Muhandislik qilingan oqsil-oqsil kompleksining strukturasini aniqlash va termodinamik stabilizatsiyasi

Affibody-maqsadli juftlikning tarkibiy tahlili (I, II)
40
40
50
20
20
50
20
20
10
10
30
30
affibody
affibody
50
ZSPA-1
50
30
30
ZSPA-1
40
40
10
10
a3 (41-54)
a1' (6-18)
a1' (6-18)
a1' (6-18)
a3 (41-54)
a3' (41-55)
a3' (41-55)
a3' (41-55)
a1 (4-18)
a1 (4-18)
a2' (24-36)
a2' (24-36)
a2' (24-36)
3
3
3 10
a2 (24-36)
a2 (24-36)
7.1-rasm a) Z domenining ketma-ketligi (ko'k) va ZSPA-1 (qizil) uchta spiral bilan.
o'zaro ta'sirlar. b) Z domenining energiyasi eng past bo'lgan 40 ta tuzilmani ko'rsatadigan magistral izlar
(ko'k) va ZSPA-1 (qizil). c) Yashil quti bilan o'ralgan 1 va 2 spirallarning o'zaro ta'siri bilan kompleks topologiyasi.
ZSPA-1 ketma-ketligida ta'kidlangan . Birlashtiruvchi chiziqlar qutbli (qizil) va qutbsiz (kulrang) ni bildiradi.
ketma-ketlikning tepasida yoki pastida silindrlar sifatida ko'rsatilgan kompleks. Affibody kutubxonasida qoldiqlar har xil edi
VDNKF
PNL
L
NDPQKKAFIFSLWDDP SANLLAEAKKLNDAQAP
NKELSVAGREIVT
PNL
L
NDPQKKAFIFSLWDDP SANLLAEAKKLNDAQAP
NKELSVAGREIVT
K
SQ
VDNKF
K
SQ
a3
a2
a1
a1
a3'
a1
a1
a3
a2'
a2
a2
a3'
Z domeni
VDNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNAFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK
Z domeni
VDNKFNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRNAFIQSLKDDPSQSANLLAEAKKLNDAQAPK
a
b
c
*Gly-13, *Val-17, *Ile-31, *Phe-32, *Leu-34, *Trp-35 va *Arg-14 ning alifatik qismi va
35
chiqib ketish. ( ZSPA-1 tarkibidagi aminokislotalar * bilan belgilanadi). Kattaroq truba * Leu-9 tomonidan hosil bo'ladi,
va vodorod aloqalari (7.3a,b-rasm), shu jumladan Glu-24 va *Lys-7 o'rtasidagi mumkin bo'lgan tuz ko'prigi.
Z domenidagi 1 va 2 spirallardan oltita qoldiq va triptofanni lizin bilan almashtirish
qirralar. ZSPA-1 ning o'zaro ta'sir yuzasida ikkita hidrofobik bo'shliq va katta bo'shliq ustunlik qiladi
ko'milgan sirt maydoni) (Lo Conte va boshq. 1999). Bog'lanish joyi yuqori sterik komplementarlikka ega
ning *Trp-35 va o'zaro ta'sir interfeysida markaziy rol o'ynaydi (7.2a-rasm). *Trp-35 tomonidan o'ralgan
bog'lashni bekor qiladi (ma'lumotlar ko'rsatilmagan). Interfeysning chekkalarida bir nechta qutbli shovqinlar mavjud
asosan qutbsiz yuzadan (64%) iborat boÿlib, taÿsirlangan erituvchi boÿylab qutb qoldiqlari bilan qoplangan.
Z: ZSPA-1 ning tanish interfeysi ikkala oqsilning 1 va 2 spirallaridan tashkil topgan, spiral 3 esa ularning orqa
tomonida joylashgan (7.1-rasm). Interfeys o'lchami har bir bo'linmaning 800-900 Å2 dan iborat bo'lib, bu odatiy
protein-oqsil kompleksi uchun standart o'lchamga ega ( jami 1600 +/- 400 Å2 ).
*Asp-24 ning magistral karbonil (7.3a-rasm). Katta protrusion katta hajmli yon zanjirdan hosil bo'ladi
va Z dagi Tyr-14 va His-18 bilan o'zaro ta'sir qiladi (7.2a-rasm). Tyr-14 vodorod bog'ini beradi
7.2a) *Val-17, *Lys-27, *Lys-28, *Fe-32, *Ile-31 yon zanjirlari kichikroq bo'shliqni tashkil qiladi.
Z domenidagi Phe-13, Leu-17, Arg-27, Ile-31 va Leu-34 ning alifatik qismi bilan o'zaro ta'sir qilish (2-rasm).
10
10
Machine Translated by Google

---