак 
бўлган сўровни ва унга монанд кетма-кетликни ѐзиш керак бўлади ѐки маълумотлар 
базасидаги кетма-кетликлар сони кўп бўлиши мумкин. БЛАСТ маълумотлар базасидан 
сўралган кетма-кетликларга ўхшаш бўлган кетма-кетликларни қидиради. Оддий 
ҳолатларда, сўралган кетма-кетлик маълумотлар базасидаги кетма-кетликлардан анчагина 
кичик бўлади, масалан, сўралган кетма-кетликда нуклеотидлар сони 1000 ни ташкил 
қилса, маълумотлар базасида ушбу кетма-кетликка оид нуклеотидлар сони бир неча 
миллиард бўлиши мумкин. 
БЛАСТ нинг асосий ғояси шундаки статистикавий муҳим таққослашларда кўп 
ҳолларда юқори-ҳисобловчи сегмент жуфтлари (ҲСП) тўпланади. БЛАСТ сўралган кетма-
кетлик билан маълумотлар базасидаги кетма-кетликлар орасидан ҳеуристиc алгортимдан 
фойдаланиб худди Смит-Вотермен алгоритми даражасига етадиган юқори ҳисобловчи 
таққослашлар учун қидиради. Смит-Ватерман мукаммал йўли ГенБанк сингари катта 
геном маълумотлар базасини қидиришда жуда секин ишлайди.
Clustal дастури ва унда ишлаш тартиби 
Кўп миқдордаги кетма – кетликларни таққослаш учун Clustal дастури кенг 
қўлланилади. Clustal типидаги биринчи дастур серияси 1988 йилда Д.Хиггинс томонидан 
ишлаб чиқилган. Кейинчалик Д.Фенг, Р.Дуллитл ва В.Тейлорлар томонидан 
такомиллаштирилган. 1992 йилда Clustal дастурининг иккинчи авлоди Clustal V пайдо 
бўлди ва 1994 йилда ишлаб чиқилган учинчи авлод Clustal W дастури 
такомиллаштирилган алгоритмларнинг ҳисобига жуда ҳам қулай ишлаш интерфейсига эга 
бўлди. Айтиш лозимки, бу авлод дастурининг қулайлиги таққослануви кетма – 
кетликларнинг FASTA формати кўринишида берилиши билан белгиланади. Clustal 
дастурининг 
учинчи 
авлоди 
кўплаб 
серверлар 
орқали 
(
www.pbil.ibcp.fr
, 
http://www.ebi.ac.uk
) икки хил кўринишда, интерфаол ва почта тартибида берилади. 
Интерфаол кўринишда фойдаланувчи натижаларни кутиш орқали қабул қилади. Почта 
тартибида ишланганда эса натижалар фойдаланувчининг электрон манзилига (кетма – 
кетликлар сони кўп миқдорда бўлганда) жўнатилади. Clustal дастурида ишлаш учун 
биринчи навбатда ўрганилаѐтган аминокислоталар ѐки нуклеотидларнинг кетма – 
кетликларини мумкин бўлган мавжуд 7 та серверларнинг биридан (NBRF/PIR, 
EMBL/SWISS-PROT, Pearson/FASTA, Clustal(*aln), GCG/MSF(Pileup), GCG9/RSF, GDE) 
олиш керак. Бу ҳолатларда кўпроқ FASTA форматидан фойдаланилади. Киритилаѐтган 
кетма –кетликларнинг умумий узунлиги www учун 40000, e-mail серверлари учун эса 
60000 дан ортмаслиги талаб этилади. Жуфтлик таққосланишларида ўрганилаѐтган кетма – 
кетликларнинг барча жуфтликлари таққосланади. Бундан ташқари Clustal дастури 
таққосланаѐтган кетма – кетликларнинг филогенетик муносабатларини кўрсатувчи 
дендрограммаларни тузиш учун ҳам қўлланилади.

---