Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

Clustal - bu ketma-ketlikni tenglashtirish uchun Bioinformatikada ishlatiladigan keng tarqalgan kompyuter dasturlari. Quyida keltirilgan algoritmni ishlab chiqish bo'yicha Clustal-ning ko'plab versiyalari mavjud. Har bir vositaning tahlili va uning algoritmi ham tegishli toifalarida batafsil bayon qilingan. Yon panelda keltirilgan mavjud operatsion tizimlar dasturiy ta'minot mavjudligining kombinatsiyasi bo'lib, Clustal vositalarining har bir joriy versiyasida qo'llab-quvvatlanmasligi mumkin. Clustal Omega barcha Clustal vositalaridan eng keng doiradagi operatsion tizimlarga ega.

Clustal dasturining turli xil variantlari mavjud bo'lib, ularning hammasi quyida keltirilgan:

Clustal dasturining turli xil variantlari mavjud bo'lib, ularning hammasi quyida keltirilgan:

Clustal: 1988 yilda Des Xiggins tomonidan yaratilgan bir nechta ketma-ketliklarni moslashtirish uchun original dastur filogenetik daraxtlarni aminokislotalar yoki nukleotidlarning juft ketma-ketliklaridan olishga asoslangan.

• ClustalV: Clustal dasturining ikkinchi avlodi 1992 yilda chiqarilgan va original Clustal to'plamini qayta yozgan. U oxirgi hizalama bo'yicha filogenetik daraxtlarni qayta qurish, mavjud hizalama-dan burmalar yaratish qobiliyati va qo'shnilar qo'shilishi deb nomlangan usul yordamida hizalamalardan daraxt yaratish variantini kiritdi.
• ClustalW: 1994 yilda chiqarilgan uchinchi avlod avvalgi versiyalarga qaraganda ancha yaxshilandi. Bu progressiv algoritm bo'yicha turli yo'llar bilan yaxshilandi, shu jumladan qisman hizalanishda o'xshashlik yoki tafovutlarga ko'ra individual ketma-ketliklarni pastga yoki yuqoriga ko'tarish imkonini berdi. Shuningdek, dasturni buyruq satridan ommaviy rejimda ishlatish imkoniyati ham mavjud edi.
• ClustalX: 1997 yilda chiqarilgan ushbu versiya birinchi bo'lib foydalanuvchi grafik interfeysiga ega edi.
• ClustalΩ (Omega): Hozirgi standart versiyasi.
• Clustal2: ClustalW va ClustalX-ning yangilangan versiyalari yuqori aniqlik va samaradorlik bilan.
• Klustal dasturiy ta'minotni tavsiflovchi hujjatlar juda yuqori darajada keltirilgan, ulardan ikkitasi barcha davrlarning eng iqtibos qilingan gazetalari qatoriga kiritilgan.
• Windows, Mac OS va Unix / Linux uchun mavjud bo'lgan dasturiy ta'minotning eng so'nggi versiyasi. Bundan tashqari, u veb-interfeys orqali o'z uy sahifasida yoki Evropa Bioinformatika Institutida joylashgan.