16-labortoriya mashg`uloti Bioinformatik dasturlari ishlash prinsiplari bilan tanishi
Ishdan maqsad:
Talabalarni Bioinformatik dasturlari ishlash prinsiplari bilan tanishitirish
Zinc-finger texnologiyasi.Fok I – endonukleazalar domeni bilan bog`langan oqsil
domeninig “Rux barmoqchalari” tipi sayt-spetsifik nukleaza sifatida faol bo`lib DNKni in vitro
sharoitida qat`iy belgilangan uchastkalarini o`ta aniqlikda qirqishi allaqachon 1996-yilda birinchi
marta ko`rsatib berilgan edi. Shu kabi ximerik oqsillar modulli strukturaga ega bo`lib har bir “rux
barmoqchalari” domeni bir nukleotid tripletini taniydi (Zinc-finger Nuclease, ZFN).1 Bu
kulturalanadigan xujayralar jumladan pluripotent tana xujayralari
hamda model hayvonlar va
o`simliklarda asosiy tahrirlash usuliga aylandi.2 Ammo ZFN texnologiyasi murakkabligi va har
bir aniq genom lokuslari uchun oqsil domenlarining konstruksiyasini tuzishga yuqori harajat talab
etilishi, bir nukleotidli almashinuv yoki domenlar aro o`zaro noto`g`ri ta`sirlar sababli DNK-
nishonning noaniq qirqilishi ehtimolliklari kabi bir nechta kamchiliklarga ega.3 Shuning uchun
genomni tahrirlovchi yangi texnologiyalar topish maqsadida faol izlanishlar davom etdi. So`nggi
yillarda bu izlanishlar genomlarni tahrirlash imkonini beruvchi yangi instrumentlarning
yaratilishiga sabab bo`ldi. Oshirish va ular uchun konstruksiyalar tuzishning
nisbatan soddaligi
bilan farq qiladi. Bu kabi texnologiyalar genomlar ustida turli xil manipulatsiyalarni amalga
oshirishda faol qo`llanilmoqda va bu orqali transgen va mutant hayvon va o`simliklar yaratish
hamda kulturalanadigan odam pluripotent xujayralari asosida kasalliklar
modelini yaratish va
tadqiq etish kabi bir qator murakkab muammolarni hal etish uchun imkon yaratadi. Bundan
tashqari epigenomikasini o`rganish va xromosoma lokuslarini xujayra siklida o`tkazish uchun
TALEN DNK- bog`lovchi domenlari asosidagi ximerik oqsillar va faoliyati to`xtatilgan
(inaktivatsiya) Cas9 nukleazalaridan genlar transkripsiyasini boshqarish bo`yicha
olib borilgan
tajribalarda foydalanilgan.
Ildiz. (dastlabki o`xshashligi yaqin
bo`lgan guruhlar )
•
bog`lar (o`xshash guruhlarni )
•
birikish- bog`larni bir-biriga bog`lash qismi
•
yaqinlik darajasi – shajaradagi eng yaqin o`xshash guruhlar
2011-yilda genomlarni yuqori darajadagi aniqlikda tahrirlash imkonini beruvchi usullar
qatorida TALEN tizimi ham nufuzli “Nature Methods” halqaro jurnali tomonidan yil texnologiyasi
deb tan olindi. Bu texnologiyaning yaratilish tarixi Xanthomonas
avlodi bakteriyalarining
o`rganilishi bilan bog`liq. Ushbu bakteriyalar sholi, qalampir, pomidor kabi o`simliklarning
patogeni hisoblanib qishloq xo`jaligiga katta iqtisodiy zarar
keltiradi, bu esa ularning sinchkovlik
bilan o`rganilishiga sabab bo`ldi. Aniqlanishicha, bakteriyalar o`simliklar
xujayralarining
sitoplazmasiga effektor oqsillarni (TALE, Transcription Activator-Like Effectors) ajratib
chiqaradi, bu esa o`simliklar xujayrasidagi jarayonlarga ta`sir etib patogenlarga nisbatan
chalinuvchanlik darajasini oshiradi. Keyinchalik effektor (ta`sir etuvchi)
oqsillarning faoliyat
mexanizmlarini o`rganish natijasida, ular eukariotlardagi transkripsiya omillarini
Do'stlaringiz bilan baham: