«O‘zbekiston temir yo‘llari» aksiyadorlik jamiyatining yagona aksiyadori bo‘lib O‘zbekiston Respublikasi Davlat raqobat qo‘mitasi huzuridagi Davlat aktivlarini boshqarish markazi hisoblanadi.
O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 24.07.2006 yildagi PQ-474-sonli «Davlat aktivlariga ega ayrim yirik aksiyadorlik kompaniyalari kengashlarining tarkiblarini tasdiqlash to‘g‘risida»gi Qaroriga muvofiq Jamiyat kengashi boshqaruv organi hisoblanadi, u Aksiyadorlarning umumiy yig‘ilishi va Kuzatuv kengashining vazifalarini bajaradi. Jamiyat kengashi vazirlik va idoralarning vakolatli vakilaridan tashkil topgan hamda O‘zbekiston Respublikasi Bosh vaziri tarafilan boshqariladi. Kompaniya boshqaruvi jamiyatning ijroiya boshqaruv organi hisoblanadi.
«O‘zbekiston temir yo‘llari» AJ aksiyadorlik jamiyatlarining aksiyadori (ta’sischisi) hisoblanadi. Investitsiyalar jalb etilishini faollashtirish, aksiyadorlik jamiyatlarida korporativ boshqaruv tizimini takomillashtirish va aksiyadorning huquqlari himoyalanishini taminlash maqsadida «O‘TY» AJ kuzatuv kengashlari tarkibiga va ijroiya organlariga jamiyatning malakali vakillarini tavsiya qiladi. Jamiyat boshqaruvi raisi tarafidan jamiyat manfaatlarini jamiyat ustav fondidagi ulushi bo‘yicha ifodalash huquqiga ishonchnoma beradi.
Jamiyatning o‘zida hamda jamiyat aksiya yoki ulushga ega xo‘jalik jamiyatlarida korporativ boshqaruv tizimi doimo takomillashib bormoqda. O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Mahkamasining 28.07.2015 yildagi 207-sonli Qarorini ijrosi bo‘yicha «O‘TY» AJ da jamiyat faoliyati samaradorligining eng muhim ko‘rsatkichlari ishlab chiqilgan.
Har yili xo‘jalik jamiyatlarining yillik yig‘ilishlarida yillik biznes-rejalarning bajarilishi, xo‘jalik jamiyatlarida yillik yig‘ilishlarning o‘tkazilishi ustidan doimiy monitoring yuritiladi. Har yilning 1 dekabirga qadar kuzatuv kengashlarining majlislarida ko‘rib chiqish uchun keyingi yilga mo‘ljallangan biznes-redaning loyihasi taqdim etilib, biznes-rejani bajarilishi bo‘yicha ijroiya organi faoliyatiga xolisona baho beriladi.
Xo‘jalik jamiyatlari kuzatuv kengashlarining majlislarida har chorakda ushbu jamiyatlarni ichki audit xizmatlarining hisobotlari tinglanadi. «O‘zbekiston temir yo‘llari» AJ har chorakda ichki audit xizmatiga «O‘TY» AJ Jamiyat kengashiga hisobotlarni taqdim qiladi.
O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 29.06.2018 yildagi PF-5468-sonli «O‘zbekiston Respublikasining soliq siyosatini takomillashtirish konsepsiyasi to‘g‘risida»gi Farmoniga muvofiq «O‘zbekiston temir yo‘llari» AJ da dividend siyosati qismida kelgusi yilga mo‘ljallangan moliyaviy tahlilda qonunchilikka muvofiq sof foydadan dividendlarni so‘zsiz hisoblash nazarda tutilgan.