Покистон - Қирғизистон Покистон ва Қирғизистон ўртасида дипломатик муносабатлар 1992 йилда, Қирғизистон мустақил бўлганидан кейин ўрнатилган. Аммо Қирғизистоннинг Исломободдаги элчихонаси 2007 йил 17 майда очилган. Илгари мамлакатда элчихона очиш учун маблағ етарли бўлмаган, Элчихонанинг кеч очилишига бошқа сиёсий сабаблар бўлмаган.
90-йилларда мамлакатлар ўртасидаги ҳамкорлик асосан иқтисодий соҳада бўлиб ўтди, аммо 2000-йилларнинг бошларида хавфсизлик масалалари, айниқса Афғонистондаги вазият билан боғлиқ масалалар кўриб чиқила бошланди. Покистон 2005 йилда ШҲТга кузатувчи сифатида аъзо бўлганидан кейин ушбу муаммолар билан боғлиқ масалалар ташкилот доирасида кўриб чиқила бошланди. Шундай қилиб, 2001 йил март ойида Қирғизистон Президентининг махсус вакили Покистонга келди. Уни Президент Рафик Тарар ва Парвез Мушарраф қабул қилди. Қирғизистон элчисининг Покистон ташқи ишлар вазири билан учрашувида Афғонистондаги тинчликни тиклаш муаммоси муҳокама қилинди. Маслаҳатлашувлар чоғида икки томонлама алоқаларни, биринчи навбатда савдо алоқаларини кенгайтириш масалалари ҳам кўриб чиқилди.
2009 йил март ойида Қирғизистон ҳукумати аппарати раҳбари Нурлан Аитмурзаев ва Покистон Бош вазири Саед Юсуф Ризо Гилани Исломободда икки томонлама ҳамкорлик масалаларини муҳокама қилдилар. Минтақавий электр энергияси бозорини ривожлантириш, транспорт алоқалари ва икки мамлакат ўртасидаги савдо-иқтисодий ҳамкорликка алоҳида эътибор қаратилди. Икки давлат ҳукумат раҳбарларининг 2008 йил октябр ойида Истамбулда бўлиб ўтган учрашувида ҳамкорликни янада мустаҳкамлаш тўғрисида келишувга эришилди.
2011 йил март ойида Қирғизистонга Покистон ишбилармонлари делегацияси ташриф буюрди. Покистон Ислом Республикасининг Қирғизистондаги фавқулодда ва мухтор элчиси Танвир Ахтар Ҳаскелий бу янгилик ҳақида Қирғизистон Савдо-саноат палатаси президенти Марат Шаршекэв билан учрашувда маълум қилди. Суҳбат чоғида дипломат унинг мамлакати Қирғизистон билан савдо-иқтисодий ҳамкорликни мустаҳкамлашдан манфаатдор эканлигини таъкидлади.
Покистон элчиси, шунингдек, Қирғизистон Савдо-саноат палатаси раҳбариятидан Қирғизистон ишбилармон доиралари вакиллари иштирокида бизнес форум ташкил этишга ёрдам беришни сўради. 2011 йил Покистон ва Қирғизистон Республикаси савдо палаталари ўртасида ҳамкорлик тўғрисидаги меморандум имзоланиши режалаштирилган бўлиб, у шубҳасиз икки томонлама савдо-иқтисодий алоқаларни ривожлантиришга ижобий таъсир кўрсатади. 2011 йилда Гиланий ва Алмазбек Атамбаев савдо иқтисодий муносабатларни мустаҳкамлашга доир музокаралар чоғида ўтказди. Унда асосий эътибор, 2004 йилда Покистон, Хитой, Қирғизистон ва Қозоғистон ўртасида имзоланган тўрт томонлама транзит тўғрисидаги битимни нормал ва самарали бажарилишига тўсқинликларни бартараф этишга келишиб олдилар. Шунингдек, Гилани қирғизистонлик ҳамкасби билан савдо, инфратузилма ва коммуникация соҳаларида ҳамкорлик қилиш имкониятларини муҳокама қилган.
Гилонининг бу сафарида, ҳарбий характерга эга мудофаа машқлари тўғрисида битим генерал-лейтенант Сайид Атар Али ва қирғизистонлик ҳамкасби томонидан имзолаган. Икки мамлакат мудофаа вазирликлари ўртасидаги келишув қирғиз қўшинларининг Покистон ҳарбий муассасаларида ўқитилиши режалаштирилган26.
Бундан ташқари, Покистон ва Қирғизистон қайта тикланадиган энергия самарадорлигини ошириш соҳасида ҳамкорлик қилишга келишган. Томонлар Қирғизистон ва Тожикистондан электр энергиясини Афғонистон ва Покистонга экспорт қилишни таъминлайдиган Марказий Осиё ва Жанубий Осиё минтақавий электр бозори доирасидаги ҳамкорликка қизиқиш билдирган. Иккала мамлакат ҳам халқаро ва диний терроризмга, сепаратизмга ва қурол-яроғ ва гиёҳванд моддалар савдосига қарши курашда ҳамкорликни кенгайтириш орқали миллий ва минтақавий хавфсизлик манфаатларини илгари суриш билан бир қаторда маданият ва таълим соҳаларидаги ҳамкорлик даражасини оширишга келишиб олдилар.
2013 йил 24 сентябр куни Қирғизистоннинг Муваққат ишлар вакили Кубанйчбек Почоевич Токторбаев Исломободда ўз мамлакати Покистон билан иқтисодий муносабатларни ривожлантиришдан манфаатдор ва Хитой-Покистон иқтисодий йўлагига қўшилишга тайёрлигини маълум қилди. 2015 йил 30 июн куни Покистон Бош вазири Наваз Шариф Бишкекка расмий ташриф буюриб, у ерда Қирғизистон Президенти Алмазбек Шаршенович Атамбаев билан учрашди. Томонлар терроризм, гиёҳванд моддалар контрабандаси, экстремизмга қарши кураш, шунингдек, савдо-иқтисодий алоқаларни ривожлантириш борасидаги ҳамкорликни қайд этдилар. 2015 йилда Қирғизистоннинг ишончли вакили Лаҳор Савдо Палатасида Қирғизистон Покистон билан савдо-иқтисодий ҳамкорликни ривожлантиришга тайёрлиги ва ушбу мамлакатдан тўқимачилик ва фармацевтика маҳсулотларини етказиб беришга қизиқиш билдирган. 2017 йил май ойида икки мамлакат ҳукуматлари дипломатик муносабатлар ўрнатилганининг 25 йиллигини нишонладилар.