Oqsil molekulalarida gomologik domenlarni izlash

Qarindosh gomologik oqsillarni o’rganish metodlari
Gomologik oqsillarni o’rganish ularning struktura, funksiya va aminokislota qoldig’i ketma ketliklari ma’lum bir darajada yaqinlikga ega bolishi talab etiladi. Bunday vaziyatda amaliyotda maxsus dastur ta’minot algoritmi paketlaridan foydalaniladi.
Odatda gomologik oqsillarni Ortolog(tur hosil bo’lishda paydo bo’lgan ketma-ketliklar. Ortologlar odatta bir xil funksiyaga ega) va Paralog( bitta ajdod gendan dublikatsiya natijasida paydo bo’lgan ketma-ketliklar. Paraloglar odatta boshqa-boshqa funksiyaga ega) xususiyatlari asosida ishlaydigan dastur paketlar ta’minotida tahlil qilinadi. Hozirgi kunda bunday dasturlar qatoriga Blast(Basic Local Aligment Search Tool), Clustal W, ROBETTA, I-TASSER, LOMETS (Local Meta-Threading-Server) va SWISS-MODEL dastur ta’minotlari ko’pchlik mutaxasislar tomonidan ma’qullangan.

Qarindosh gomologik oqsillarni o’rganishda aminokislota qoldiqlari ketma-ketliklarini Blast va Clustal W dastur ta’minotlar yordamida solishtirma tahlil metodlari
BLAST(Basic Local Alignment Search Tool) -bu maxsus algoritm bo’lib, u DNKlardagi nukleotidlar ketma-ketliglarini, yoki oqsillardagi aminokislotalar ketma-ketliglarini bir-biri bilan taqqoslaydi va bir-biriga yaqinlik darajasini aniqlaydi. BLAST programmasi aminokislota qoldiqlari va nukleotidlarni qidiruv dasturi bo’lib, mantiqiy amallarga tayanadi. Dastur hozirgi kungacha aniqlangan oqsil va nukleotid qatorlarini solishtirib 95% gacha mos kelgan oqsil aminokislota qoldiqlari va DNK(RNK) nukleotidlarini aniqlab beradi. Bunda NCBI platformasidan elektron ma’lumotlar bazasidan foydalangan holatda amalga oshiriladi.
Agarda ikki oqsil yoki DNK(RNK) identifikasiya darajasi 95% dan kam bo’ladigan bo’lsa dastur ta’minoti tarkibidagi dastur paketlari yordamida tahlil qilish imkoniyati bor, lekin bunday sharoida Clustal W maxsus dastur ta’minoti yordamida yuklatilgan vazifa onsonlik bilan bartaraf etish mumkun. Clustal W maxsus dastur ta’minoti qulay tomonlaridan bir undagi ma’lumotlarni to’g’ridan to’g’ri filogenetik xarita tuzadigan dastur ta’minotlari paketlariga yuklash imkoniyati bor. Clustal W maxsus dastur ta’minoti molekulyar biologiya sohasida dastlabki ehtimollik nazariyalari asosida ishlaydigan birinchi dastur ta’minoti hisoblanadi. Clustal W maxsus dastur ta’minoti to’gridan to’g’ri quyidagi dastur ta’minotlaridan ma’lumotlarni yuklash imkoniyatiga ega: PIR, FASTA, EMBL/SwissProt.

5-Rasm Oqsillarni fragmental analiz qilishda Clustal W maxsus dastur ta’minoti. qizil – kichik, gidrofob va aromatik aminokislotalar; Ko’k – kislotali aminokislotalar; Yashil: gidroksil, amino va amido-gruppali, asosli aminokislotalar; Kulrang: boshqa aminokislotalar; chiziqli ustun qatori -identifikasiya bo’lmagan aminokislota qoldig’i.