Oqsil molekulalarida gomologik domenlarni izlash

Oqsil uchlamchi strukurasini gomologik modellashga oid dasturlar

Hozirgi kunda ROBETTA, LOMETS va SWISS-MODEL dastur ta’minotlari oqsil va uning gomologi bo’lgan oqsil strukturasini aniqlashda keng foydalaniladi.

ROBETTA dastur ta’minoti oqsilni kichikroq bo’lgan (3-9 aminokislota) fragmentlarga bo’lib, shu fragmentarning uchlamchi strukturasini Monte-Karlo algoritmi yordamida modellashtirish imkoniyati bor.



6-Rasm. ROBETTA алгоритми ёрдамида хисобланган TOP 7 оқсилининг учламчи структураси (қизил) ва шу оқсилнинг рентген-структур анализ ёрдамида топилган фазoвий тузилиши. ROBETTA dastur ta’minoti http://robetta.bakerlab.org/ orqali yuklanadi.

SWISS-MODEL dastur ta’minoti gomolog oqsilning asosiy zanjirida inversiyalar va deletsiyalar kiritilishi zarur bo’lgan joylarni aniqlash va ularni kiritish asosida katta mashtabli oqsil gomologlarini modellashtiradi. Bunda mutant aminokislotatalarni aniqlab, radikallarni ajratib ko’rsatish imkoniyati bor. SWISS-MODEL dasturni сайти http://swissmodel.expasy.org/ orqali yuklanadi.

7-Rasm. SWISS-MODEL dasturi yordamida qizil chayon neyrotoksinining uchlamchi strukturasini (ko’k rang) va unga yaqin bo’lgan sariq chayon neyrotoksiniga taqqoslash bilan olingan uchlamchi strukturasi.
Qarindosh gomologik oqsillarni o’rganishda qo’llaniladigan elektron ma’lumotlar bazalari:

Maxsus ekspertlar tadqiqotlariga ko’ra oxirgi 10 yil davomida quyidagi elektron dastur ta’minotlari oqsillar to’g’risidagi ma’lumotlarni izlash va filogenetik xaritalar tuzishda keng foydalanilib kelinmoqda.

Oqsil oilalari elektron ma’lumotlar bazalari:

• 
  Pfam: http://pfam.wustl.edu/
  
• 
  COG/KOG: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/
  
• 
  SCOP: http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/
  

Oqsil ketma-ketligini saqlovchi elektron ma’lumotlar bazalari: