Mavzu: Clustal w va t- coffee dasturlari. Ma'lumotlar tahlili

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11

Bog'liq
2 5327768147409770119

O'rtacha , kompyuterda T-Coffee 200 ta ketma-ketlikni osonlikcha ~ 20minut atrofida 1000 aminokislotalarga moslashtirishi mumkin. Klaster yoki T-Coffee tezkor rejimlaridan foydalanmasdan 1000 dan ortiq ketma-ketlikni uyg'unlashtirmaslik yaxshiroqdir !!!

T-Coffee-ni o'rnatish va undan foydalanish Linux / Unix operatsion tizimi bilan minimal tanishishni talab qiladi. Agar bu sizning kompyuter mahoratiga bog'liq emas deb hisoblasangiz, mavjud onlayn serverlardan birini ishlatishingizni maslahat beramiz.

Bir nechta taqqoslashlarga ko'ra, T-Coffee umuman ClustalW-ga qaraganda aniqroq, ammo bu aniqlikning oshishi narxga to'g'ri keladi: T-Coffee (standart rejim) ClustalW-ga qaraganda sekinroq (N tartiblar uchun taxminan N marta). Shunday bo'lsa-da, agar siz chambarchas bog'liq bo'lgan ketma-ketlikni hisoblamoqchi bo'lsangiz, T-Coffee-ni ClustalW-ga qaraganda tezroq va aniqroq ishlatishingiz mumkin. Agar siz ClustalW bilan tanish bo'lsangiz yoki ClustalW serverini ishlatsangiz, ClustalW va T-Coffee o'rtasida iloji boricha ko'proq moslikni ta'minlash uchun ba'zi harakatlar qilganimizni bilib olasiz. Har doim muhim bo'lganida, biz bayroq nomlarini va ClustalW-ning bayroq sintaksisini saqlab qo'ydik. Shunga qaramay, T-Coffee-ning qo'shimcha imkoniyatlari borligini bilib olasiz.

T-Coffee juda aniqmi?
T-Coffee hozirda mavjud bo'lgan eng aniq algoritmlarga (masalan, ProbCons, MSAprobs ...) mos keladigan muvofiqlik asosidagi alignerlar toifasiga kiradi. Bundan tashqari, T-Coffee (ko'p) usullarni birlashtirishi mumkin va shuning uchun u birlashtirgan usullar kabi aniq (va umid qilamanki ko'proq). Masalan, T-Coffee-ning "aniq" rejimi juda sekin, ammo juda aniq; O'rtacha bu rejim 30% dan kam o'xshash ketma-ketliklar bo'yicha oddiy tekislashtiruvchilardan 10% aniqroq ekanligi ko'rsatilgan.

Do'stlaringiz bilan baham:

1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11