Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

ClustalV

ClustalV

ClustalV-ning eng e'tiborga loyiq qo'shimchalari - bu profillarni hizalanish va buyruq satrining to'liq interfeysi variantlari. Profilning hizalanishidan foydalanish qobiliyati foydalanuvchiga ikki yoki undan ortiq oldingi hizalar yoki ketma-ketliklarni yangi hizalama bo'yicha joylashtirish va noto'g'ri tartiblangan ketma-ketlikni (past ball) hizalanish tartibini pastga siljitish imkonini beradi. Bu foydalanuvchiga asosiy parametrga qaraganda ko'proq boshqarishga ega bo'lgan ketma-ketlik align-ni bosqichma-bosqich va uslubiy ravishda yaratish imkoniyatini beradi. Buyruq satridan ishga tushirish optsiyasi bir necha ketma-ketlikni hizalamak jarayonini tezlashtiradi. Navbatlarni oddiy buyruq yordamida bajarish mumkin va dastur qaysi ketma-ketlikni tahlil qilayotganligini aniqlaydi. Dastur tugagandan so'ng, ketma-ketlikni hizalama va dendrogram mos ravishda .aln va .dnd kengaytmali fayllarga o'tadi. Buyruqlar satrining interfeysi standart parametrlardan foydalanadi va boshqa parametrlarga ruxsat bermaydi.

Variantlarni tahrirlash

Variantlarni tahrirlash

M-Coffee

• eng ko'p uchraydigan ketma-ketlik hizalanish paketlarining (Muscle, ClustalW, Mafft, ProbCons va boshqalar) chiqishlarini birlashtirishga imkon beradigan maxsus T-Coffee. Olingan hizalanish individualdan ko'ra bir oz yaxshiroq, lekin eng muhimi, dastur turli xil paketlar kelishilgan hizalama hududlarini ko'rsatadi. Odatda yuqori kelishuv hududlari yaxshi moslangan.
• Expresso va 3D-Coffee
• Bular T-Coffee-ning maxsus rejimlari bo'lib, ular ketma-ketlik va tuzilishlarni hizalamada birlashtirishga imkon beradi. Tuzilish asosidagi hizalama TMalign, Mustang va dastani kabi eng keng tarqalgan tarkibiy tuzatish moslamalari yordamida amalga oshirilishi mumkin.
• R-Coffee
• T-Coffee maxsus rejimi, bu tuzilish ma'lumotlarini ishlatishda RNK ketma-ketligini tenglashtirishga imkon beradi.
• PSI-Coffee
• uzviy bog'liq oqsillarni gomologiya kengaytmasidan foydalanib hizalaydi (sekin va aniq)
• TM-Coffee
• homolog kengaytmasi yordamida transmembran oqsillarini tenglashtiradi [4]
• Pro-Coffee
• homolog targ'ibotchi mintaqalarni birlashtiradi
• Aniq DNK, RNK va oqsillar uchun eng aniq rejimlarni avtomatik ravishda birlashtiradi (eksperimental)
• ikkita (yoki undan ko'p) ketma-ketlikdagi izlanishlarni bir-biriga birlashtiradi.