ClustalV-ning eng e'tiborga loyiq qo'shimchalari - bu profillarni hizalanish va buyruq satrining to'liq interfeysi variantlari. Profilning hizalanishidan foydalanish qobiliyati foydalanuvchiga ikki yoki undan ortiq oldingi hizalar yoki ketma-ketliklarni yangi hizalama bo'yicha joylashtirish va noto'g'ri tartiblangan ketma-ketlikni (past ball) hizalanish tartibini pastga siljitish imkonini beradi. Bu foydalanuvchiga asosiy parametrga qaraganda ko'proq boshqarishga ega bo'lgan ketma-ketlik align-ni bosqichma-bosqich va uslubiy ravishda yaratish imkoniyatini beradi. Buyruq satridan ishga tushirish optsiyasi bir necha ketma-ketlikni hizalamak jarayonini tezlashtiradi. Navbatlarni oddiy buyruq yordamida bajarish mumkin va dastur qaysi ketma-ketlikni tahlil qilayotganligini aniqlaydi. Dastur tugagandan so'ng, ketma-ketlikni hizalama va dendrogram mos ravishda .aln va .dnd kengaytmali fayllarga o'tadi. Buyruqlar satrining interfeysi standart parametrlardan foydalanadi va boshqa parametrlarga ruxsat bermaydi.
Variantlarni tahrirlash
Variantlarni tahrirlash
M-Coffee
eng ko'p uchraydigan ketma-ketlik hizalanish paketlarining (Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons va boshqalar) chiqishlarini birlashtirishga imkon beradigan maxsus T-Coffee. Olingan hizalanish individualdan ko'ra bir oz yaxshiroq, lekin eng muhimi, dastur turli xil paketlar kelishilgan hizalama hududlarini ko'rsatadi. Odatda yuqori kelishuv hududlari yaxshi moslangan.
Expresso va 3D-Coffee
Bular T-Coffee-ning maxsus rejimlari bo'lib, ular ketma-ketlik va tuzilishlarni hizalamada birlashtirishga imkon beradi. Tuzilish asosidagi hizalama TMalign, Mustang va dastani kabi eng keng tarqalgan tarkibiy tuzatish moslamalari yordamida amalga oshirilishi mumkin.
R-Coffee
T-Coffee maxsus rejimi, bu tuzilish ma'lumotlarini ishlatishda RNK ketma-ketligini tenglashtirishga imkon beradi.
PSI-Coffee
uzviy bog'liq oqsillarni gomologiya kengaytmasidan foydalanib hizalaydi (sekin va aniq)
TM-Coffee
homolog kengaytmasi yordamida transmembran oqsillarini tenglashtiradi [4]
Pro-Coffee
homolog targ'ibotchi mintaqalarni birlashtiradi
Aniq DNK, RNK va oqsillar uchun eng aniq rejimlarni avtomatik ravishda birlashtiradi (eksperimental)
ikkita (yoki undan ko'p) ketma-ketlikdagi izlanishlarni bir-biriga birlashtiradi.